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2lhr

Solution structure of Staphylococcus aureus IsdH linker domain

Method: SOLUTION NMR Dmax: 49.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Iron-regulated surface determinant protein H

Staphylococcus aureus subsp. aureus

UniProt Q8NW39

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 467–543 片段：UNP residues 467-543 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）140；压力 ambient NMR样品组成：1.1 mM [U-100% 15N] IsdH linker, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 100 uM AEBSF protease inhibitor, 0.01 % sodium azide, 7 % D2O, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：1.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IsdH linker, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 100 uM AEBSF protease inhibitor, 0.01 % sodium azide, 7 % D2O, 93% H2O/7% D2O | 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：1.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] IsdH linker, 20 mM potassium phosphate, 50 mM potassium chloride, 100 uM AEBSF protease inhibitor, 0.01 % sodium azide, 100 % D2O, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2LHR Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3SZK Crystal Structure of Human metHaemoglobin Complexed with the First NEAT Domain of IsdH from Staphylococcus aureus 提交 2011-07-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 86–229（144 aa） 片段：first NEAT domain
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M potassium thiocyanate, 0.1M Tris-bis propane, 20% PEG 3350 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.01 Å R-free 0.275
3SZK Crystal Structure of Human metHaemoglobin Complexed with the First NEAT Domain of IsdH from Staphylococcus aureus 提交 2011-07-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 86–229（144 aa） 片段：first NEAT domain
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M potassium thiocyanate, 0.1M Tris-bis propane, 20% PEG 3350 , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 3.01 Å R-free 0.275
4FC3 Crystal Structure of Human Methaemoglobin Complexed with the Second NEAT Domain of IsdH from Staphylococcus aureus 提交 2012-05-24 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 E 321–464（144 aa） 片段：Second NEAT domain
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.2M Sodium formate, 0.1M bis-tris propane, 20% PEG3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.26 Å R-free 0.256
9S3P Human carboxyhemoglobin bound to Staphylococcus aureus IsdH-N2N3 - 3IsdH(alpha2beta):Hbtet complex 提交 2025-07-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 326–665（340 aa）
链 F 326–665（340 aa）
链 G 326–665（340 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 3 s
分辨率 3.10 Å
9S4F Human carboxyhemoglobin bound to Staphylococcus aureus IsdH-N2N3 - 2IsdH:Hbdim complex - 3DVA component 4 right tail 提交 2025-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 326–665（340 aa）
链 D 326–665（340 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 3 s
分辨率 4.20 Å
9S4I Human carboxyhemoglobin bound to Staphylococcus aureus IsdH-N2N3 - 2IsdH:Hbdim complex - 3DVA component 0 left tail 提交 2025-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 326–665（340 aa）
链 D 326–665（340 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 3 s
分辨率 4.00 Å
9S4J Human carboxyhemoglobin bound to Staphylococcus aureus IsdH-N2N3 - 2IsdH:Hbdim complex - 3DVA component 0 right tail 提交 2025-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 326–665（340 aa）
链 D 326–665（340 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 3 s
分辨率 4.10 Å
9S4K Human carboxyhemoglobin bound to Staphylococcus aureus IsdH-N2N3 - 2IsdH:Hbdim complex - 3DVA component 4 left tail 提交 2025-07-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 326–665（340 aa）
链 D 326–665（340 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 3 s
分辨率 4.00 Å
9SZW Human carboxyhemoglobin bound to full-length Staphylococcus aureus IsdH - IsdH:Hbdim complex 提交 2025-10-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 86–665（580 aa）
未记录 HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot time 3 s
分辨率 3.14 Å

共 8 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ISDH_STAAW
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–78； UniProt 467–543

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2lhr

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2lhr
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2lhr
沉积日期 deposition_date2011-08-12
结构标题 titleSolution structure of Staphylococcus aureus IsdH linker domain
关键词 keywordsHeme acquisition, Iron uptake, NEAT domain, Hemoglobin receptor, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier18.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron17.73 Å
零角强度 I(0) i0476469000.00
分子量 molecular_weight185250.0 kDa
排除体积 excluded_volume232400 ų
包络体积 envelope_volume48662 ų
水化壳体积 shell_volume17513 ų
包络直径 envelope_diameter86.8 Å
壳层 Rg shell_rg30.20 Å
包络 Rg envelope_rg27.26 Å
形状 Rg shape_rg17.75 Å
总 Rg total_rg18.03 Å
总原子数 total_atoms26040
残基数 n_residues1560
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax49.7 Å
Rg (实空间) rg_real16.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.14 Å
I(0) (实空间) i0_real4.5320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8020e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal18.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal476500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6630
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary— Å
偏度 Skewness skewness0.420
峰度 Kurtosis kurtosis-0.556
角度范围 angular_range— – 0.4300 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.1170
最高正则化参数 α highest_alpha94330.0000
实空间数据点数 n_real_points74
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.006; Oscil: 0.947; Stabil: 0.983; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.837; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2lhrA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1270 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)