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2lnl

Structure of human CXCR1 in phospholipid bilayers

Method: SOLID-STATE NMR Dmax: 65.3 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

C-X-C chemokine receptor type 1

Homo sapiens

UniProt P25024

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 20–328 片段：UNP residues 20-328 无其他共同聚合物 SOLID-STATE NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成：2-4 mg [U-100% 13C; U-100% 15N] CXCR1, 100% H2O | 100% H2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2LNL Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1ILP CXCR-1 N-TERMINAL PEPTIDE BOUND TO INTERLEUKIN-8 提交 1998-12-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 9–29（21 aa） 片段：9-29
突变：L15 - G19 REPLACED BY 5-AMINOVALERIC ACID 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15 M；压力 1
分辨率未提供
1ILQ CXCR-1 N-TERMINAL PEPTIDE BOUND TO INTERLEUKIN-8 (MINIMIZED MEAN) 提交 1998-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 20–29（10 aa） 片段：9-29
突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；308 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15 M；压力 1
分辨率未提供
6XMN Solution NMR CXCL8-CXCR1 N-domain complex structure 提交 2020-06-30 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–29（29 aa） 片段：N-terminal residues 1-29
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1
NMR样品组成 0.4 mM [U-13C; U-15N] CXCL8, 1.2 mM CXCR1, 50 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.2 mM CXCL8, 0.5 mM [U-13C; U-15N] CXCR1, 50 mM sodium phosphate, 0.01 % sodium azide, 10 % [U-100% 2H] D2O, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
8IC0 Cryo-EM structure of CXCL8 bound C-X-C chemokine receptor 1 in complex with Gi heterotrimer 提交 2023-02-10 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 A 1–350（350 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES pH8.0, 100 mM NaCl, 1 mM MgCl2, 0.5 mM TCEP, 0.001% LMNG, 0.0001% CHS, 1 uM IL8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.41 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CXCR1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–309； UniProt 20–328

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2lnl

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2lnl
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2lnl
沉积日期 deposition_date2011-12-31
结构标题 titleStructure of human CXCR1 in phospholipid bilayers
关键词 keywordsG protein coupled receptor, GPCR, chemokine, membrane protein, transmembrane, 7TM, phospholipid, signaling, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLID-STATE NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.81 Å
零角强度 I(0) i01277870000.00
分子量 molecular_weight336880.0 kDa
排除体积 excluded_volume435620 ų
包络体积 envelope_volume70551 ų
水化壳体积 shell_volume26190 ų
包络直径 envelope_diameter72.0 Å
壳层 Rg shell_rg29.79 Å
包络 Rg envelope_rg22.66 Å
形状 Rg shape_rg20.80 Å
总 Rg total_rg21.03 Å
总原子数 total_atoms48570
残基数 n_residues2960
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.3 Å
Rg (实空间) rg_real21.04 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2780e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6390e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.05 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1278000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9054
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.6 Å
偏度 Skewness skewness0.307
峰度 Kurtosis kurtosis-0.503
角度范围 angular_range— – 0.3800 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1521000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.934; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.970
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2lnlA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1070 — Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)