SAXSdb — 2lxm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–168	片段：UNP residues 1-168	Charged multivesicular body protein 5 × 1 （Q9NZZ3）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）75；压力 ambient NMR样品组成：0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] LIP5(1-168), 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CHMP5(139-195), 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 92% H2O/8% D2O \| 92% H2O/8% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2LXM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LXL Lip5(mit)2 提交 2012-08-29	构建体不同聚集状态不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–183（183 aa）片段：UNP residues 1-183	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.075；压力 ambient NMR样品组成 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] LIP5(1-183), 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 92% H2O/8% D2O \| 92% H2O/8% D2O	分辨率未提供
4TXP Crystal structure of LIP5 N-terminal domain 提交 2014-07-04	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–162（162 aa）片段：UNP residues 1-162	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；7.5-9% PEG 8000, 20% 1,4 butanediol, 0.1M cacodylate, 0.2M sodium acetate	分辨率 3.01 Å R-free 0.286
4TXP Crystal structure of LIP5 N-terminal domain 提交 2014-07-04	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–162（162 aa）片段：UNP residues 1-162	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；7.5-9% PEG 8000, 20% 1,4 butanediol, 0.1M cacodylate, 0.2M sodium acetate	分辨率 3.01 Å R-free 0.286
4TXP Crystal structure of LIP5 N-terminal domain 提交 2014-07-04	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–162（162 aa）片段：UNP residues 1-162	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；277.15 K；7.5-9% PEG 8000, 20% 1,4 butanediol, 0.1M cacodylate, 0.2M sodium acetate	分辨率 3.01 Å R-free 0.286
4TXQ Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM 提交 2014-07-04	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–162（162 aa）片段：UNP residues 1-162	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277.15 K；Protein mixture was added in 1:1 ratio with a solution of 16% MPD, 0.1 M Tris and equilibrated against a mother liquid of 8% MPD, 0.1 M Tris	分辨率 2.21 Å R-free 0.227
4TXQ Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM 提交 2014-07-04	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–162（162 aa）片段：UNP residues 1-162	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9；277.15 K；Protein mixture was added in 1:1 ratio with a solution of 16% MPD, 0.1 M Tris and equilibrated against a mother liquid of 8% MPD, 0.1 M Tris	分辨率 2.21 Å R-free 0.227
4TXR Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM and CHMP5 MIM 提交 2014-07-04	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–162（162 aa）片段：UNP residues 1-162	未记录	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277.15 K；19% PEG 4000, 0.025 M sodium acetate	分辨率 1.00 Å R-free 0.180
4U7E The crystal structure of the complex of LIP5 NTD and IST1 MIM 提交 2014-07-30	构建体不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–162（162 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 1-162)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277.15 K；30% (w/v) PEG5000MME, 0.1 M ammonium sulfate , 0.1 M MES	分辨率 1.60 Å R-free 0.201

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VTA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–168； UniProt 1–168

Charged multivesicular body protein 5

Homo sapiens

UniProt Q9NZZ3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 139–195	片段：UNP residues 139-195	Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog × 1 （Q9NP79）	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）75；压力 ambient NMR样品组成：0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] LIP5(1-168), 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CHMP5(139-195), 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 0.5 mM DTT, 0.1 mM EDTA, 92% H2O/8% D2O \| 92% H2O/8% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2LXM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3ULY Crystal Structure of BROX Bro1 Domain in Complex with the C-Terminal Tails of CHMP5 提交 2011-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 151–219（69 aa）片段：C-terminal tails of CHMP5 151-219	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.211
3ULY Crystal Structure of BROX Bro1 Domain in Complex with the C-Terminal Tails of CHMP5 提交 2011-11-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 151–219（69 aa）片段：C-terminal tails of CHMP5 151-219	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.60 Å R-free 0.211
3UM0 Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP5 提交 2011-11-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 200–219（20 aa）片段：Synthetic peptide of C-terminal tail of CHMP5 200-219	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.257
3UM0 Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP5 提交 2011-11-11	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 200–219（20 aa）片段：Synthetic peptide of C-terminal tail of CHMP5 200-219	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.257
3UM1 Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP5 提交 2011-11-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 151–219（69 aa）片段：C-terminal tail of CHMP5 151-219 链 E 151–219（69 aa）片段：C-terminal tail of CHMP5 151-219	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.71 Å R-free 0.251
3UM2 Crystal structure of the Brox Bro1 domain in complex with the C-terminal tail of CHMP5 提交 2011-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 200–219（20 aa）片段：Synthetic peptide of C-terminal tail of CHMP5 200-219 链 E 200–219（20 aa）片段：Synthetic peptide of C-terminal tail of CHMP5 200-219	未记录	GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 8000, 0.1M sodium cacodylate, 0.2M magnesium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.59 Å R-free 0.241
4TXR Crystal structure of LIP5 N-terminal domain complexed with CHMP1B MIM and CHMP5 MIM 提交 2014-07-04	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 139–195（57 aa）片段：UNP residues 139-195	未记录	ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277.15 K；19% PEG 4000, 0.025 M sodium acetate	分辨率 1.00 Å R-free 0.180

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHMP5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–59； UniProt 139–195

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2lxm
沉积日期 deposition_date	2012-08-29
结构标题 title	Lip5-chmp5
关键词 keywords	MIT, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.64 Å
零角强度 I(0) i0	734007000.00
分子量 molecular_weight	225570.0 kDa
排除体积 excluded_volume	280840 Å³
包络体积 envelope_volume	47568 Å³
水化壳体积 shell_volume	20773 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.5 Å
壳层 Rg shell_rg	25.64 Å
包络 Rg envelope_rg	19.17 Å
形状 Rg shape_rg	17.61 Å
总 Rg total_rg	17.93 Å
总原子数 total_atoms	31320
残基数 n_residues	1990
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.3400e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.5790e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.97 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	734000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8069
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.235
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.324
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1263000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 0.998; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog
分子量 formula_weight	19215.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	31320

MAALAPLPPLPAQFKSIQHHLRTAQEHDKRDPVVAYYCRLYAMQTGMKIDSKTPECRKFLSKLMDQLEALKKQLGDNEAITQEIVGCAHLENYALKMFLYADNEDRAGRFHKNMIKSFYTASLLIDVITVFGELTDENVKHRKYARWKATYIHNCLKNGETPQAGPVG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Charged multivesicular body protein 5
分子量 formula_weight	6296.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GHMEDANEIQEALSRSYGTPELDEDDLEAELDALGDELLADEDSSYLDEAASAPAIPEG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2lxmA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	270 — Vacuolar protein sorting-associated protein vta1

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8. 引用文献 (1)

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fit	/app/data/saxs_computation/lx/2lxm/2lxm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/lx/2lxm/2lxm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/lx/2lxm/2lxm.dat

Lip5-chmp5

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vacuolar protein sorting-associated protein VTA1 homolog

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Charged multivesicular body protein 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)