2lme

Solid-state NMR structure of the membrane anchor domain of the trimeric autotransporter YadA

Method: SOLID-STATE NMR
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adhesin yadA

Yersinia enterocolitica subsp. enterocolitica

UniProt A1JUB7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 3 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YADA_YERE8
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 16–105; UniProt 333–422 作者链 B; PDB构建体 16–105; UniProt 333–422 作者链 C; PDB构建体 16–105; UniProt 333–422

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2lme
沉积日期 deposition_date2011-11-30
结构标题 titleSolid-state NMR structure of the membrane anchor domain of the trimeric autotransporter YadA
关键词 keywordsTRIMERIC AUTOTRANSPORTER, MEMBRANE PROTEIN, CELL ADHESION; CELL ADHESION
实验方法 methodSOLID-STATE NMR
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2lme__assembly_1__model_13

Assembly 1 · Model 13 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2lme__assembly_1__model_13 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2lme__assembly_1__model_13 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)25.77 Å
Rg(电子密度)25.98 Å
总 Rg26.04 Å
原子数4662
残基数315
排除体积41891 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2lme__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 2lme__assembly_1__model_2 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 2lme__assembly_1__model_3 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 2lme__assembly_1__model_4 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 2lme__assembly_1__model_5 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 2lme__assembly_1__model_6 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 2lme__assembly_1__model_7 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 2lme__assembly_1__model_8 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 9 2lme__assembly_1__model_9 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 10 2lme__assembly_1__model_10 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 11 2lme__assembly_1__model_11 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 12 2lme__assembly_1__model_12 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 13 2lme__assembly_1__model_13 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 14 2lme__assembly_1__model_14 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 15 2lme__assembly_1__model_15 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 16 2lme__assembly_1__model_16 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 17 2lme__assembly_1__model_17 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 18 2lme__assembly_1__model_18 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 19 2lme__assembly_1__model_19 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 20 2lme__assembly_1__model_20 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2lmeA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — GSPII I/J protein-like
结构域编号 domain_id2lmeB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — GSPII I/J protein-like
结构域编号 domain_id2lmeC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1300 — Pantoate--beta-alanine Ligase; Chain: A,domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — GSPII I/J protein-like
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7. 引用文献 (1)