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2k6q

LC3 p62 complex structure

Method: SOLUTION NMR Dmax: 49.6 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

Rattus norvegicus

UniProt Q62625

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–120 未记录 p62_peptide from Sequestosome-1 × 1 （O08623） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.125；压力 ambient NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] LC3, 1.2 mM p62 peptide, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p62 peptide, 1.2 mM LC3, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2K6Q Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1UGM Crystal Structure of LC3 提交 2003-06-16 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 0–119（120 aa） 片段：residues -4-120
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；PEG 3350, Sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.05 Å R-free 0.249
2Z0D The crystal structure of human Atg4B- LC3(1-120) complex 提交 2007-05-07 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–120（120 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.227
2Z0E The crystal structure of human Atg4B- LC3(1-124) complex 提交 2007-05-07 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–124（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.229
2ZZP The crystal structure of human Atg4B(C74S)- LC3(1-124) complex 提交 2009-02-22 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–124（124 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.8；293 K；20% PEG 3350, 0.1M sodium citrate, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.05 Å R-free 0.251

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MLP3B_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–121； UniProt 1–120

p62_peptide from Sequestosome-1

Rattus norvegicus

UniProt O08623

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 331–346 未记录 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B × 1 （Q62625） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.125；压力 ambient NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] LC3, 1.2 mM p62 peptide, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p62 peptide, 1.2 mM LC3, 25 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2K6Q Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KKC NMR structure of the p62 PB1 domain 提交 2009-06-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3–100（98 aa） 片段：PB1 domain, OPR domain, residues 3-100
突变：D67A, D69R 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient
NMR样品组成 1mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p62 PB1-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KTR NMR structure of p62 PB1 dimer determined based on PCS 提交 2010-02-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3–100（98 aa） 片段：PB1 domain, OPR domain, residues 3-100
链 B 3–100（98 aa） 片段：PB1 domain, OPR domain, residues 3-100
突变：C42S, D67A, D69R 突变：K207E, C226S, C242S, R294A TB TERBIUM(III) ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.05；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p62_1; 0.5mM p62_2; 20mM MES; 50mM sodium chloride; 0.5mM TERBIUM(III) ION; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.5 mM p62_1; 0.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] p62_2; 20mM MES; 50mM sodium chloride; 0.5mM TERBIUM(III) ION; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SQSTM_RAT
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 2–17； UniProt 331–346

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2k6q

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2k6q
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2k6q
沉积日期 deposition_date2008-07-17
结构标题 titleLC3 p62 complex structure
关键词 keywords;LC3, p62, Alternative splicing, Autophagy, Cytoplasm, Cytoplasmic vesicle, Lipoprotein, Membrane, Microtubule, Ubl conjugation pathway, Apoptosis, Differentiation, Endosome, Immune response, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Zinc, Zinc-finger, APOPTOSIS INHIBITOR-APOPTOSIS COMPLEX ;; APOPTOSIS INHIBITOR/APOPTOSIS
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.77 Å
零角强度 I(0) i01448290000.00
分子量 molecular_weight321450.0 kDa
排除体积 excluded_volume401640 ų
包络体积 envelope_volume37813 ų
水化壳体积 shell_volume17972 ų
包络直径 envelope_diameter56.6 Å
壳层 Rg shell_rg24.01 Å
包络 Rg envelope_rg18.05 Å
形状 Rg shape_rg14.72 Å
总 Rg total_rg15.07 Å
总原子数 total_atoms45160
残基数 n_residues2760
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax49.6 Å
Rg (实空间) rg_real15.40 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5250e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.42 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1448000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8850
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary21.3 Å
偏度 Skewness skewness0.101
峰度 Kurtosis kurtosis-0.369
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha646200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.838; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.991
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2k6qa2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.3 — GABARAP-like
结构域编号 domain_idd2k6qa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2k6qA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)