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2lm2

NMR structures of the transmembrane domains of the AChR b2 subunit

Method: SOLUTION NMR Dmax: 51.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neuronal acetylcholine receptor subunit beta-2

Homo sapiens

UniProt P17787

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 231–330 链 A； UniProt 458–486 片段：Helical transmembrane region, residues 234-330 and residues 458-484 突变：R231E, R232E, K233E, L292S, V294S, L296S, K299E, T327E 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 4.65；318 K；压力 ambient NMR样品组成：0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 5 mM sodium acetate, 1.5 % LDAO, 0.1 mM DSS, 5 % [U-100% 2H] D2O, 10 mM sodium chloride, 20 mM beta-mercaptoethanol, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2LM2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2K58 NMR structures of the first transmembrane domain of the neuronal acetylcholine receptor beta 2 subunit 提交 2008-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 231–265（35 aa） 片段：unp residues 231-265
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.1；压力 ambient
NMR样品组成 0.83 mM [U-100% 15N] nAChR TM1, 0.5 mM DSS, 125 mM DPC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2K59 NMR structures of the second transmembrane domain of the neuronal acetylcholine receptor beta 2 subunit 提交 2008-06-25 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 264–291（28 aa） 片段：UNP residues 264-291
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；303 K；离子强度（mmCIF原始值）0.25；压力 ambient
NMR样品组成 3-5 mM [U-100% 15N] nAChR TM2, 0.5 mM DSS, 450-750 mM DPC, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2KSR NMR structures of TM domain of the n-Acetylcholine receptor b2 subunit 提交 2010-01-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 231–330（100 aa）
链 A 453–486（34 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3.8；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TM123, 50% HFIP/50% H2O | 50% HFIP/50% H2O
NMR样品组成 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] TM1234, 50% HFIP/ 50% H2O | 50% HFIP/ 50% H2O
分辨率未提供
5KXI X-ray structure of the human Alpha4Beta2 nicotinic receptor 提交 2016-07-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,446-502,UNP residues 26-353,446-502
链 B 446–502（57 aa） 片段：UNP residues 26-355,446-502,UNP residues 26-353,446-502
链 C 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,446-502,UNP residues 26-353,446-502
链 C 446–502（57 aa） 片段：UNP residues 26-355,446-502,UNP residues 26-353,446-502
链 E 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,446-502,UNP residues 26-353,446-502
链 E 446–502（57 aa） 片段：UNP residues 26-355,446-502,UNP residues 26-353,446-502
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 NCT (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE × 2 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287.15 K；0.05 M ADA pH 6.8, 12.5% PEG 1500 and 10% PEG 1000
分辨率 3.94 Å R-free 0.307
6CNJ Structure of the 2alpha3beta stiochiometry of the human Alpha4Beta2 nicotinic receptor 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 B 26–353（328 aa）
链 B 446–502（57 aa）
链 C 26–353（328 aa）
链 C 446–502（57 aa）
链 E 26–353（328 aa）
链 E 446–502（57 aa）
突变：Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit. 突变：Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit. 突变：Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit. 突变：Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit. 突变：Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit. 突变：Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit. NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NCT (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE × 2 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 10 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 second blot time
分辨率 3.70 Å
6CNK Structure of the 3alpha2beta stiochiometry of the human Alpha4Beta2 nicotinic receptor 提交 2018-03-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 26–353（328 aa）
链 C 446–502（57 aa）
链 E 26–353（328 aa）
链 E 446–502（57 aa）
突变：;Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit.,Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit. ; 突变：;Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit.,Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit. ; 突变：;Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit.,Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit. ; 突变：;Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit.,Glu-Arg linker was inserted in the MX-M4 junction between Gln420-Ser421 in the beta 2 subunit. ; NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 10 NA SODIUM ION × 1 NCT (S)-3-(1-METHYLPYRROLIDIN-2-YL)PYRIDINE × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；4 second blot time
分辨率 3.90 Å
6UR8 CryoEM structure of human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor in complex with varenicline 提交 2019-10-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 B 26–351（326 aa）
链 B 442–502（61 aa）
链 C 26–351（326 aa）
链 C 442–502（61 aa）
链 E 26–351（326 aa）
链 E 442–502（61 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 8 QMR VARENICLINE × 2 BMA beta-D-mannopyranose × 3 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.71 Å
6USF CryoEM structure of human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor with varenicline in complex with anti-BRIL synthetic antibody BAK5 提交 2019-10-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 B 26–351（326 aa）
链 B 442–502（61 aa）
链 C 26–351（326 aa）
链 C 442–502（61 aa）
链 E 26–351（326 aa）
链 E 442–502（61 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 QMR VARENICLINE × 2 BMA beta-D-mannopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.87 Å
8SSZ The 2alpha3beta stoichiometry of full-length human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor in complex with acetylcholine and calcium 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 B 26–502（477 aa）
链 C 26–502（477 aa）
链 E 26–502（477 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ACH ACETYLCHOLINE × 2 CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 1 OCT N-OCTANE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.64 Å
8ST0 The 2alpha3beta stoichiometry of full-length human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor in complex with acetylcholine 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 B 26–502（477 aa）
链 C 26–502（477 aa）
链 E 26–502（477 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACH ACETYLCHOLINE × 2 OCT N-OCTANE × 1 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.40 Å
8ST1 The 3alpha2beta stoichiometry of human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor in complex with acetylcholine and calcium 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 C 442–502（61 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 E 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 E 442–502（61 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ACH ACETYLCHOLINE × 3 CA CALCIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å
8ST2 The 3alpha2beta stoichiometry of human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor in complex with acetylcholine 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric
链 C 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 C 442–502（61 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 E 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 E 442–502（61 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 9 ACH ACETYLCHOLINE × 3 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.94 Å
8ST3 The 2alpha3beta stoichiometry of human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor in complex with acetylcholine and calcium 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 B 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 B 442–502（61 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 C 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 C 442–502（61 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 E 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 E 442–502（61 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ACH ACETYLCHOLINE × 2 CA CALCIUM ION × 3 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.93 Å
8ST4 The 2alpha3beta stoichiometry of human alpha4beta2 nicotinic acetylcholine receptor in complex with acetylcholine 提交 2023-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric
链 B 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 B 442–502（61 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 C 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 C 442–502（61 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 E 26–355（330 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
链 E 442–502（61 aa） 片段：UNP residues 26-355,442-502
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 ACH ACETYLCHOLINE × 2 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.35 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACHB2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 4–103； UniProt 231–330 作者链 A； PDB构建体 109–137； UniProt 458–486

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2lm2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2lm2
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2lm2
沉积日期 deposition_date2011-11-18
结构标题 titleNMR structures of the transmembrane domains of the AChR b2 subunit
关键词 keywordsAcetylcholine receptor, Transmembrane domain, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.18 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.32 Å
零角强度 I(0) i0986145000.00
分子量 molecular_weight299360.0 kDa
排除体积 excluded_volume387470 ų
包络体积 envelope_volume52357 ų
水化壳体积 shell_volume20548 ų
包络直径 envelope_diameter79.3 Å
壳层 Rg shell_rg28.54 Å
包络 Rg envelope_rg22.88 Å
形状 Rg shape_rg18.36 Å
总 Rg total_rg18.38 Å
总原子数 total_atoms42660
残基数 n_residues2720
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax51.7 Å
Rg (实空间) rg_real18.05 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.09 Å
I(0) (实空间) i0_real9.4140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.4960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal986100000.0000
解质量估计 total_estimate0.6668
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary18.0 Å
偏度 Skewness skewness0.399
峰度 Kurtosis kurtosis-0.472
角度范围 angular_range— – 0.4150 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha3.1130
最高正则化参数 α highest_alpha678600.0000
实空间数据点数 n_real_points73
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.001; Oscil: 0.904; Stabil: 0.990; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2lm2A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily390 — Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)