SAXSdb — 2l9s

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 12

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 200–241	片段：sequence database residues 200-241	Paired amphipathic helix protein Sin3a × 1 （Q60520）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成：0.75-1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] peptide, 0.75-1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2L9S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LKM Structural Basis for Molecular Interactions Involving MRG Domains: Implications in Chromatin Biology 提交 2011-10-16	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 200–241（42 aa）片段：UNP residues 200-241	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 0.9 mM protein_2, 50 mM sodium phosphate, 10 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_1, 0.9 mM protein_2, 50 mM potassium chloride, 100 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.9 mM protein_1, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 50 mM sodium phosphate, 10 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.9 mM protein_1, 0.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein_2, 50 mM sodium phosphate, 100 % [U-100% 2H] D2O, 5 mM [U-2H] DTT, 0.2 % sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
8BPA Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase complex at 3.7 Angstrom 提交 2022-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–1004（1004 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
8BPB Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex at 2.8 Angstrom 提交 2022-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–256（256 aa）链 C 257–364（108 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8BPC Cryo-EM structure of the human SIN3B histone deacetylase core complex with SAHA at 2.8 Angstrom 提交 2022-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 1–256（256 aa）链 C 257–364（108 aa）	未记录	SHH OCTANEDIOIC ACID HYDROXYAMIDE PHENYLAMIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.80 Å
8C60 Cryo-EM structure of the human SIN3B full-length complex at 3.4 Angstrom resolution 提交 2023-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–1004（1004 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 5 CA CALCIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHF12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–45； UniProt 200–241

Paired amphipathic helix protein Sin3a

Mus musculus

UniProt Q60520

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 295–385	片段：PAH 2 domain residues 295-385	PHD finger protein 12 × 1 （Q96QT6）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成：0.75-1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] peptide, 0.75-1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2L9S	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1G1E NMR STRUCTURE OF THE HUMAN MAD1 TRANSREPRESSION DOMAIN SID IN COMPLEX WITH MAMMALIAN SIN3A PAH2 DOMAIN 提交 2000-10-11	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 295–383（89 aa）片段：PAIRED AMPHIPATHIC HELIX 2 (PAH2 REPEAT)	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM phosphate；压力 ambient NMR样品组成 1.0 mM 1:1 SID unlabeled, PAH2 U-15N; 1.6 mM 1:1 SID unlabeled, PAH2 U-15N, U-13C. \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.6 mM 1:1 SID unlabeled, PAH2 U-15N,13C; 20 mM phosphate buffer pH 6.0, 0.2% NaN3 \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.6 mM 1:1 SID unlabeled, PAH2 U-15N,13C; 20 mM phosphate buffer pH 6.0, 0.2% NaN3 \| 100% D2O	分辨率未提供
1S5Q Solution Structure of Mad1 SID-mSin3A PAH2 Complex 提交 2004-01-21	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 295–383（89 aa）片段：Paired Amphipathic Helix 2, (PAH2 repeat), Residues 295 to 383	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6, 0.2% NaN3；压力 ambient NMR样品组成 1.0 mM 1:1 SID UNLABELED, PAH2 U-15N \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.6 mM 1:1 SID UNLABELED, PAH2 U-15N,U-13C \| 100% D2O	分辨率未提供
1S5R Solution Structure of HBP1 SID-mSin3A PAH2 Complex 提交 2004-01-21	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 295–383（89 aa）片段：Paired Amphipathic Helix 2, (PAH2 repeat), Residues 295 to 383	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K；离子强度（mmCIF原始值）20 mM sodium phosphate, pH 6, 0.2% NaN3；压力 ambient NMR样品组成 1.1 mM 1:1 SID UNLABELED, PAH2 U-15N \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.4 mM 1:1 SID UNLABELED, PAH2 U-15N,13C \| 100% D2O	分辨率未提供
2LD7 Solution structure of the mSin3A PAH3-SAP30 SID complex 提交 2011-05-16	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 456–528（73 aa）片段：PAH 3 domain residues 456-528	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；308 K NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 1, 1 mM protein 2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM protein 1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 2, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 1, 1 mM protein 2, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM protein 1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein 2, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2N2H Solution structure of Sds3 in complex with Sin3A 提交 2015-05-08	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 608–729（122 aa）片段：UNP residues 608-729	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.7；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.12；压力 ambient NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sin3HID, 0.5-1 mM Sds3SID, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.5-1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Sds3SID, 0.5-1 mM Sin3HID, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RMR Solution structure of mSin3A PAH1 domain 提交 2007-11-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 119–189（71 aa）片段：UNP residues 119-189	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；288 K；离子强度（mmCIF原始值）.02；压力 ambient NMR样品组成 0.7-1.0mM [U-13C; U-15N] Sin3A PAH1 domain, 20mM sodium phosphate, 2mM DTT, 0.2% sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.7-1.0mM [U-15N] Sin3A PAH1 domain, 20mM sodium phosphate, 2mM DTT, 0.2% sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7-1.0mM [U-13C; U-15N] Sin3A PAH1 domain, 20mM sodium phosphate, 2mM DTT, 0.2% sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2RMS Solution structure of the mSin3A PAH1-SAP25 SID complex 提交 2007-11-14	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 119–189（71 aa）片段：UNP residues 119-189	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）.02；压力 ambient NMR样品组成 0.7-1.0mM [U-15N] SIN3A, 0.7-1.0mM SAP25, 20mM sodium phosphate, 2mM DTT, 0.2% sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7-1.0mM SIN3A, 0.7-1.0mM [U-15N] SAP25, 20mM sodium phosphate, 2mM DTT, 0.2% sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.7-1.0mM [U-13C; U-15N] SIN3A, 0.7-1.0mM SAP25, 20mM sodium phosphate, 2mM DTT, 0.2% sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 0.7-1.0mM SIN3A , 0.7-1.0mM [U-13C; U-15N] SAP25, 20mM sodium phosphate, 2mM DTT, 0.2% sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIN3A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–94； UniProt 295–385

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2l9s
沉积日期 deposition_date	2011-02-23
结构标题 title	Solution structure of Pf1 SID1-mSin3A PAH2 Complex
关键词 keywords	Protein-Peptide Complex, Amphipathic Helix motif, Transcription; TRANSCRIPTION
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.09 Å
零角强度 I(0) i0	1465530000.00
分子量 molecular_weight	315870.0 kDa
排除体积 excluded_volume	391960 Å³
包络体积 envelope_volume	84084 Å³
水化壳体积 shell_volume	28899 Å³
包络直径 envelope_diameter	85.3 Å
壳层 Rg shell_rg	31.65 Å
包络 Rg envelope_rg	24.70 Å
形状 Rg shape_rg	17.03 Å
总 Rg total_rg	17.65 Å
总原子数 total_atoms	43920
残基数 n_residues	2780
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	75.6 Å
Rg (实空间) rg_real	18.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4660e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9530e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1466000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7426
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	0.247
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	948200.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.318; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.697; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PHD finger protein 12
分子量 formula_weight	4993.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	43920

SNADYVQPQLRRPFELLIAAAMERNPTQFQLPNELTCTTALPGSS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Paired amphipathic helix protein Sin3a
分子量 formula_weight	10816.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SNASLQNNQPVEFNHAINYVNKIKNRFQGQPDIYKAFLEILHTYQKEQRNAKEAGGNYTPALTEQEVYAQVARLFKNQEDLLSEFGQFLPDANS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2l9sb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.59 — PAH2 domain
超家族 Superfamily superfamily	a.59.1 — PAH2 domain
家族 Family family	a.59.1.1 — PAH2 domain

结构域编号 domain_id	d2l9sb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2l9sA00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	20 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — PHD finger protein 12

结构域编号 domain_id	2l9sB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1160 — Paired amphipathic helix 2 (pah2 repeat)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Paired amphipathic helix

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

fit	/app/data/saxs_computation/l9/2l9s/2l9s.fit
pddf	/app/data/pr_computation/l9/2l9s/2l9s.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/l9/2l9s/2l9s.dat

Solution structure of Pf1 SID1-mSin3A PAH2 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHD finger protein 12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Paired amphipathic helix protein Sin3a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)