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2kr6

Solution structure of presenilin-1 CTF subunit

Method: SOLUTION NMR Dmax: 211.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Presenilin-1

Homo sapiens

UniProt P49768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 292–467 片段：Presenilin-1 CTF subunit, UNP residues 292-467 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；313 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 AMBIENT NMR样品组成：0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] ps1ctf-1, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KR6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5A63 Cryo-EM structure of the human gamma-secretase complex at 3.4 angstrom resolution. 提交 2015-06-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 100, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 4 SECONDS BEFORE PLUNGING,
分辨率 3.40 Å
5FN2 Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a drug DAPT 提交 2015-11-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.20 Å
5FN3 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 1 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.10 Å
5FN4 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 2 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.00 Å
5FN5 Cryo-EM structure of gamma secretase in class 3 of the apo- state ensemble 提交 2015-11-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35；pH 7.4；25 MM HEPES, PH 7.4, 150 MM NACL AND AMPHIPOL A8-35
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；LIQUID ETHANE
分辨率 4.30 Å
6IDF Cryo-EM structure of gamma secretase in complex with a Notch fragment 提交 2018-09-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 4 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
6IYC Recognition of the Amyloid Precursor Protein by Human gamma-secretase 提交 2018-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
突变：Q112C NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
6LQG Human gamma-secretase in complex with small molecule Avagacestat 提交 2020-01-13 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 EN9 (2R)-2-[(4-chlorophenyl)sulfonyl-[[2-fluoranyl-4-(1,2,4-oxadiazol-3-yl)phenyl]methyl]amino]-5,5,5-tris(fluoranyl)pentanamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
6LR4 Molecular basis for inhibition of human gamma-secretase by small molecule 提交 2020-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 ESF (2S)-2-hydroxy-3-methyl-N-[(2S)-1-[[(5S)-3-methyl-4-oxo-2,5-dihydro-1H-3-benzazepin-5-yl]amino]-1-oxopropan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
7C9I Human gamma-secretase in complex with small molecule L-685,458 提交 2020-06-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å
7D8X CryoEM structure of human gamma-secretase in complex with E2012 and L685458 提交 2020-10-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 GZR 1-[(1S)-1-(4-fluorophenyl)ethyl]-3-[[3-methoxy-4-(4-methylimidazol-1-yl)phenyl]methylidene]piperidin-2-one × 1 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 FTO ~{tert}-butyl ~{N}-[(2~{S},3~{R},5~{R})-6-[[(2~{S})-1-[[(2~{S})-1-azanyl-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]amino]-4-methyl-1-oxidanylidene-pentan-2-yl]amino]-3-oxidanyl-6-oxidanylidene-1-phenyl-5-(phenylmethyl)hexan-2-yl]carbamate × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
7Y5T CryoEM structure of PS1-containing gamma-secretase in complex with MRK-560 提交 2022-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 IGD ~{N}-[4-[2,5-bis(fluoranyl)phenyl]-4-(4-chlorophenyl)sulfonyl-cyclohexyl]-1,1,1-tris(fluoranyl)methanesulfonamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8IM7 Human gamma-secretase treated with ganglioside GM1 提交 2023-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8K8E Human gamma-secretase in complex with a substrate mimetic 提交 2023-07-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8KCO Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with RO4929097 提交 2023-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 N60 2,2-dimethyl-N-[(7S)-6-oxo-5,7-dihydrobenzo[d][1]benzazepin-7-yl]-N'-(2,2,3,3,3-pentafluoropropyl)propanediamide × 1 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
8KCP Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Crenigacestat 提交 2023-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 N9C 4,4,4-tris(fluoranyl)-N-[(2S)-1-[[(7S)-5-(2-hydroxyethyl)-6-oxidanylidene-7H-pyrido[2,3-d][3]benzazepin-7-yl]amino]-1-oxidanylidene-propan-2-yl]butanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8KCS Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with BMS906024 提交 2023-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 Q70 Osugacestat × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8KCT Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Nirogacestat 提交 2023-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 O6U Nirogacestat × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8KCU Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with MK-0752 提交 2023-08-08 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 OL9 MK-0752 × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.70 Å
8OQY Structure of apo form of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc 提交 2023-04-12 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 7 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å
8OQZ Structure of human gamma-secretase PSEN1 APH-1B isoform reconstituted into lipid nanodisc in complex with Ab46 提交 2023-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
突变：D257A NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 14 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
8X52 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta49 提交 2023-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
8X53 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with Abeta46 提交 2023-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.00 Å
8X54 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with APP-C99 提交 2023-11-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 3 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å
9K95 Cryo-EM structure of human gamma-secretase in complex with compound E 提交 2024-10-25 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–467（467 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 A1D6X (2~{S})-2-[2-[3,5-bis(fluoranyl)phenyl]ethanoylamino]-~{N}-[(3~{S})-1-methyl-2-oxidanylidene-5-phenyl-3~{H}-1,4-benzodiazepin-3-yl]propanamide × 1 CLR CHOLESTEROL × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.90 Å

共 25 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PSN1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–176； UniProt 292–467

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kr6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kr6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kr6
沉积日期 deposition_date2009-12-04
结构标题 titleSolution structure of presenilin-1 CTF subunit
关键词 keywords;protease, Alternative splicing, Alzheimer disease, Amyloidosis, Apoptosis, Cell adhesion, Disease mutation, Endoplasmic reticulum, Golgi apparatus, Hydrolase, Membrane, Neurodegeneration, Notch signaling pathway, Phosphoprotein, Polymorphism, Transmembrane ;; HYDROLASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier41.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.14 Å
零角强度 I(0) i02046710000.00
分子量 molecular_weight388040.0 kDa
排除体积 excluded_volume487260 ų
包络体积 envelope_volume456890 ų
水化壳体积 shell_volume67953 ų
包络直径 envelope_diameter223.2 Å
壳层 Rg shell_rg51.10 Å
包络 Rg envelope_rg66.30 Å
形状 Rg shape_rg40.97 Å
总 Rg total_rg41.97 Å
总原子数 total_atoms54020
残基数 n_residues3520
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax211.6 Å
Rg (实空间) rg_real43.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error6.44 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0470e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9780e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal41.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2043000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6154
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks6
主峰位置 r_peak_primary22.3 Å
偏度 Skewness skewness0.925
峰度 Kurtosis kurtosis0.013
角度范围 angular_range— – 0.1900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1482000.0000
实空间数据点数 n_real_points39
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.000; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.000; Smooth: 0.996
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kr6A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — Presenilin
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)