RNA-binding protein 5
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 | 链 A； UniProt 181–210 | 片段：RanBP2-type zinc finger residues 181-210 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | AQN 9,10-dioxo-9,10-dihydroanthracene-2-sulfonic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 | SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成：100 uM RBM5-ZF1, 150 uM ZINC ION, 500 uM AQN, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O | 分辨率未提供 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 2LK1 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2LK0 Solution structure and binding studies of the RanBP2-type zinc finger of RBM5 提交 2011-09-30 | 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
181–210（30 aa）
片段：RanBP2-type zinc finger residues 181-210
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 5.7；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成
100 uM RBM5-ZF1, 150 uM ZINC ION, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 2LKZ Solution structure of the second RRM domain of RBM5 提交 2011-10-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
231–316（86 aa）
片段：RRM 2 domain, UNP residues 231-316
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.4；298 K；压力 ambient
NMR样品组成
40 mM sodium phosphate-1, 50 mM sodium chloride-2, 2 mM EDTA-3, 1 mM sodium azide-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
40 mM sodium phosphate-5, 50 mM sodium chloride-6, 2 mM EDTA-7, 1 mM sodium azide-8, 100% D2O | 100% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5MF9 Solution structure of the RBM5 OCRE domain in complex with polyproline SmN peptide. 提交 2016-11-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric |
链 A
451–511（61 aa）
片段：UNP residues 451-511
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成
2 mM [U-99% 15N] 15N, 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] 13C_15N, 2 mM [U-13C; U-15N] unlabel, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 5MFY RBM5 OCRE domain 提交 2016-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
451–511（61 aa）
片段：UNP residues 451-511
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1
NMR测量条件
pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1
NMR样品组成
1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ocre5, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 10 % D2O, 90 % H2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 7PCV Crystal structure of RBM5 RRM1-zinc finger 提交 2021-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 A
94–210（117 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M BICINE pH 8.5, 12% PEG 6000, 10% 1M cesium chloride
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.313 |
| 7PCV Crystal structure of RBM5 RRM1-zinc finger 提交 2021-08-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric |
链 B
94–210（117 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；0.1M BICINE pH 8.5, 12% PEG 6000, 10% 1M cesium chloride
|
分辨率 2.42 Å R-free 0.313 |
| 9ZE0 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Proximal DHX15 state) 提交 2025-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–815（815 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.43 Å |
| 9ZE2 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (core) 提交 2025-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric |
链 A
1–815（815 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.26 Å |
| 9ZE3 Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (Distal DHX15 state) 提交 2025-11-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric |
链 A
1–815（815 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.93 Å |
| 9ZEC Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 1) 提交 2025-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–815（815 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.61 Å |
| 9ZED Cryo-EM structure of the endogenous U2/branchpoint spliceosomal complex (SF3A state 2) 提交 2025-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：tridecameric |
链 A
1–815（815 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.9；20 mM HEPES-KOH pH 7.9, 150 mM NaCl, 1.5 mM MgCl2, 10 mM DTT, 4.5% glycerol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.94 Å |
共 10 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | RBM5_HUMAN |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 2–31； UniProt 181–210 |
