SAXSdb — 2j97

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REPLICASE POLYPROTEIN 1AB

HUMAN CORONAVIRUS 229E

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 3825–3933	片段：RESIDUES 3825-3933	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 4.5；1.9M AMMONIUM SULFATE 0.1M NA ACETATE PH 4.0 5% MPD	分辨率 1.75 Å R-free 0.225

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2J97	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2J98 Human coronavirus 229E non structural protein 9 cys69ala mutant (Nsp9) 提交 2006-11-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3825–3933（109 aa）片段：RESIDUES 3825-3933 链 B 3825–3933（109 aa）片段：RESIDUES 3825-3933	突变：YES 突变：YES	DTT 2,3-DIHYDROXY-1,4-DITHIOBUTANE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；0.1M NA ACETATE PH 4.6 30% PEG MME 2000	分辨率 1.80 Å R-free 0.278
2ZU2 complex structure of CoV 229E 3CL protease with EPDTC 提交 2008-10-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2966–3267（302 aa）链 B 2966–3267（302 aa）	未记录	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 DTZ zinc(II)hydrogensulfide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；298 K；18% PEG 6000, 10% DMSO, 14% MPD, 0.1M Tris-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
3EWQ HCov-229E Nsp3 ADRP domain 提交 2008-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1269–1436（168 aa）片段：ADRP domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, temperature 291.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.282
3EWR complex of substrate ADP-ribose with HCoV-229E Nsp3 ADRP domain 提交 2008-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1269–1436（168 aa）片段：ADRP domain	未记录	APR ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3350 , VAPOR DIFFUSION, temperature 291.0K	分辨率 2.01 Å R-free 0.264

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	R1A_CVH22
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–109； UniProt 3825–3933

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2j97
沉积日期 deposition_date	2006-11-03
结构标题 title	Human coronavirus 229E non structural protein 9 (Nsp9)
关键词 keywords	;SSB, ZINC, HCOV, MEMBRANE, HELICASE, SARS COV, VIRAL REPLICASE, RNA REPLICATION, ATP-BINDING, NUCLEOTIDE-BINDING, RIBOSOMAL FRAMESHIFT, RNA-BINDING PROTEIN, RNA BINDING PROTEIN ;; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.28 Å
零角强度 I(0) i0	2549670.00
分子量 molecular_weight	11206.0 kDa
排除体积 excluded_volume	14109 Å³
包络体积 envelope_volume	16004 Å³
水化壳体积 shell_volume	10502 Å³
包络直径 envelope_diameter	46.5 Å
壳层 Rg shell_rg	18.76 Å
包络 Rg envelope_rg	13.75 Å
形状 Rg shape_rg	13.26 Å
总 Rg total_rg	14.59 Å
总原子数 total_atoms	785
残基数 n_residues	98
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	47.5 Å
Rg (实空间) rg_real	14.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.5500e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.9190e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	2550000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8926
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.202
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.316
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	392600.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.870; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.989

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	REPLICASE POLYPROTEIN 1AB
分子量 formula_weight	12060.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	861

NNEIMPGKMKVKATKGEGDGGITSEGNALYNNEGGRAFMYAYVTTKPGMKYVKWEHDSGVVTVELEPPCRFVIDTPTGPQIKYLYFVKNLNNLRRGAVLGYIGATVRLQ

来源 Source

来源生物 organism	HUMAN CORONAVIRUS 229E
通用名 common_name	HCOV 229E
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11137
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	65

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2j97a_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.140 — Replicase NSP9
超家族 Superfamily superfamily	b.140.1 — Replicase NSP9
家族 Family family	b.140.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2j97A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 — Replicase NSP9

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	85.629 Å
晶胞边长 b length_b	85.629 Å
晶胞边长 c length_c	48.689 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 6 2 2
空间群编号 int_tables_number	177
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	74.120 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1910
R_free r_free	0.2250

fit	/app/data/saxs_computation/j9/2j97/2j97.fit
pddf	/app/data/pr_computation/j9/2j97/2j97.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/j9/2j97/2j97.dat

Human coronavirus 229E non structural protein 9 (Nsp9)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

REPLICASE POLYPROTEIN 1AB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction