2lm0

Solution structure of the AF4-AF9 complex

Method: SOLUTION NMR D_max: 55.0 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AF4/FMR2 family member 1/Protein AF-9 chimera

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 490–568	片段：UNP residues 738-779, UNP residues 490-568	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成：9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：15.8 mM MES, 9.3 mM Bis-Tris, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 3.5 % (3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride, 3.5 % acrylic acid, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 3.5 % (3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride, 3.5 % acrylamide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2LM0	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2MV7 Solution NMR structure of DOT1L in complex with AF9 (DOT1L-AF9) 提交 2014-09-24	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–568（69 aa）片段：UNP RESIDUES 500-568	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLIC ACID, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLAMIDE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLIC ACID, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PROTEIN AF, 750 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HISTONE-LYSINE N-METHYLTRANSFERASE, H3 LYSINE-79 SPECIFIC, 9.3 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM SODIUM CHLORIDE, 1 mM DTT, 3.5 % (3-ACRYLAMIDOPROPYL)-TRIMETHYLAMMONIUM CHLORIDE, 3.5 % ACRYLAMIDE, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2N4Q Solution NMR structure of CBX8 in complex with AF9 (CBX8-AF9) 提交 2015-06-30	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 500–568（69 aa）片段：UNP residues 500-568	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Chromobox protein homolog 8, 750 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein AF, 9.5 mM BIS-TRIS, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2NDF Solution NMR structures of AF9 yeats domain in complex with histon H3 acetylation at K18 提交 2016-05-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain residues 1-138	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；压力 ambient NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2NDG Solution NMR structures of AF9 yeats domain in complex with histone H3 crotonylation at K18 提交 2016-05-19	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain residues 1-138	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；压力 ambient NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 500 mM sodium chloride, 2 mM EDTA, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
4TMP Crystal structure of AF9 YEATS bound to H3K9ac peptide 提交 2014-06-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain (UNP residues 1-138)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG4000, 5% 2-Propanol, 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
4TMP Crystal structure of AF9 YEATS bound to H3K9ac peptide 提交 2014-06-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–138（138 aa）片段：YEATS domain (UNP residues 1-138)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；291 K；20% PEG4000, 5% 2-Propanol, 0.1 M Sodium Citrate Tribasic Dihydrate	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
5HJB AF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K9 提交 2016-01-12	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；292 K；20% (w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 3% MPD	分辨率 2.70 Å R-free 0.253
5HJD AF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K18 提交 2016-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 C 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 E 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 G 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138	未记录	CU COPPER (II) ION × 3 SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；20%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M copper chloride dihydrate	分辨率 2.81 Å R-free 0.273
5HJD AF9 YEATS in complex with histone H3 Crotonylation at K18 提交 2016-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 K 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 N 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 Q 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138 链 T 1–138（138 aa）片段：YEATS domain, UNP residues 1-138	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；20%(w/v) polyethylene glycol 4000, 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M copper chloride dihydrate	分辨率 2.81 Å R-free 0.273
5YYF Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with a peptide inhibitor "PHQ-H3(Q5-K9)" modified at K9 with 2-furancarboyl group 提交 2017-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 FOA 2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 25 % (w/v) PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
5YYF Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with a peptide inhibitor "PHQ-H3(Q5-K9)" modified at K9 with 2-furancarboyl group 提交 2017-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–138（138 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 FOA 2-FUROIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；277 K；0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium citrate tribasic dihydrate, pH 5.6, 25 % (w/v) PEG 4000	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
6B7G Solution NMR structure of BCoR in complex with AF9 (BCoR-AF9) 提交 2017-10-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 497–565（69 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成 750 uM [U-13C; U-15N] BCoR, 750 uM [U-13C; U-15N] AF9, 9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM NaCl, 1 mM DTT, 5 % [U-99% 2H] D2O, 95 % H2O, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
6L5Z Crystal strucutre of AF9 YEATS domain in complex with a cyclopeptide inhibitor 提交 2019-10-25	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；20% (w/v)PEG 3350,0.2M Ammonium Nitrate	分辨率 3.05 Å R-free 0.222
6LS6 Crystal Structure of YEATS domain of AF9 in complex with H3K9bz peptide 提交 2020-01-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain of AF9	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5??200 mM lithium sulfate, 25% w/v PEG 3350.	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
6LS6 Crystal Structure of YEATS domain of AF9 in complex with H3K9bz peptide 提交 2020-01-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–138（138 aa）片段：YEATS domain of AF9	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；291 K；0.1 M Bis-Tris, pH 5.5??200 mM lithium sulfate, 25% w/v PEG 3350.	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
6MIL Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with histone H3K9bu 提交 2018-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain residues 1-138	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium malonate, 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5, and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.236
6MIL Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with histone H3K9bu 提交 2018-09-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–138（138 aa）片段：YEATS domain residues 1-138	未记录	MLI MALONATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；200 mM sodium malonate, 100 mM Bis-Tris propane pH 8.5, and 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 1.93 Å R-free 0.236
6MIM Crystal structure of AF9 YEATS domain Y78W mutant in complex with histone H3K9cr 提交 2018-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain residues 1-138	突变：Y78W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM MES pH 6.0, 20%(w/v) PEG 6000, and 10 mM ZnCl2	分辨率 2.52 Å R-free 0.264
6MIM Crystal structure of AF9 YEATS domain Y78W mutant in complex with histone H3K9cr 提交 2018-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–138（138 aa）片段：YEATS domain residues 1-138	突变：Y78W	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；100 mM MES pH 6.0, 20%(w/v) PEG 6000, and 10 mM ZnCl2	分辨率 2.52 Å R-free 0.264
7EIC Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with H4K5acK8ac peptide 提交 2021-03-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Bis-Tris buffer (pH 6.5) containing 100 mM ammonium acetate and 25% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.205
7EIC Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with H4K5acK8ac peptide 提交 2021-03-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–138（138 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Bis-Tris buffer (pH 6.5) containing 100 mM ammonium acetate and 25% PEG3350	分辨率 1.95 Å R-free 0.205
7EID Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with H4K8acK12ac peptide 提交 2021-03-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium citrate tribasic buffer (pH 7.0) containing 19% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7EID Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with H4K8acK12ac peptide 提交 2021-03-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–138（138 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium citrate tribasic buffer (pH 7.0) containing 19% PEG3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.229
7VKG Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with Compound 10 提交 2021-09-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	7IV ~{N}-(4-chlorophenyl)-2-phenylmethoxy-ethanamide × 1 CL CHLORIDE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide dehydrate, 0.1 M Tris, 20% w/v PEGMME 2000, pH 8.5	分辨率 1.83 Å R-free 0.245
7VKH Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with hit 2 提交 2021-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–138（138 aa）	未记录	7IY ~{N}-(3-azanyl-4-chloranyl-phenyl)-2-methoxy-ethanamide × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide dehydrate, 0.1 M Tris, 20% w/v PEGMME 2000, pH 8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
7VKH Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with hit 2 提交 2021-09-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–138（138 aa）	未记录	7IY ~{N}-(3-azanyl-4-chloranyl-phenyl)-2-methoxy-ethanamide × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M trimethylamine N-oxide dehydrate, 0.1 M Tris, 20% w/v PEGMME 2000, pH 8.5	分辨率 2.25 Å R-free 0.244
8PJ7 MLLT3 in complex with compound PFI-6 提交 2023-06-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–142（142 aa）	未记录	ZJ9 ~{N}-[(1~{R})-2,3-dihydro-1~{H}-inden-1-yl]-5-[4-(dimethylcarbamoyl)-3-oxidanyl-phenyl]-1,2-oxazole-3-carboxamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM Bis-Tris pH=7.0 150 mM AmSO4 Gradient 20-30% PEG3350	分辨率 1.26 Å R-free 0.222
8TLW Crystal structure of MBP and AF9 AHD fusion protein 3AQA in complex with peptidomimetic inhibitor 28 提交 2023-07-27	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–568（69 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-30% PEG3350, 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.11 Å R-free 0.213
8TLX Crystal structure of MBP and AF9 AHD fusion protein 3AQA in complex with peptidomimetic inhibitor 21a 提交 2023-07-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 500–568（69 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20-30% PEG3350 and 0.1 M Bis-Tris pH 5.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.227
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：N-terminally processed	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate	分辨率 2.91 Å R-free 0.221
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–138（138 aa）片段：N-terminally processed	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate	分辨率 2.91 Å R-free 0.221
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–138（138 aa）片段：N-terminally processed	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate	分辨率 2.91 Å R-free 0.221
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–138（138 aa）片段：N-terminally processed	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate	分辨率 2.91 Å R-free 0.221
9ARO Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with acetylated at K1007 MOZ 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain 链 B 1–138（138 aa）片段：YEATS domain	未记录	FMT FORMIC ACID × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；0.2 M Sodium formate pH 7.2, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.273
9ARO Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with acetylated at K1007 MOZ 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–138（138 aa）片段：YEATS domain 链 D 1–138（138 aa）片段：YEATS domain	未记录	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；0.2 M Sodium formate pH 7.2, 20% (w/v) PEG 3350	分辨率 2.30 Å R-free 0.273
9ARR Crystal structure of AF9 YEATS domain in complex with dicrotonylated at K1007 and K1014 MOZ 提交 2024-02-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–138（138 aa）片段：YEATS domain 链 B 1–138（138 aa）片段：YEATS domain	未记录	LI LITHIUM ION × 2 NO3 NITRATE ION × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 MICROBATCH；291 K；0.2 M Lithium nitrate pH 7.1, 20% w/v PEG 3350	分辨率 2.10 Å R-free 0.247
9IM4 Crystal Structure of AF9 YEATS domain F28R mutant in complex with histone H3K9la 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–138（138 aa）	突变：F28R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.1M DL Malic acid pH7.0	分辨率 2.79 Å R-free 0.315
9IM4 Crystal Structure of AF9 YEATS domain F28R mutant in complex with histone H3K9la 提交 2024-07-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–138（138 aa）	突变：F28R	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.1M DL Malic acid pH7.0	分辨率 2.79 Å R-free 0.315

共 24 个其他 PDB 条目、38 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AF9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 47–125； UniProt 490–568

AF4/FMR2 family member 1/Protein AF-9 chimera

Homo sapiens

UniProt P51825

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	信息不足单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 738–779	片段：UNP residues 738-779, UNP residues 490-568	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 ambient NMR样品组成：9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：15.8 mM MES, 9.3 mM Bis-Tris, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 3.5 % (3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride, 3.5 % acrylic acid, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成：9.3 mM Bis-Tris, 15.8 mM MES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 5 % D-99% D2O, 400 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] Protein, 3.5 % (3-acrylamidopropyl)-trimethylammonium chloride, 3.5 % acrylamide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AFF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–43； UniProt 738–779

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2lm0
沉积日期 deposition_date	2011-11-18
结构标题 title	Solution structure of the AF4-AF9 complex
关键词 keywords	Intrinsically Disordered, NUCLEAR PROTEIN; NUCLEAR PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.46 Å
零角强度 I(0) i0	291332000.00
分子量 molecular_weight	143210.0 kDa
排除体积 excluded_volume	180370 Å³
包络体积 envelope_volume	76168 Å³
水化壳体积 shell_volume	25486 Å³
包络直径 envelope_diameter	96.7 Å
壳层 Rg shell_rg	32.08 Å
包络 Rg envelope_rg	27.90 Å
形状 Rg shape_rg	19.42 Å
总 Rg total_rg	20.21 Å
总原子数 total_atoms	20500
残基数 n_residues	1250
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	55.0 Å
Rg (实空间) rg_real	18.20 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.7820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.8820e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	291300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6592
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	19.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.503
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.072
角度范围 angular_range	— – 0.4100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.3320
最高正则化参数 α highest_alpha	1741000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.005; Oscil: 0.873; Stabil: 0.989; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2lm0A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	290 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

描述 description	AF4/FMR2 family member 1/Protein AF-9 chimera
分子量 formula_weight	14340.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	20500

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/lm/2lm0/2lm0.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lm/2lm0/2lm0.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lm/2lm0/2lm0.dat

Solution structure of the AF4-AF9 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

AF4/FMR2 family member 1/Protein AF-9 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

AF4/FMR2 family member 1/Protein AF-9 chimera

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)