SAXS 散射曲线 SAXS Profile
P(r) 距离分布 P(r) Distribution
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条目编号 entry_id 2lib 沉积日期 deposition_date 2011-08-27 结构标题 title DNA sequence context conceals alpha anomeric lesion 关键词 keywords ;Alpha anomeric adenosine, DNA damage, Flanking sequence effects, Structural perturbation, Structural distortion, Minor groove distortion, Endonuclease IV, Enzyme recognition, Helical axis kink, Enzyme modulation, DNA repair, DNA perturbation, DNA
;; DNA 实验方法 method SOLUTION NMR
回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier 12.46 Å 回转半径 Rg (电子) rg_electron 11.78 Å 零角强度 I(0) i0 1988340.00 分子量 molecular_weight 6073.0 kDa 排除体积 excluded_volume 5876 ų 包络体积 envelope_volume 8124 ų 水化壳体积 shell_volume 6492 ų 包络直径 envelope_diameter 39.4 Å 壳层 Rg shell_rg 16.04 Å 包络 Rg envelope_rg 11.89 Å 形状 Rg shape_rg 11.63 Å 总 Rg total_rg 12.73 Å 总原子数 total_atoms 631 残基数 n_residues 19 球谐函数阶数 n_harmonics 20 q 范围 q_range — – 0.5000 Å−1 数据点数 n_points 101 壳层类型 shell_type directional 溶剂电子密度 solvent_density 0.3340 e/ų 壳层衬度 contrast_shell 0.0300 e/ų CRYSOL 版本 crysol_version 4.1.3
最大尺寸 Dmax dmax 40.5 Å Rg (实空间) rg_real 12.46 Å Rg 误差 (实空间) rg_real_error 0.32 Å I(0) (实空间) i0_real 1.9880e+06 I(0) 误差 (实空间) i0_real_error 2.2250e+04 Rg (倒空间) rg_reciprocal 12.46 Å I(0) (倒空间) i0_reciprocal 1988000.0000 解质量估计 total_estimate 0.6679 解质量评级 solution_quality
REASONABLE
a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks 2 主峰位置 r_peak_primary 15.4 Å 偏度 Skewness skewness 0.282 峰度 Kurtosis kurtosis -0.353 角度范围 angular_range — – 0.5000 Å−1 当前正则化参数 α current_alpha 0.0000 最高正则化参数 α highest_alpha 88690.0000 实空间数据点数 n_real_points 80 GNOM 版本 gnom_version 4.1.3 质量判据 quality_criteria
AN1: 0.000;
Oscil: 0.866;
Stabil: 0.997;
Sysdev: 0.368;
Positv: 1.000;
Valcen: 0.985;
Smooth: 0.000
Entity 1
polymer
描述 description ;DNA (5'-D(*GP*TP*CP*CP*(A3A)P*GP*GP*AP*CP*G)-3')
; 分子量 formula_weight 3070.0 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polydeoxyribonucleotide 链编号 strand_id A 原子数 atom_count 631
GTCCAGGACG
Entity 2
polymer
描述 description ;DNA (5'-D(*CP*GP*TP*CP*CP*TP*GP*GP*AP*C)-3')
; 分子量 formula_weight 3021.0 kDa 来源方法 src_method syn 拷贝数 entity_count 1
聚合体 Polymer
聚合体类型 type polydeoxyribonucleotide 链编号 strand_id B
CGTCCTGGAC
DNA sequence context conceals alpha-anomeric lesions.
J.Mol.Biol. (2012)
Files (7)
pr_distribution /app/data/pr_computation/li/2lib/pr_distribution.jsonpr_output /app/data/pr_computation/li/2lib/2lib.pr.outpr_plot /app/data/visualization/pr_computation/li/2lib/2lib_pr_distribution.pngsaxs_curve_dat /app/data/saxs_computation/li/2lib/2lib.datsaxs_fit /app/data/saxs_computation/li/2lib/2lib.fitsaxs_log /app/data/saxs_computation/li/2lib/2lib.logsaxs_plot /app/data/visualization/saxs_computation/li/2lib/2lib_saxs_profile.png
Curves (3)
fit
/app/data/saxs_computation/li/2lib/2lib.fit
pddf
/app/data/pr_computation/li/2lib/2lib.pr.out
profile
/app/data/saxs_computation/li/2lib/2lib.dat
