2lcr

NMR Structure of Alk1 extracellular domain

Method: SOLUTION NMR Dmax: 48.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Activin receptor-like kinase 1

Homo sapiens

UniProt P37023

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–118 片段:Extracellular domain residues 22-118 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 5.5;305 K;压力 ambient NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 15N] Alk1, 25 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Alk1, 25 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O NMR样品组成:0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Alk1, 25 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 5mg/mL mg Pf1 phage, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACVL1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–101; UniProt 22–118

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2lcr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2lcr
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2lcr
沉积日期 deposition_date2011-05-06
结构标题 titleNMR Structure of Alk1 extracellular domain
关键词 keywordsTRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier13.26
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.38
零角强度 I(0) i0464275000.00
分子量 molecular_weight160700.0 kDa
排除体积 excluded_volume192710 ų
包络体积 envelope_volume28411 ų
水化壳体积 shell_volume14957 ų
包络直径 envelope_diameter56.1
壳层 Rg shell_rg21.90
包络 Rg envelope_rg16.50
形状 Rg shape_rg13.40
总 Rg total_rg13.52
总原子数 total_atoms21675
残基数 n_residues1455
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax48.2
Rg (实空间) rg_real13.26
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40
I(0) (实空间) i0_real4.6430e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6970e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal13.26
I(0) (倒空间) i0_reciprocal464300000.0000
解质量估计 total_estimate0.7599
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary15.9
偏度 Skewness skewness0.391
峰度 Kurtosis kurtosis-0.041
角度范围 angular_range— – 0.5000 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha388300.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.666; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.878; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2lcrA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology60 — CD59
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — CD59

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)