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2jyu

Human Granulin C, isomer 2

Method: SOLUTION NMR Dmax: 79.0 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Granulin-5

Homo sapiens

UniProt P28799

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 364–417 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；压力 ambient NMR测量条件：pH 6.8；288 K；压力 ambient NMR样品组成：10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 0.5-1.0 mM HgrnC2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 0.5-1.0 mM HgrnC2, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2JYU Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1G26 THE SOLUTION STRUCTURE OF A WELL-FOLDED PEPTIDE BASED ON THE 31-RESIDUE AMINO-TERMINAL SUBDOMAIN OF HUMAN GRANULIN A 提交 2000-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 281–311（31 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN (RESIDUES 1-31)
突变：D1V, K3H, S9I, Q20P 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；288 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 5；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM HGA 1-31 (D1V, K3H, S9I, Q20P); 20 mM sodium acetate-d3, 10% D2O, 90% H2O | 10% D2O, 90% H2O
NMR样品组成 0.5 mM HGA 1-31 (D1V, K3H, S9I, Q20P); 20 mM sodium acetate-d3, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2JYE Human Granulin A 提交 2007-12-13 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 281–337（57 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.8；288 K；压力 ambient
NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2JYT Human Granulin C, isomer 1 提交 2007-12-19 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 364–417（54 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.8；288 K；压力 ambient
NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 0.5-1.0 mM HgrnC1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 0.5-1.0 mM HgrnC1, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2JYV Human Granulin F 提交 2007-12-19 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 123–179（57 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；298 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 6.8；288 K；压力 ambient
NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 0.5-1.0 mM [U-100% 15N] HgrnF, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.2 mM EDTA, 0.5-1.0 mM [U-100% 15N] HgrnF, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
6NUG hGRNA4-28_3s 提交 2019-02-01 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 284–307（24 aa） 片段：residues 284-307
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；290 K；压力 1
NMR样品组成 0.5 mM hGRNA4-28_3s, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8T8R Sortilin-PGRN peptide complex 提交 2023-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 578–593（16 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20.00 %w/ PEG 3350, 0.20 M Sodium citrate
分辨率 2.87 Å R-free 0.287
8T8S Sortilin-PGRN peptide complex 提交 2023-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 578–593（16 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CL CHLORIDE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.10 M Tris, 30.00 %w/v PEG 3000, 0.20 M NaCl
分辨率 2.99 Å R-free 0.275
8T8S Sortilin-PGRN peptide complex 提交 2023-06-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 578–593（16 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7；293 K；0.10 M Tris, 30.00 %w/v PEG 3000, 0.20 M NaCl
分辨率 2.99 Å R-free 0.275

共 7 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GRN_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–56； UniProt 364–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2jyu

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2jyu
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2jyu
沉积日期 deposition_date2007-12-19
结构标题 titleHuman Granulin C, isomer 2
关键词 keywordsGranulin C, epithelin, human, stack of hairpins, Alternative splicing, Cytokine, Glycoprotein, Polymorphism, Secreted; CYTOKINE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.84 Å
零角强度 I(0) i0111863000.00
分子量 molecular_weight71850.0 kDa
排除体积 excluded_volume84206 ų
包络体积 envelope_volume69938 ų
水化壳体积 shell_volume25386 ų
包络直径 envelope_diameter89.1 Å
壳层 Rg shell_rg29.77 Å
包络 Rg envelope_rg23.81 Å
形状 Rg shape_rg20.05 Å
总 Rg total_rg20.04 Å
总原子数 total_atoms9270
残基数 n_residues670
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax79.0 Å
Rg (实空间) rg_real20.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1190e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.3660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal111900000.0000
解质量估计 total_estimate0.7494
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary24.0 Å
偏度 Skewness skewness0.366
峰度 Kurtosis kurtosis-0.265
角度范围 angular_range— – 0.3850 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha240600.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.691; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.665; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)