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2j5w

Ceruloplasmin revisited: structural and functional roles of various metal cation binding sites

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CERULOPLASMIN

物种未注明

UniProt P00450

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–1065 未记录 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 3 CU COPPER (II) ION × 7 O OXYGEN ATOM × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；PH 4.5 分辨率 2.80 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2J5W Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1KCW X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN CERULOPLASMIN AT 3.0 ANGSTROMS 提交 1996-09-25 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 20–1065（1046 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CU COPPER (II) ION × 8 O OXYGEN ATOM × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.65；pH 5.65
分辨率 3.00 Å R-free 0.286
4EJX Structure of ceruloplasmin-myeloperoxidase complex 提交 2012-04-07 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–1065（1065 aa）
未记录 CU COPPER (II) ION × 7 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；280 K；40% MPD, 0.2 M potassium fluoride, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K
分辨率 4.69 Å R-free 0.401
4ENZ Structure of human ceruloplasmin at 2.6 A resolution 提交 2012-04-13 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–1065（1065 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 CU COPPER (II) ION × 6 O OXYGEN ATOM × 1 OXY OXYGEN MOLECULE × 1 CA CALCIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；280 K；40% MPD, 100 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 280K
分辨率 2.60 Å R-free 0.234

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CERU_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1065； UniProt 1–1065

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

暂无 SAXS 图

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

暂无 P(r) 图
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2j5w
沉积日期 deposition_date2006-09-19
结构标题 titleCeruloplasmin revisited: structural and functional roles of various metal cation binding sites
关键词 keywords;OXIDOREDUCTASE, PLASMA PROTEIN, COPPER TRANSPORT, COPPER, TRANSPORT, POLYMORPHISM, GLYCOPROTEIN, MULTI-COPPER OXIDASE, CERULOPLASMIN, METAL-BINDING, ION TRANSPORT ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

该条目暂无 SAXS 数据。

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

该条目暂无 P(r) 分析数据。

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2j5wa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2j5wa2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2j5wa3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2j5wa4
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2j5wa5
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2j5wa6
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2j5wA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id2j5wA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id2j5wA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id2j5wA04
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id2j5wA05
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id2j5wA06
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (0)