← 返回搜索
2l6k

Solution Structure of a Nonphosphorylated Peptide Recognizing Domain

Method: SOLUTION NMR Dmax: 51.1 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tensin-like C1 domain-containing phosphatase

Homo sapiens

UniProt Q63HR2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1135–1248 片段：Nonphosphorylated Peptide Recognizing Domain, SH2 domain, UNP residues 2-115 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成：0.6mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Protein Domain; 150mM sodium chloride; 20mM sodium phosphate; 2mM EDTA; 50mM Arginine; 50mM glutamine; 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2L6K Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2KNO NMR Solution Structure of SH2 Domain of the Human Tensin Like C1 Domain Containing Phosphatase (TENC1) 提交 2009-08-27 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1135–1249（115 aa） 片段：Src Homolog 2 domain of TENC1, UNP residues 1135-1249
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient
NMR样品组成 1mM [U-100% 13C] SH2-1, 100mM sodium acetate-2, 100mM sodium chloride-3, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1mM [U-100% 15N] SH2-4, 100mM sodium acetate-5, 100mM sodium chloride-6, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SH2-7, 100mM sodium acetate-8, 100mM sodium chloride-9, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM SH2-10, 100mM sodium acetate-11, 100mM sodium chloride-12, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
2LOZ The novel binding mode of DLC1 and Tensin2 PTB domain 提交 2012-01-29 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1263–1409（147 aa） 片段：PTB domain, UNP residues 1263-1409
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient
NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tensin2-1, 1.2-1.4 mM DLC1-2, 100 mM potassium phosphate-3, 100 mM potassium chloride-4, 1 mM EDTA-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.2-1.4 mM Tensin2-6, 0.6-0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] DLC1-7, 100 mM potassium phosphate-8, 100 mM potassium chloride-9, 1 mM EDTA-10, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.6-0.8 mM [U-100% 13C] Tensin2-11, 1.2-1.4 mM DLC1-12, 100 mM potassium phosphate-13, 100 mM potassium chloride-14, 1 mM EDTA-15, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1.2-1.4 mM Tensin2-16, 0.6-0.8 mM [U-100% 13C] DLC1-17, 100 mM potassium phosphate-18, 100 mM potassium chloride-19, 1 mM EDTA-20, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3HQC Crystal structure of Phosphotyrosine-binding domain from the Human Tensin-like C1 domain-containing phosphatase (TENC1) 提交 2009-06-05 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1264–1409（146 aa） 片段：Phosphotyrosine Binding Domain, PTB, residues 1264-1409
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SO4 SULFATE ION × 3 ACT ACETATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；294 K；100mM Sodium Acetate pH 4 + 2% Glycerol + 2000mM Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K
分辨率 1.80 Å R-free 0.242

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TENC1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–115； UniProt 1135–1248

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2l6k

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2l6k
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2l6k
沉积日期 deposition_date2010-11-22
结构标题 titleSolution Structure of a Nonphosphorylated Peptide Recognizing Domain
关键词 keywordsANTITUMOR PROTEIN, CELL ADHESION, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.35 Å
零角强度 I(0) i0798851000.00
分子量 molecular_weight251730.0 kDa
排除体积 excluded_volume320060 ų
包络体积 envelope_volume33507 ų
水化壳体积 shell_volume16551 ų
包络直径 envelope_diameter57.4 Å
壳层 Rg shell_rg23.19 Å
包络 Rg envelope_rg17.70 Å
形状 Rg shape_rg14.33 Å
总 Rg total_rg14.60 Å
总原子数 total_atoms32540
残基数 n_residues2300
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.1 Å
Rg (实空间) rg_real14.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real7.9890e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.1270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal798900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8487
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary19.4 Å
偏度 Skewness skewness0.160
峰度 Kurtosis kurtosis-0.258
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha317800.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.683; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.995
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2l6kA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — SH2 domain
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)