2jv9

The Solution Structure of Calponin Homology Domain from Smoothelin-like 1

Method: SOLUTION NMR Dmax: 48.6 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Smoothelin-like 1

Mus musculus

UniProt Q99LM3

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 346–459 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;293 K;离子强度(mmCIF原始值)0;压力 ambient NMR测量条件:pH 7;293 K;离子强度(mmCIF原始值)300;压力 ambient NMR样品组成:0.5-1.0 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] smoothelin-like 1, 1 mM sodium phosphate, 0.5 mM DSS, 10 mM [U-2H] DTT, 0.03 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5-1.0 mM [U-99% 15N] smoothelin-like 1, 1 mM sodium phosphate, 0.5 mM DSS, 10 mM [U-2H] DTT, 0.03 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5-1.0 mM smoothelin-like 1, 1 mM sodium phosphate, 0.5 mM DSS, 10 mM [U-2H] DTT, 0.03 % sodium azide, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成:0.5-1.0 mM [U-99% 15N] smoothelin-like 1, 10 mg/mL Pf1 phage, 0.05 mM DSS, 10 mM [U-2H] DTT, 0.03 % sodium azide, 300 mM potassium chloride, 20 mM Bis-Tris, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q99LM3_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–119; UniProt 346–459

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2jv9

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2jv9
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2jv9
沉积日期 deposition_date2007-09-12
结构标题 titleThe Solution Structure of Calponin Homology Domain from Smoothelin-like 1
关键词 keywordsCH-domain, Smoothelin, Smoothelin-like 1, Calponin, Calponin homology domain, STRUCTURAL PROTEIN, PROTEIN BINDING; STRUCTURAL PROTEIN, PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.13
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.88
零角强度 I(0) i02249910000.00
分子量 molecular_weight410310.0 kDa
排除体积 excluded_volume515570 ų
包络体积 envelope_volume32726 ų
水化壳体积 shell_volume16457 ų
包络直径 envelope_diameter57.7
壳层 Rg shell_rg23.01
包络 Rg envelope_rg17.30
形状 Rg shape_rg13.83
总 Rg total_rg14.17
总原子数 total_atoms57450
残基数 n_residues3570
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.6
Rg (实空间) rg_real14.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.35
I(0) (实空间) i0_real2.2500e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3620e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.03
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2250000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7490
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary17.8
偏度 Skewness skewness0.105
峰度 Kurtosis kurtosis-0.115
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha494100.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.579; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2jv9a1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.40 — CH domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.40.1 — Calponin-homology domain, CH-domain
家族 Family familya.40.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2jv9a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2jv9A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)