SAXSdb — 2j8g

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LYSOZYME

BACTERIOPHAGE CP-1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	单体	蛋白 1 其他聚合物 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ALANINE × 1 D-GLUTAMIC ACID × 1 LYSINE × 1 FORMIC ACID × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LYS_BPCP1
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–339； UniProt 1–339

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j8g
沉积日期 deposition_date	2006-10-25
结构标题 title	Crystal structure of the modular Cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (E94Q mutant in complex with a tetrasaccharide- pentapeptide)
关键词 keywords	;ANTIMICROBIAL, MUEIN HYDROLASE, BACTERIOLYTIC ENZYME, PNEUMOCOCCAL CELL WALL DEGRADATION, LYSOZYME, HYDROLASE, GLYCOSIDASE, MULTIMODULAR ;; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2j8g__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2j8g__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2j8g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.51 Å
Rg（电子密度）	23.42 Å
总 Rg	24.18 Å
原子数	2835
残基数	338
排除体积	49930 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2j8g__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	LYSOZYME
分子量 formula_weight	39220.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.2.1.17
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3289

MVKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYQDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA

来源 Source

来源生物 organism	BACTERIOPHAGE CP-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10747
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI DH1

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-N-acetyl-beta-muramic acid-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	699.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ALANINE
分子量 formula_weight	89.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	D-GLUTAMIC ACID
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	LYSINE
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	FORMIC ACID
分子量 formula_weight	46.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	454

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2j8ga1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.109 — beta-hairpin stack
超家族 Superfamily superfamily	b.109.1 — Cell wall binding repeat
家族 Family family	b.109.1.1 — Cell wall binding repeat

结构域编号 domain_id	d2j8ga2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.8 — (Trans)glycosidases
家族 Family family	c.1.8.8 — 1,4-beta-N-acetylmuraminidase

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	2j8gA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Glycosidases

结构域编号 domain_id	2j8gA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	270 — left handed beta-beta-3-solenoid
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cholin Binding

结构域编号 domain_id	2j8gA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	120 — Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3

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晶胞边长 a length_a	79.520 Å
晶胞边长 b length_b	97.390 Å
晶胞边长 c length_c	127.140 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.690 Å
最低分辨率 resolution_low	63.250 Å
R 因子 r_factor	0.1866
R_work r_work	0.1866
R_free r_free	0.2203

Crystal structure of the modular Cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (E94Q mutant in complex with a tetrasaccharide- pentapeptide)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LYSOZYME

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j8g__assembly_1__model_1

2j8g__assembly_1__model_1 | I(q)

2j8g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (3)

Crystal structure of the modular Cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (E94Q mutant in complex with a tetrasaccharide- pentapeptide)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

LYSOZYME

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2j8g__assembly_1__model_1

2j8g__assembly_1__model_1 | I(q)

2j8g__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (3)