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2jvx

Solution Structure of human NEMO zinc finger

Method: SOLUTION NMR Dmax: 35.3 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NF-kappa-B essential modulator

物种未注明

UniProt Q9Y6K9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 394–419 片段：zinc finger domain ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成：1 mM NEMO ZF, 2 mM ZnS04, 2 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2JVX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2JVY Solution Structure of the EDA-ID-related C417F mutant of human NEMO zinc finger 提交 2007-09-28 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 394–419（26 aa） 片段：zinc finger domain
突变：C417F ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM NEMO ZF-C417F, 2 mM ZnS04, 2 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
3BRT NEMO/IKK association domain structure 提交 2007-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 44–111（68 aa）
链 D 44–111（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 8；298 K；35% Peg 8K, 0.1M Tris pH 8, 0.2M Ammonium Chloride, 10mM Dithiothreitol., microbatch under oil, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.282
3BRT NEMO/IKK association domain structure 提交 2007-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 44–111（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 8；298 K；35% Peg 8K, 0.1M Tris pH 8, 0.2M Ammonium Chloride, 10mM Dithiothreitol., microbatch under oil, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.282
3BRT NEMO/IKK association domain structure 提交 2007-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 44–111（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 8；298 K；35% Peg 8K, 0.1M Tris pH 8, 0.2M Ammonium Chloride, 10mM Dithiothreitol., microbatch under oil, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.282
3BRT NEMO/IKK association domain structure 提交 2007-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 44–111（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 8；298 K；35% Peg 8K, 0.1M Tris pH 8, 0.2M Ammonium Chloride, 10mM Dithiothreitol., microbatch under oil, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.282
3BRT NEMO/IKK association domain structure 提交 2007-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 44–111（68 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 microbatch under oil；pH 8；298 K；35% Peg 8K, 0.1M Tris pH 8, 0.2M Ammonium Chloride, 10mM Dithiothreitol., microbatch under oil, temperature 298K
分辨率 2.25 Å R-free 0.282
3BRV NEMO/IKKb association domain structure 提交 2007-12-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 44–111（68 aa） 片段：UNP residues 44-111
链 D 44–111（68 aa） 片段：UNP residues 44-111
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% Peg 4K, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M MgCl2, 10mM DTT, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.294
3BRV NEMO/IKKb association domain structure 提交 2007-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 44–111（68 aa） 片段：UNP residues 44-111
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% Peg 4K, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M MgCl2, 10mM DTT, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.294
3BRV NEMO/IKKb association domain structure 提交 2007-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 44–111（68 aa） 片段：UNP residues 44-111
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% Peg 4K, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M MgCl2, 10mM DTT, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.294
3BRV NEMO/IKKb association domain structure 提交 2007-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 44–111（68 aa） 片段：UNP residues 44-111
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% Peg 4K, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M MgCl2, 10mM DTT, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.294
3BRV NEMO/IKKb association domain structure 提交 2007-12-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 44–111（68 aa） 片段：UNP residues 44-111
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% Peg 4K, 0.1M Tris pH 8.5, 0.2M MgCl2, 10mM DTT, 10% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.20 Å R-free 0.294
3CL3 Crystal Structure of a vFLIP-IKKgamma complex: Insights into viral activation of the IKK signalosome 提交 2008-03-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 150–272（123 aa） 片段：residues 150-272
链 E 150–272（123 aa） 片段：residues 150-272
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；225mM Tris pH 7.5, 4% Ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K
分辨率 3.20 Å R-free 0.287
3FX0 Crystal structure of Human NEMO CC2_LZ domain 提交 2009-01-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 246–337（92 aa） 片段：CC2_LZ domain
链 B 246–337（92 aa） 片段：CC2_LZ domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；10% PEG 1000, 10% PEG 4000, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.20 Å R-free 0.306
4BWN NEMO CC2-LZ DOMAIN 提交 2013-07-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 258–344（87 aa） 片段：CC2-LZ DOMAIN, RESIDUES 258-344
链 B 258–344（87 aa） 片段：CC2-LZ DOMAIN, RESIDUES 258-344
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；100 MM LITHIUM CHLORIDE, 10MM HEPES PH 7,5 AND 25% PEG 6000
分辨率 2.27 Å R-free 0.246
5AAY TBK1 recruitment to cytosol-invading Salmonella induces anti- bacterial autophagy 提交 2015-07-31 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 392–419（28 aa） 片段：RESIDUES 392-419
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1.0
NMR样品组成 95% WATER/5% D2O
分辨率未提供
6MI3 Structure of NEMO(51-112) with N- and C-terminal coiled-coil adaptors. 提交 2018-09-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 119–180（62 aa）
链 B 119–180（62 aa）
突变：E56A, E57A, C76A, C95S 突变：E56A, E57A, C76A, C95S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；298 K；0.1 M Tris pH 8.0, 5.8% PGA-LM, 5.45% PEG 20,000
分辨率 1.78 Å R-free 0.266
7T2U SARS-CoV2 3C-Like protease complexed with Nemo peptide 提交 2021-12-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 E 226–235（10 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG3350, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5)
分辨率 2.10 Å R-free 0.300
7T2U SARS-CoV2 3C-Like protease complexed with Nemo peptide 提交 2021-12-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 226–235（10 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；295 K；20% PEG3350, 0.1M Bis-Tris (pH 6.5)
分辨率 2.10 Å R-free 0.300
7TV4 Crystal structure of NEMO CoZi in complex with HOIP NZF1 and linear diubiquitin 提交 2022-02-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 257–346（90 aa）
链 D 257–346（90 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 22% v/v PEG Smear Broad
分辨率 4.20 Å R-free 0.286
9AZJ Structure of ubiquitinated NEMO UBAN K285C-Ub G76C bound to HOIP NZF1 提交 2024-03-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 A 257–364（108 aa）
链 B 257–364（108 aa）
链 C 257–364（108 aa）
链 D 257–364（108 aa）
突变：K285C 突变：K285C 突变：K285C 突变：K285C ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.6；293 K；150nl protein + 50 nl mother liquor: 0.1 M Tris/Bicine pH 8.6, 24.2% PEG 500 MME, 8% PEG 20K, 0.03 M each of NaI, NaBr, and NaF. Cryoprotected in mother liquor containing 20% glycerol
分辨率 3.32 Å R-free 0.285

共 11 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NEMO_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–28； UniProt 394–419

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2jvx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2jvx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2jvx
沉积日期 deposition_date2007-09-28
结构标题 titleSolution Structure of human NEMO zinc finger
关键词 keywords;CCHC classical zinc finger, NEMO zinc finger, beta-beta-alpha fold, Coiled coil, Cytoplasm, Disease mutation, Ectodermal dysplasia, Host-virus interaction, Nucleus, Transcription, Transcription regulation, METAL BINDING PROTEIN ;; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier8.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron8.59 Å
零角强度 I(0) i020616800.00
分子量 molecular_weight32970.0 kDa
排除体积 excluded_volume39290 ų
包络体积 envelope_volume7155 ų
水化壳体积 shell_volume6444 ų
包络直径 envelope_diameter35.2 Å
壳层 Rg shell_rg14.98 Å
包络 Rg envelope_rg10.51 Å
形状 Rg shape_rg8.59 Å
总 Rg total_rg8.98 Å
总原子数 total_atoms4230
残基数 n_residues280
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax35.3 Å
Rg (实空间) rg_real8.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0620e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.3130e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal8.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20620000.0000
解质量估计 total_estimate0.7696
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary11.2 Å
偏度 Skewness skewness0.368
峰度 Kurtosis kurtosis-0.061
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7960.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.518; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.483; Smooth: 0.977
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)