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2l3g

Solution NMR Structure of CH domain of Rho guanine nucleotide exchange factor 7 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4495E

Method: SOLUTION NMR Dmax: 64.4 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rho guanine nucleotide exchange factor 7

Homo sapiens

UniProt Q14155

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–137 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成：0.87 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR4495E, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：0.85 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] HR4495E, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2L3G Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BY1 DBL homology domain from beta-PIX 提交 1998-10-22 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 81–289（209 aa） 片段：DBL HOMOLOGY DOMAIN
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；311 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM；压力 1
NMR样品组成 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1ZSG beta PIX-SH3 complexed with an atypical peptide from alpha-PAK 提交 2005-05-24 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 179–243（65 aa） 片段：sequence database residues 179-243
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM Na2SO4；压力 1
NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM Na2SO4；压力 1
NMR样品组成 1mM 15N labelled PIX-SH3 complexed with 1.2 mM peptide in 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, pH 7.3, 100mM Na2SO4, 0.05% NaN3, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM 15N,13C labelled PIX-SH3 complexed with 1.2 mM peptide in 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, pH 7.3, 100mM Na2SO4, 0.05% NaN3, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
5SXP STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION BETWEEN ITCH PRR AND BETA-PIX 提交 2016-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 183–243（61 aa） 片段：UNP residues 183-243
链 C 183–243（61 aa） 片段：UNP residues 183-243
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MIB buffer pH 5.0 and 25% PEG1500
分辨率 1.65 Å R-free 0.161
5SXP STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION BETWEEN ITCH PRR AND BETA-PIX 提交 2016-08-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 183–243（61 aa） 片段：UNP residues 183-243
链 D 183–243（61 aa） 片段：UNP residues 183-243
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MIB buffer pH 5.0 and 25% PEG1500
分辨率 1.65 Å R-free 0.161

共 3 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARHG7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 11–126； UniProt 1–137

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2l3g

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2l3g
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2l3g
沉积日期 deposition_date2010-09-13
结构标题 titleSolution NMR Structure of CH domain of Rho guanine nucleotide exchange factor 7 from Homo sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4495E
关键词 keywords;Structural Genomics, NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG), PSI-Biology, calponin-homology domain, Protein Structure Initiative, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.31 Å
零角强度 I(0) i01132670000.00
分子量 molecular_weight280960.0 kDa
排除体积 excluded_volume350360 ų
包络体积 envelope_volume49169 ų
水化壳体积 shell_volume19890 ų
包络直径 envelope_diameter72.0 Å
壳层 Rg shell_rg27.96 Å
包络 Rg envelope_rg22.97 Å
形状 Rg shape_rg15.31 Å
总 Rg total_rg15.58 Å
总原子数 total_atoms39600
残基数 n_residues2520
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.4 Å
Rg (实空间) rg_real16.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1330e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5520e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.29 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1133000000.0000
解质量估计 total_estimate0.7457
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.0 Å
偏度 Skewness skewness0.656
峰度 Kurtosis kurtosis0.661
角度范围 angular_range— – 0.4900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha541100.0000
实空间数据点数 n_real_points79
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.307; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.786; Smooth: 0.984
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2l3ga1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.40 — CH domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.40.1 — Calponin-homology domain, CH-domain
家族 Family familya.40.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2l3ga2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2l3gA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology418 — Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Calponin-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)