SAXSdb — 2ly6

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Defensin-like protein

Pentadiplandra brazzeana

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–54	未记录	无其他共同聚合物	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.2；276 K；离子强度（mmCIF原始值）5；压力 ambient NMR测量条件：pH 5.2；276 K；离子强度（mmCIF原始值）5；压力 ambient NMR样品组成：1-2 mM [U-13C; U-15N] protein, 5 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成：1-2 mM [U-13C; U-15N] protein, 5 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2LY6	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BRZ SOLUTION STRUCTURE OF THE SWEET PROTEIN BRAZZEIN, NMR, 43 STRUCTURES 提交 1998-03-12	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–54（53 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；295 K	分辨率未提供
2BRZ SOLUTION NMR STRUCTURE OF THE SWEET PROTEIN BRAZZEIN, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1998-04-30	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–54（53 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；295 K	分辨率未提供
2KGQ Refined solution structure of des-pyro Glu brazzein 提交 2009-03-13	实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–54（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR测量条件 pH 5.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）20；压力 ambient NMR样品组成 2 mM [U-13C; U-15N] wt-brazzein-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-15N] wt-brazzein-2, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 1 mM [U-15N] wt-brazzein-3, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KYQ 1H, 15N, 13C chemical shifts and structure of CKR-brazzein 提交 2010-06-07	突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–54（53 aa）	突变：K3C, C4K, K5R	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；310 K；压力 ambient NMR样品组成 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CKR-brazzein, 17 uM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 mM [U-99% 15N] CKR-brazzein, 17 uM DSS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LY5 Refined solution structure of recombinant brazzein 提交 2012-09-12	实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–54（53 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）5；压力 ambient NMR测量条件 pH 5.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）5；压力 ambient NMR样品组成 1-2 mM [U-13C; U-15N] protein, 5 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 1-2 mM [U-13C; U-15N] protein, 5 mM sodium chloride, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
2N66 NMR Structure of sweeter mutant (D40K) of sweet protein Brazzein, 提交 2015-08-13	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	突变：D40K	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] D40K-1, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] D40K-2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] D40K-3, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] D40K-4, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] D40K-5, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] D40K-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N69 NMR structure of non-sweet mutant (ins18RI19) of sweet protein Brazzein 提交 2015-08-14	构建体不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.2；310 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brz_RI-1, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brz_RI-2, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brz_RI-3, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brz_RI-4, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brz_RI-5, 1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brz_RI-6, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4HE7 Crystal Structure of Brazzein 提交 2012-10-03	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	突变：Q1E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；293 K；0.9-1.0M sodium citrate, pH 4.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.252
7W8E Sweet taste protein Brazzein - R43A 提交 2021-12-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	突变：R43A	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；291 K；1.5M NaCl, 1M Na-Citrate pH4.0	分辨率 1.34 Å R-free 0.225
7W8H Sweet taste protein Brazzein mutant - D29K 提交 2021-12-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–54（54 aa）	突变：D29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；0-1.5M NaCl 1M Na-Acetate pH4.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
7W8H Sweet taste protein Brazzein mutant - D29K 提交 2021-12-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–54（54 aa）	突变：D29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；0-1.5M NaCl 1M Na-Acetate pH4.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
7W8H Sweet taste protein Brazzein mutant - D29K 提交 2021-12-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–54（54 aa）	突变：D29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；0-1.5M NaCl 1M Na-Acetate pH4.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
7W8H Sweet taste protein Brazzein mutant - D29K 提交 2021-12-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–54（54 aa）	突变：D29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；0-1.5M NaCl 1M Na-Acetate pH4.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
7W8H Sweet taste protein Brazzein mutant - D29K 提交 2021-12-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–54（54 aa）	突变：D29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；0-1.5M NaCl 1M Na-Acetate pH4.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
7W8H Sweet taste protein Brazzein mutant - D29K 提交 2021-12-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–54（54 aa）	突变：D29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；0-1.5M NaCl 1M Na-Acetate pH4.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
7W8H Sweet taste protein Brazzein mutant - D29K 提交 2021-12-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–54（54 aa）	突变：D29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；0-1.5M NaCl 1M Na-Acetate pH4.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.268
7W8H Sweet taste protein Brazzein mutant - D29K 提交 2021-12-07	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 H 1–54（54 aa）	突变：D29K	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；291 K；0-1.5M NaCl 1M Na-Acetate pH4.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.268

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DEF_PENBA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–53； UniProt 2–54

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ly6
沉积日期 deposition_date	2012-09-12
结构标题 title	Refined solution structure of recombinant brazzein at low temperature
关键词 keywords	CYS-SAIL, brazzein, PLANT PROTEIN; PLANT PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	10.13 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.45 Å
零角强度 I(0) i0	149999000.00
分子量 molecular_weight	95058.0 kDa
排除体积 excluded_volume	115470 Å³
包络体积 envelope_volume	10782 Å³
水化壳体积 shell_volume	8265 Å³
包络直径 envelope_diameter	38.5 Å
壳层 Rg shell_rg	16.85 Å
包络 Rg envelope_rg	12.11 Å
形状 Rg shape_rg	10.44 Å
总 Rg total_rg	10.64 Å
总原子数 total_atoms	12630
残基数 n_residues	795
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	34.3 Å
Rg (实空间) rg_real	10.12 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.29 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6440e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.12 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	150000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8809
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	11.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.297
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.365
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	62230.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.847; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.952; Smooth: 0.959

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2ly6a_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamily	g.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family family	g.3.7.5 — Plant defensins

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2ly6A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Defensin A-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Knottin, scorpion toxin-like

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Defensin-like protein
分子量 formula_weight	6380.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	12630

来源生物 organism	Pentadiplandra brazzeana
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	43545
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/ly/2ly6/2ly6.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ly/2ly6/2ly6.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ly/2ly6/2ly6.dat

Refined solution structure of recombinant brazzein at low temperature

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Defensin-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)