SAXSdb — 2jbv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHOLINE OXIDASE

ARTHROBACTER GLOBIFORMIS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(4aS,10aR)-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-1,3,4,4a,5,10a-hexahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate ; × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(4aS,10aR)-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-1,3,4,4a,5,10a-hexahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate ; × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q7X2H8_ARTGO
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–546； UniProt 1–546 作者链 B； PDB构建体 1–546； UniProt 1–546

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2jbv
沉积日期 deposition_date	2006-12-13
结构标题 title	Crystal structure of choline oxidase reveals insights into the catalytic mechanism
关键词 keywords	;ALCOHOL OXIDATION, FLAVOENYZME OXIDASE, COVALENTLY LINKED FAD, ARTHROBACTER GLOBIFORMIS, C4A-ADDUCT, FLAVOPROTEIN, OXIDOREDUCTASE, GLUCOSE-METHANOL-CHOLINE OXIDOREDUCTASE ENZYME SUPERFAMILY ;; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2jbv__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。
2	1	`2jbv__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	排除	—	—
	排除原因：来源记录无法明确判定原子或离子的元素，因此不能可靠计算。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CHOLINE OXIDASE
分子量 formula_weight	59898.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.3.17
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9252

MHIDNIENLSDREFDYIVVGGGSAGAAVAARLSEDPAVSVALVEAGPDDRGVPEVLQLDRWMELLESGYDWDYPIEPQENGNSFMRHARAKVMGGCSSHNSCIAFWAPREDLDEWEAKYGATGWNAEAAWPLYKRLETNEDAGPDAPHHGDSGPVHLMNVPPKDPTGVALLDACEQAGIPRAKFNTGTTVVNGANFFQINRRADGTRSSSSVSYIHPIVEQENFTLLTGLRARQLVFDADRRCTGVDIVDSAFGHTHRLTARNEVVLSTGAIDTPKLLMLSGIGPAAHLAEHGIEVLVDSPGVGEHLQDHPEGVVQFEAKQPMVAESTQWWEIGIFTPTEDGLDRPDLMMHYGSVPFDMNTLRHGYPTTENGFSLTPNVTHARSRGTVRLRSRDFRDKPMVDPRYFTDPEGHDMRVMVAGIRKAREIAAQPAMAEWTGRELSPGVEAQTDEELQDYIRKTHNTVYHPVGTVRMGAVEDEMSPLDPELRVKGVTGLRVADASVMPEHVTVNPNITVMMIGERCADLIRSARAGETTTADAELSAALA

来源 Source

来源生物 organism	ARTHROBACTER GLOBIFORMIS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1665
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	;[(2R,3S,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl (2R,3S,4S)-5-[(4aS,10aR)-7,8-dimethyl-2,4-dioxo-1,3,4,4a,5,10a-hexahydrobenzo[g]pteridin-10(2H)-yl]-2,3,4-trihydroxypentyl dihydrogen diphosphate ;
分子量 formula_weight	789.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	UNKNOWN ATOM OR ION
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	969

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2jbvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2jbvA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	450 — Glucose Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glucose Oxidase, domain 2

结构域编号 domain_id	2jbvA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2jbvA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	410 — Cholesterol Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	2jbvB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — FAD/NAD(P)-binding domain

结构域编号 domain_id	2jbvB02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	450 — Glucose Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glucose Oxidase, domain 2

结构域编号 domain_id	2jbvB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	1220 — Arc Repressor Mutant
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2jbvB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	410 — Cholesterol Oxidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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7. 引用文献 (7)

Role of Glu312 in Binding and Positioning of the Substrate for the Hydride Transfer Reaction in Choline Oxidase.

Biochemistry (2008)

PMID: 18072756 · DOI: 10.1021/BI7017943 PRIMARY

Effects of Reversing the Protein Positive Charge in the Proximity of the Flavin N(1) Locus of Choline Oxidase

Biochemistry (2006)

PMID: 16519539 · DOI: 10.1021/BI052514M

On the Catalytic Mechanism of Choline Oxidase

J.Am.Chem.Soc. (2005)

PMID: 15713082 · DOI: 10.1021/JA044541Q

On the Catalytic Role of the Conserved Active Site Residue His466 of Choline Oxidase

Biochemistry (2005)

PMID: 15654745 · DOI: 10.1021/BI048056J

;Cloning, Sequence Analysis, and Purification of Choline Oxidase from Arthrobacter Globiformis: A Bacterial Enzyme Involved in Osmotic Stress Tolerance ;

Arch.Biochem.Biophys. (2004)

PMID: 14678796 · DOI: 10.1016/J.ABB.2003.10.003

The Trimethylammonium Headgroup of Choline is a Major Determinant for Substrate Binding and Specificity in Choline Oxidase

Arch.Biochem.Biophys. (2004)

PMID: 15369826 · DOI: 10.1016/J.ABB.2004.07.011

Kinetic Mechanism of Choline Oxidase from Arthrobacter Globiformis

Biochim.Biophys.Acta (2003)

PMID: 12637017 · DOI: 10.1016/S1570-9639(03)00003-7

晶胞边长 a length_a	84.355 Å
晶胞边长 b length_b	84.355 Å
晶胞边长 c length_c	343.450 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.860 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1710
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	0.2120

Crystal structure of choline oxidase reveals insights into the catalytic mechanism

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHOLINE OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (7)

Crystal structure of choline oxidase reveals insights into the catalytic mechanism

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CHOLINE OXIDASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (7)