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2kq6

The structure of the EF-hand domain of polycystin-2 suggests a mechanism for Ca2+-dependent regulation of polycystin-2 channel activity

Method: SOLUTION NMR Dmax: 50.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Polycystin-2

Homo sapiens

UniProt Q13563

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 720–797 片段：UNP residues 720-797 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.4；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.150；压力 ambient NMR样品组成：1 mM [U-13C; U-15N] protein, 5 % D2O, 0.05 % sodium azide, 10 uM PMSF, 2 mM TRIS pH7.4, 150 mM sodium chloride, 20 mM Ca2+, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：1 mM [U-15N] protein, 2 mM TRIS pH7.4, 20 mM Ca2+, 150 mM sodium chloride, 5% D2O, 10 uM PMSF, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KQ6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KLD Solution Structure of the Calcium Binding Domain of the C-terminal Cytosolic Domain of Polycystin-2 提交 2009-07-01 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 680–796（117 aa） 片段：residues 680-796
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.51；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Polycystin-2 Polypeptide-1, 5mM Ca2+-2, 0.1mM DSS-3, 10mM potassium phosphate buffer-4, 500mM NaCl-5, 2mM DTE-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KLE ISIC Refined Solution Structure of the Calcium Binding Domain of the C-terminal Cytosolic Domain of Polycystin-2 提交 2009-07-01 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 680–796（117 aa） 片段：residues 680-796
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.51；压力 ambient
NMR样品组成 0.5mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Polycystin-2 Polypeptide-1, 5mM Ca2+-2, 0.1mM DSS-3, 10mM potassium phosphate buffer-4, 500mM NaCl-5, 2mM DTE-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2Y4Q Solution structure of the EF-hand domain of Human Polycystin 2 提交 2011-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 717–792（76 aa） 片段：RESIDUES 717-792
未记录 CA CALCIUM ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150
NMR样品组成 95% WATER / 5% D2O
分辨率未提供
3HRN crystal structure of a C-terminal coiled coil domain of Transient receptor potential (TRP) channel subfamily P member 2 (TRPP2, polycystic kidney disease 2) 提交 2009-06-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 833–895（63 aa） 片段：C-terminal of Coiled Coil Domain, UNP residues 833-895
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；Dioxane, NaAc, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.260
3HRO Crystal structure of a C-terminal coiled coil domain of Transient receptor potential (TRP) channel subfamily P member 2 (TRPP2, polycystic kidney disease 2) 提交 2009-06-09 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 833–872（40 aa） 片段：C-terminal of Coiled Coil Domain, UNP residues 833-872
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；PEG 6000, LiCl, Citric Acid, pH 4.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 293K
分辨率 1.90 Å R-free 0.227
5K47 CryoEM structure of the human Polycystin-2/PKD2 TRP channel 提交 2016-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–723（539 aa） 片段：UNP residues 185-723
链 B 185–723（539 aa） 片段：UNP residues 185-723
链 C 185–723（539 aa） 片段：UNP residues 185-723
链 D 185–723（539 aa） 片段：UNP residues 185-723
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；3 microlitres were applied to the grid and blotted for 3secs prior to plunge in liquid ethane
分辨率 4.22 Å
5MKE cryoEM Structure of Polycystin-2 in complex with cations and lipids 提交 2016-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–968（968 aa）
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 10 CHS 4-AMINO-5-CYCLOHEXYL-3-HYDROXY-PENTANOIC ACID × 8 PX6 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 4 PLM PALMITIC ACID × 12 CA CALCIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.30 Å
5MKF cryoEM Structure of Polycystin-2 in complex with calcium and lipids 提交 2016-12-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–968（968 aa）
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 PX6 1,2-DIPALMITOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 4 PLM PALMITIC ACID × 12 CHS 4-AMINO-5-CYCLOHEXYL-3-HYDROXY-PENTANOIC ACID × 8 CA CALCIUM ION × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.20 Å
5T4D Cryo-EM structure of Polycystic Kidney Disease protein 2 (PKD2), residues 198-703 提交 2016-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 198–702（505 aa）
链 B 198–702（505 aa）
链 C 198–702（505 aa）
链 D 198–702（505 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 7 seconds, -1 mm offset before plunging
分辨率 3.00 Å
6A70 Structure of the human PKD1/PKD2 complex 提交 2018-06-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–723（539 aa）
链 F 185–723（539 aa）
链 G 185–723（539 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
6D1W human PKD2 F604P mutant 提交 2018-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 53–792（740 aa）
链 B 53–792（740 aa）
链 C 53–792（740 aa）
链 D 53–792（740 aa）
突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.54 Å
6T9N CryoEM structure of human polycystin-2/PKD2 in UDM supplemented with PI(4,5)P2 提交 2019-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–723（539 aa）
链 B 185–723（539 aa）
链 C 185–723（539 aa）
链 D 185–723（539 aa）
未记录 CLR CHOLESTEROL × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 32 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.96 Å
6T9O CryoEM structure of human polycystin-2/PKD2 in UDM supplemented with PI(3,5)P2 提交 2019-10-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–723（539 aa）
链 B 185–723（539 aa）
链 C 185–723（539 aa）
链 D 185–723（539 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CLR CHOLESTEROL × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 20 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.39 Å
6WB8 Cryo-EM structure of PKD2 C331S disease variant 提交 2020-03-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 41–792（752 aa）
链 B 41–792（752 aa）
链 C 41–792（752 aa）
链 D 41–792（752 aa）
突变：C331S 突变：C331S 突变：C331S 突变：C331S NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.24 Å
8HK7 Structure of PKD2-F604P (Polycystin-2, TRPP2) with ML-SA1 提交 2022-11-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–719（535 aa）
链 B 185–719（535 aa）
链 C 185–719（535 aa）
链 D 185–719（535 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 1 AQV 2-{2-oxo-2-[(4S)-2,2,4-trimethyl-3,4-dihydroquinolin-1(2H)-yl]ethyl}-1H-isoindole-1,3(2H)-dione × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8K3S Structure of PKD2-F604P complex 提交 2023-07-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 185–719（535 aa）
链 B 185–719（535 aa）
链 C 185–719（535 aa）
链 D 185–719（535 aa）
突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P 突变：F604P PEF DI-PALMITOYL-3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 4 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 12 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.00 Å
8Z6B Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex 提交 2024-04-18 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PA8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8Z6F Structure of polycystin-1/polycystin-2 complex with PI(4)P-bound 提交 2024-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 A1D75 [(2~{R})-2-hexadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(2~{R},3~{R},5~{S},6~{R})-2,3,5,6-tetrakis(oxidanyl)-4-phosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] hexadecanoate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å
8Z6H Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with Phosphatidylglycerol-bound 提交 2024-04-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
8ZKH Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with phosphatidylglycerol-bound 提交 2024-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 1 CA CALCIUM ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 2.30 Å
8ZKR Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with phosphatidic acid bound 提交 2024-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 CA CALCIUM ION × 2 PA8 1,2-DIOCTANOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 2.80 Å
8ZKS Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutation 提交 2024-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.21 Å
8ZKT Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutations 提交 2024-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.34 Å
8ZKU Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with GOF mutations 提交 2024-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.34 Å
8ZL8 Structure of Polycystin-1/Polycystin-2 complex with 7b,27-DHC 提交 2024-05-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
未记录 A1EQ3 (3~{S},7~{R},8~{S},9~{S},10~{R},13~{R},14~{S},17~{R})-10,13-dimethyl-17-[(2~{R},6~{R})-6-methyl-7-oxidanyl-heptan-2-yl]-2,3,4,7,8,9,11,12,14,15,16,17-dodecahydro-1~{H}-cyclopenta[a]phenanthrene-3,7-diol × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
分辨率 3.38 Å
9DLI PKD2 ion channel, R638C variant 提交 2024-09-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A1 53–792（740 aa）
链 A2 53–792（740 aa）
链 A3 53–792（740 aa）
链 A4 53–792（740 aa）
突变：R638C 突变：R638C 突变：R638C 突变：R638C 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
9DWQ PKD2 ion channel, F629S variant 提交 2024-10-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 53–792（740 aa）
链 B 53–792（740 aa）
链 C 53–792（740 aa）
链 D 53–792（740 aa）
突变：F629S 突变：F629S 突变：F629S 突变：F629S CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM HEPES-NaOH, 150 mM NaCl, 1 mM CaCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried in air. Ethane temperature -183 C
分辨率 2.76 Å
9DWT PKD2 ion channel, F634A mutant 提交 2024-10-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 214–693（480 aa）
链 B 214–693（480 aa）
链 C 214–693（480 aa）
链 D 214–693（480 aa）
突变：F634A 突变：F634A 突变：F634A 突变：F634A CA CALCIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4；25 mM HEPES-NaOH, 150 mM NaCl, 1 mM CaCl2, 1 mM TCEP
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；Vitrification carried in air. Ethane temperature -183 C
分辨率 3.01 Å
9L0M Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex 提交 2024-12-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
突变：L677A,N681A 突变：L677A,N681A 突变：L677A,N681A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.34 Å
9L0W Structure of gain-of-function polycystin-1/polycystin-2 complex 提交 2024-12-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–968（968 aa）
链 C 1–968（968 aa）
链 D 1–968（968 aa）
突变：L677A,N681A 突变：L677A,N681A 突变：L677A,N681A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.69 Å

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查看构建体与数据证据
UniProt名称 PKD2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–78； UniProt 720–797

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kq6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kq6
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kq6
沉积日期 deposition_date2009-10-28
结构标题 titleThe structure of the EF-hand domain of polycystin-2 suggests a mechanism for Ca2+-dependent regulation of polycystin-2 channel activity
关键词 keywords;Protein X, Calcium, Coiled coil, Disease mutation, Glycoprotein, Ion transport, Ionic channel, Membrane, Phosphoprotein, Polymorphism, Transmembrane, Transport, TRANSPORT PROTEIN ;; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.34 Å
零角强度 I(0) i0565427000.00
分子量 molecular_weight179650.0 kDa
排除体积 excluded_volume215880 ų
包络体积 envelope_volume26864 ų
水化壳体积 shell_volume14244 ų
包络直径 envelope_diameter56.7 Å
壳层 Rg shell_rg22.17 Å
包络 Rg envelope_rg17.18 Å
形状 Rg shape_rg13.33 Å
总 Rg total_rg13.55 Å
总原子数 total_atoms24220
残基数 n_residues1560
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax50.9 Å
Rg (实空间) rg_real13.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.39 Å
I(0) (实空间) i0_real5.6540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.8010e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal565400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8136
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary17.4 Å
偏度 Skewness skewness0.282
峰度 Kurtosis kurtosis-0.056
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha134400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.556; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.996
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kq6A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)