2jkl

DraE Adhesin in complex with Bromamphenicol

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT

ESCHERICHIA COLI

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 9 1,2-ETHANEDIOL × 3 BROMAMPHENICOL × 3 CHLORAMPHENICOL × 3 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 6 1,2-ETHANEDIOL × 3 BROMAMPHENICOL × 6 CHLORAMPHENICOL × 3 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 6 1,2-ETHANEDIOL × 3 BROMAMPHENICOL × 3 CHLORAMPHENICOL × 3 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 6 1,2-ETHANEDIOL × 3 BROMAMPHENICOL × 3 CHLORAMPHENICOL × 3 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 9 1,2-ETHANEDIOL × 3 BROMAMPHENICOL × 6 CHLORAMPHENICOL × 3 water × 3	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	SULFATE ION × 6 BROMAMPHENICOL × 3 CHLORAMPHENICOL × 3 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DRAA_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–149； UniProt 23–160 作者链 B； PDB构建体 12–149； UniProt 23–160 作者链 C； PDB构建体 12–149； UniProt 23–160 作者链 D； PDB构建体 12–149； UniProt 23–160 作者链 E； PDB构建体 12–149； UniProt 23–160 作者链 F； PDB构建体 12–149； UniProt 23–160

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2jkl
沉积日期 deposition_date	2008-08-28
结构标题 title	DraE Adhesin in complex with Bromamphenicol
关键词 keywords	CELL ADHESION, BROMAMPHENICOL, CELL PROJECTION, FIMBRIAL ADHESIN, UPEC, DRAE, DAEC, ADHESIN, FIMBRIUM, HAEMAGGLUTININ; CELL ADHESION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2jkl__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2jkl__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2jkl__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.68 Å
Rg（电子密度）	24.55 Å
总 Rg	25.32 Å
原子数	3225
残基数	414
排除体积	56623 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2jkl__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2jkl__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2jkl__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2jkl__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2jkl__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2jkl__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT
分子量 formula_weight	16169.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	7489

RGSHHHHHHGSFTPSGTTGTTKLTVTEKCQVRVGDLTVAKTRGQLTDAAPIGPVTVQALGCDARQVALKADTDNFEQGKFFLISDNNRDKLYVNIRPTDNSAWTTDNGVFYKNDVGSWGGIIGIYVDGQQTNTPPGNYTLTLTGGYWAK

来源 Source

来源生物 organism	ESCHERICHIA COLI
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	BROMAMPHENICOL
分子量 formula_weight	412.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CHLORAMPHENICOL
分子量 formula_weight	323.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	832

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d2jkla1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.6 — Dr-family adhesin

结构域编号 domain_id	d2jkla2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2jklb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.6 — Dr-family adhesin

结构域编号 domain_id	d2jklb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2jklc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.6 — Dr-family adhesin

结构域编号 domain_id	d2jklc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2jkld1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.6 — Dr-family adhesin

结构域编号 domain_id	d2jkld2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2jkle1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.6 — Dr-family adhesin

结构域编号 domain_id	d2jkle2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2jklf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.2 — Common fold of diphtheria toxin/transcription factors/cytochrome f
超家族 Superfamily superfamily	b.2.3 — Bacterial adhesins
家族 Family family	b.2.3.6 — Dr-family adhesin

结构域编号 domain_id	d2jklf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	2jklA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1570 — Dr adhesin

结构域编号 domain_id	2jklB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1570 — Dr adhesin

结构域编号 domain_id	2jklC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1570 — Dr adhesin

结构域编号 domain_id	2jklD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1570 — Dr adhesin

结构域编号 domain_id	2jklE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1570 — Dr adhesin

结构域编号 domain_id	2jklF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1570 — Dr adhesin

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晶胞边长 a length_a	119.600 Å
晶胞边长 b length_b	119.600 Å
晶胞边长 c length_c	57.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	P 3
空间群编号 int_tables_number	143
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1840
R_work r_work	0.1830
R_free r_free	0.1980

DraE Adhesin in complex with Bromamphenicol

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2jkl__assembly_3__model_1

2jkl__assembly_3__model_1 | I(q)

2jkl__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

DraE Adhesin in complex with Bromamphenicol

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DR HEMAGGLUTININ STRUCTURAL SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2jkl__assembly_3__model_1

2jkl__assembly_3__model_1 | I(q)

2jkl__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 18 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)