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2lg1

Solution structure of the human AKAP13 PH domain and stabilizing DH helix

Method: SOLUTION NMR Dmax: 52.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

A-kinase anchor protein 13

Homo sapiens

UniProt Q12802

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2164–2346 片段：PH domain residues 2164-2346 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）150.00；压力 1.00 NMR样品组成：0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] AKAP13a_A10, 50.0 mM sodium phosphate, 150.0 mM sodium chloride, 0.1 mM Sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2LG1 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4D0N AKAP13 (AKAP-Lbc) RhoGEF domain in complex with RhoA 提交 2014-04-29 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1968–2338（371 aa） 片段：RHOGEF DOMAIN, RESIDUES 1968-2338
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 SO4 SULFATE ION × 5 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 25% (W/V) PEG 3350
分辨率 2.10 Å R-free 0.239
4D0O AKAP13 (AKAP-Lbc) DH domain 提交 2014-04-29 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1972–2207（236 aa） 片段：RHOGEF DOMAIN, RESIDUES 1972-2207
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 25% (W/V) PEG 3350
分辨率 2.75 Å R-free 0.308
4D0O AKAP13 (AKAP-Lbc) DH domain 提交 2014-04-29 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1972–2207（236 aa） 片段：RHOGEF DOMAIN, RESIDUES 1972-2207
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.5；0.2 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 5.5, 25% (W/V) PEG 3350
分辨率 2.75 Å R-free 0.308
6BCA A Complex between PH Domain of LbcRhoGEF (AKAP-Lbc) and Activated RhoA Bound to a GTP Analog 提交 2017-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2173–2313（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；24-26% PEG 3350, 100mM Bis-Tris, 200mM ammonium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.234
6BCA A Complex between PH Domain of LbcRhoGEF (AKAP-Lbc) and Activated RhoA Bound to a GTP Analog 提交 2017-10-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 2173–2313（141 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GSP 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；24-26% PEG 3350, 100mM Bis-Tris, 200mM ammonium sulfate
分辨率 2.00 Å R-free 0.234

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AKP13_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–185； UniProt 2164–2346

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2lg1

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2lg1
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2lg1
沉积日期 deposition_date2011-07-19
结构标题 titleSolution structure of the human AKAP13 PH domain and stabilizing DH helix
关键词 keywordsMETAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier16.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.08 Å
零角强度 I(0) i02397730000.00
分子量 molecular_weight420420.0 kDa
排除体积 excluded_volume528770 ų
包络体积 envelope_volume37188 ų
水化壳体积 shell_volume17803 ų
包络直径 envelope_diameter61.8 Å
壳层 Rg shell_rg23.81 Å
包络 Rg envelope_rg17.82 Å
形状 Rg shape_rg16.06 Å
总 Rg total_rg16.25 Å
总原子数 total_atoms59900
残基数 n_residues3700
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax52.9 Å
Rg (实空间) rg_real16.46 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3980e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5010e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal16.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2398000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8945
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.0 Å
偏度 Skewness skewness0.162
峰度 Kurtosis kurtosis-0.372
角度范围 angular_range— – 0.4800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha893500.0000
实空间数据点数 n_real_points78
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.881; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.986
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2lg1A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2510 —
结构域编号 domain_id2lg1A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)