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2kzy

Solution NMR structure of the ZNF216 A20 zinc finger

Method: SOLUTION NMR Dmax: 48.3 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Zfand5 protein (Zinc finger protein 216 (Predicted), isoform CRA_a)

Rattus norvegicus

UniProt B5DF11

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–60 片段：A20 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient NMR样品组成：1 mM ZNF216-A20-1, 50 uM Zinc-2, 0.1 mM DSS-3, 5 mM TRIS-4, 50 mM sodium chloride-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.2 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-6, 50 uM Zinc-7, 0.1 mM DSS-8, 5 mM TRIS-9, 50 mM sodium chloride-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZNF216-A20-11, 50 uM Zinc-12, 0.1 mM DSS-13, 5 mM TRIS-14, 50 mM sodium chloride-15, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1.2 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-16, 50 uM Zinc-17, 0.1 mM DSS-18, 5 mM TRIS-19, 50 mM sodium chloride-20, 7 % Polyacrylamide gel-21, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2KZY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2L00 Solution structure of the non-covalent complex of the ZNF216 A20 domain with ubiquitin 提交 2010-06-29 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–60（60 aa） 片段：A20
未记录 ZN ZINC ION × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成 4 mM ZNF216-A20-1, 50 uM Zinc-2, 0.1 mM DSS-3, 5 mM TRIS-4, 50 mM sodium chloride-5, 1 mM [U-100% 15N] ubiquitin-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-7, 50 uM Zinc-8, 4 mM MTSL-9, 5 mM TRIS-10, 50 mM sodium chloride-11, 4 mM ubiquitin-12, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZNF216-A20-13, 50 uM Zinc-14, 0.1 mM DSS-15, 5 mM TRIS-16, 50 mM sodium chloride-17, 2 mM ubiquitin-18, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-19, 50 uM Zinc-20, 0.1 mM DSS-21, 5 mM TRIS-22, 50 mM sodium chloride-23, 5 % Polyacrylamide gel-24, 4 mM ubiquitin-25, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 4 mM ZNF216-A20-26, 50 uM Zinc-27, 0.1 mM DSS-28, 5 mM TRIS-29, 50 mM sodium chloride-30, 5 % Polyacrylamide gel-31, 1 mM [U-100% 15N] ubiquitin-32, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 2 mM ZNF216-A20-33, 50 uM Zinc-34, 0.1 mM DSS-35, 5 mM TRIS-36, 50 mM sodium chloride-37, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin-38, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-39, 50 uM Zinc-40, 0.1 mM DSS-41, 5 mM TRIS-42, 50 mM sodium chloride-43, 4 mM ubiquitin-44, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B5DF11_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–62； UniProt 1–60

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2kzy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2kzy
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2kzy
沉积日期 deposition_date2010-06-28
结构标题 titleSolution NMR structure of the ZNF216 A20 zinc finger
关键词 keywordsA20 domain, ZNF216, Atrogene, zinc finger, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.26 Å
零角强度 I(0) i0356316000.00
分子量 molecular_weight132010.0 kDa
排除体积 excluded_volume155120 ų
包络体积 envelope_volume69722 ų
水化壳体积 shell_volume23809 ų
包络直径 envelope_diameter98.7 Å
壳层 Rg shell_rg31.60 Å
包络 Rg envelope_rg25.72 Å
形状 Rg shape_rg18.30 Å
总 Rg total_rg18.75 Å
总原子数 total_atoms17340
残基数 n_residues1240
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.3 Å
Rg (实空间) rg_real16.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.09 Å
I(0) (实空间) i0_real3.3910e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.1270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal356300000.0000
解质量估计 total_estimate0.6697
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary21.2 Å
偏度 Skewness skewness0.285
峰度 Kurtosis kurtosis-0.701
角度范围 angular_range— – 0.4300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.0310
最高正则化参数 α highest_alpha60410.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.009; Oscil: 0.999; Stabil: 0.988; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.750; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2kzyA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily4770 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)