2kav

Solution structure of the human Voltage-gated Sodium Channel, brain isoform (Nav1.2)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 59.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium channel protein type 2 subunit alpha

Homo sapiens

UniProt Q99250

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1777–1882 片段:C-terminal EF-Hand Domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.4;290.5 K;离子强度(mmCIF原始值)0.1;压力 ambient NMR样品组成:0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 100 mM [D5-98%] glycine, 20 mM [D11-98 %] TRIS, 0.1 mM [D16-98%] EDTA, 10 % [U-99% 2H] D2O, 1 mM [D10-98%] DTT, 0.02 % NaN3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] protein, 100 mM [D5-98%] glycine, 20 mM [D11-98 %] TRIS, 0.1 mM [D16-98%] EDTA, 10 % [U-99% 2H] D2O, 1 mM [D10-98%] DTT, 0.02 % NaN3, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 100 mM [D5-98%] glycine, 20 mM [D11-98 %] TRIS, 0.1 mM [D16-98%] EDTA, 10 % [U-99% 2H] D2O, 1 mM [D10-98%] DTT, 0.02 % NaN3, 15 mg pF1 phage, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SCN2A_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 24–129; UniProt 1777–1882

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kav

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kav
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kav
沉积日期 deposition_date2008-11-15
结构标题 titleSolution structure of the human Voltage-gated Sodium Channel, brain isoform (Nav1.2)
关键词 keywords;Voltage-gated Sodium Channel, Alternative splicing, Disease mutation, Epilepsy, Glycoprotein, Ion transport, Ionic channel, Membrane, Polymorphism, Sodium, Sodium channel, Sodium transport, Transmembrane, Transport, Ubl conjugation, Voltage-gated channel, TRANSPORT PROTEIN, TRANSPORT PROTEIN REGULATOR ;; TRANSPORT PROTEIN REGULATOR
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.23
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.44
零角强度 I(0) i0456636000.00
分子量 molecular_weight181580.0 kDa
排除体积 excluded_volume227500 ų
包络体积 envelope_volume52353 ų
水化壳体积 shell_volume20598 ų
包络直径 envelope_diameter65.7
壳层 Rg shell_rg28.49
包络 Rg envelope_rg22.66
形状 Rg shape_rg16.42
总 Rg total_rg16.94
总原子数 total_atoms25005
残基数 n_residues1590
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.4
Rg (实空间) rg_real17.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.45
I(0) (实空间) i0_real4.5660e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.7930e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal456600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7530
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.4
偏度 Skewness skewness0.445
峰度 Kurtosis kurtosis-0.235
角度范围 angular_range— – 0.4600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha397100.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.630; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.896; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kavA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)