2krf

NMR solution structure of the DNA binding domain of Competence protein A

Method: SOLUTION NMR
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional regulatory protein comA

Bacillus subtilis

UniProt P14204

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CMPA_BACSU
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–73; UniProt 146–214 作者链 B; PDB构建体 5–73; UniProt 146–214

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2krf
沉积日期 deposition_date2009-12-16
结构标题 titleNMR solution structure of the DNA binding domain of Competence protein A
关键词 keywordsActivator, Competence, DNA-binding, Transcription regulation, Two-component regulatory system, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2krf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2krf__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2krf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)15.74 Å
Rg(电子密度)14.44 Å
总 Rg15.61 Å
原子数2178
残基数138
排除体积19219 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2krf__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 2krf__assembly_1__model_2 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 2krf__assembly_1__model_3 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 2krf__assembly_1__model_4 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 2krf__assembly_1__model_5 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 2krf__assembly_1__model_6 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 2krf__assembly_1__model_7 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 2krf__assembly_1__model_8 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 9 2krf__assembly_1__model_9 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 10 2krf__assembly_1__model_10 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2krfa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.6 — C-terminal effector domain of the bipartite response regulators
家族 Family familya.4.6.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2krfb_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.6 — C-terminal effector domain of the bipartite response regulators
家族 Family familya.4.6.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2krfA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
结构域编号 domain_id2krfB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain
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7. 引用文献 (1)