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2k5t

Solution NMR Structure of Putative N-Acetyl Transferase YhhK from E. coli Bound to Coenzyme A: Northeast Structural Genomics Consortium Target ET106

Method: SOLUTION NMR Dmax: 44.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized protein yhhK

Escherichia coli K12

UniProt P37613

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–127 突变：A119T COA COENZYME A × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient NMR样品组成：0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YhhK, 5 mM Coenzyme A, 7 % D2O, 300 mM sodium chloride, 25 mM TRIS, 5 mM DTT, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] YhhK, 5 mM Coenzyme A, 100 % D2O, 300 mM sodium chloride, 25 mM TRIS, 5 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2K5T Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4CRY Direct visualisation of strain-induced protein post-translational modification 提交 2014-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–127（127 aa）
未记录 ACO ACETYL COENZYME *A × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.4, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE
分辨率 1.61 Å R-free 0.150
4CRZ Direct visualisation of strain-induced protein prost-translational modification 提交 2014-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–127（127 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 4 ACO ACETYL COENZYME *A × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.4, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE
分辨率 1.70 Å R-free 0.175
4CS0 Direct visualisation of strain-induced protein post-translational modification 提交 2014-03-02 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1–127（127 aa）
未记录 SCN THIOCYANATE ION × 4 ACO ACETYL COENZYME *A × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；20% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL (PEG) 3350, 0.1 M BIS-TRIS PROPANE PH 7.4, 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE
分辨率 2.10 Å R-free 0.237
5LS7 Complex of wild type E. coli alpha aspartate decarboxylase with its processing factor PanZ 提交 2016-08-22 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 B 1–127（127 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 8 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 8 ACO ACETYL COENZYME *A × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 CO2 CARBON DIOXIDE × 12 SCN THIOCYANATE ION × 8 74C methyl radical × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；200 mM KSCN, 100 mM Bis-Tris propane pH 6.5, 20% v/v PEG 3350
分辨率 1.16 Å R-free 0.137

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YHHK_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–127； UniProt 1–127

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2k5t

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2k5t
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2k5t
沉积日期 deposition_date2008-06-30
结构标题 titleSolution NMR Structure of Putative N-Acetyl Transferase YhhK from E. coli Bound to Coenzyme A: Northeast Structural Genomics Consortium Target ET106
关键词 keywords;N-acetyl transferase, CoA, bound ligand, coenzyme A, Structural Genomics, PSI-2, Protein Structure Initiative, Northeast Structural Genomics Consortium, NESG, unknown function, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.34 Å
零角强度 I(0) i01477220000.00
分子量 molecular_weight306860.0 kDa
排除体积 excluded_volume376310 ų
包络体积 envelope_volume34095 ų
水化壳体积 shell_volume17299 ų
包络直径 envelope_diameter51.3 Å
壳层 Rg shell_rg22.64 Å
包络 Rg envelope_rg16.28 Å
形状 Rg shape_rg14.32 Å
总 Rg total_rg14.52 Å
总原子数 total_atoms42420
残基数 n_residues2560
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax44.7 Å
Rg (实空间) rg_real14.80 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.20 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4770e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1477000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8249
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.7 Å
偏度 Skewness skewness-0.017
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha427200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.917; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2k5tA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology630 — Aminopeptidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)