SAXSdb — 2m10

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1361–1456	片段：PDZ 2 domain residues 1361-1456 突变：S1381C, E1436C	33B 3,3'-(E)-diazene-1,2-diylbis{6-[(chloroacetyl)amino]benzenesulfonic acid} × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成：0.75 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM sodium azide, 4.3 % C12E5, 1.8 % n-hexanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.75 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM sodium azide, 8.5 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：0.75 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2M10	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1D5G SOLUTION STRUCTURE OF THE PDZ2 DOMAIN FROM HUMAN PHOSPHATASE HPTP1E COMPLEXED WITH A PEPTIDE 提交 1999-10-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1361–1456（96 aa）片段：PDZ2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15 M NACL；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15 M NACL；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15 M NACL；压力 AMBIENT NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）0.15 M NACL；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.0-5.0 MM OF N15-LABELED PDZ2 DOMAIN WITH 20% MOLAR EXCESS OF UNLABELED PEPTIDE NMR样品组成 1.0-5.0 MM OF UNLABELED PDZ2 DOMAIN WITH 20% MOLAR EXCESS OF UNLABELED PEPTIDE NMR样品组成 1.0-5.0 MM OF UNLABELED PDZ2 DOMAIN WITH 20% MOLAR EXCESS OF UNLABELED PEPTIDE NMR样品组成 1.0-5.0 MM OF DOUBLE-LABELED PDZ2 DOMAIN WITH 20% MOLAR EXCESS OF UNLABELED PEPTIDE	分辨率未提供
1Q7X Solution structure of the alternatively spliced PDZ2 domain (PDZ2b) of PTP-Bas (hPTP1E) 提交 2003-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1357–1464（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50mM sodium phosphate, 150mM sodium chloride；压力 ambient NMR样品组成 2mM PDZ2b U-15N, 13C; 50mM phosphate buffer with 150mM sodium chloride \| 92% H20, 8% D2O NMR样品组成 2mM PDZ2b U-15N; 50mM phosphate buffer with 150mM sodium chloride \| 92% H20, 8% D2O NMR样品组成 2mM PDZ2b unlabeled; 50mM phosphate buffer with 150mM sodium chloride \| 92% H20, 8% D2O	分辨率未提供
1WCH Crystal structure of PTPL1 human tyrosine phosphatase mutated in colorectal cancer - evidence for a second phosphotyrosine substrate recognition pocket 提交 2004-11-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2163–2477（315 aa）片段：RESIDUES 2163-2477	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION	分辨率 1.85 Å R-free 0.204
2M0Z cis form of a photoswitchable PDZ domain crosslinked with an azobenzene derivative 提交 2012-11-09	当前字段一致	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1361–1456（96 aa）片段：PDZ 2 domain residues 1361-1456	突变：S1381C, E1436C	33B 3,3'-(E)-diazene-1,2-diylbis{6-[(chloroacetyl)amino]benzenesulfonic acid} × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.2；压力 ambient NMR样品组成 0.75 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM sodium azide, 4.3 % C12E5, 1.8 % n-hexanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.75 mM [U-100% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM sodium azide, 8.5 mg/mL Pf1 phage, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.75 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 150 mM sodium chloride, 0.1 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3LNX Second PDZ domain from human PTP1E 提交 2010-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1361–1456（96 aa）片段：PDZ2 domain 链 B 1361–1456（96 aa）片段：PDZ2 domain 链 C 1361–1456（96 aa）片段：PDZ2 domain 链 D 1361–1456（96 aa）片段：PDZ2 domain 链 E 1361–1456（96 aa）片段：PDZ2 domain 链 F 1361–1456（96 aa）片段：PDZ2 domain	未记录	IOD IODIDE ION × 25 SCN THIOCYANATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；28% PEG 3350, 0.2 M KI, 0.2 M NaSCN, 0.1 M NaAc, pH 4.5, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 1.64 Å R-free 0.237
3LNY Second PDZ domain from human PTP1E in complex with RA-GEF2 peptide 提交 2010-02-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 1361–1456（96 aa）片段：PDZ2 domain	未记录	SCN THIOCYANATE ION × 6 SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；20% PEG 3350, 0.8 M (NH4)2SO4, 0.2 M NaSCN, 0.1 M Na citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.30 Å R-free 0.189
3PDZ SOLUTION STRUCTURE OF THE PDZ2 DOMAIN FROM HUMAN PHOSPHATASE HPTP1E 提交 1999-05-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1361–1456（96 aa）片段：PDZ2 DOMAIN	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；293 K；压力 1 NMR样品组成 10% D2O/90% WATER	分辨率未提供
5GLJ Crystal Structure of PDZ1 Domain of Human Protein Tyrosine Phosphatase PTP-Bas 提交 2016-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1086–1178（93 aa）片段：PDZ1 Domain (UNP RESIDUES 1086-1178) 链 B 1086–1178（93 aa）片段：PDZ1 Domain (UNP RESIDUES 1086-1178) 链 C 1086–1178（93 aa）片段：PDZ1 Domain (UNP RESIDUES 1086-1178) 链 D 1086–1178（93 aa）片段：PDZ1 Domain (UNP RESIDUES 1086-1178)	未记录	CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.2 M Magnesium chloride hexahydrate , 0.1 M BIS-TRIS pH5.5, 25 % w/v Polyethylene glycol 3350	分辨率 1.60 Å R-free 0.206
7QCX Two-state liquid NMR Structure of a PDZ2 Domain from hPTP1E, apo form 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1361–1456（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 2.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PDZ2 domain from hPTP1E, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7QCY Two-state liquid NMR Structure of a PDZ2 Domain from hPTP1E, complexed with RA-GEF2 peptide 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1361–1456（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PDZ2 domain, 2 mM RA-GEF2 peptide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7XTY Crystal Structure of the second PDZ domain from human PTPN13 in complex with APC peptide 提交 2022-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1362–1456（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；289 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 3M NaCl	分辨率 2.10 Å R-free 0.240
7XTY Crystal Structure of the second PDZ domain from human PTPN13 in complex with APC peptide 提交 2022-05-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1362–1456（95 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.8；289 K；0.1M citric acid (pH 3.5), 3M NaCl	分辨率 2.10 Å R-free 0.240

共 11 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTN13_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–97； UniProt 1361–1456

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2m10
沉积日期 deposition_date	2012-11-09
结构标题 title	trans form of a photoswitchable PDZ domain crosslinked with an azobenzene derivative
关键词 keywords	photoswitch, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	13.04 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	12.53 Å
零角强度 I(0) i0	681377000.00
分子量 molecular_weight	209840.0 kDa
排除体积 excluded_volume	258540 Å³
包络体积 envelope_volume	22748 Å³
水化壳体积 shell_volume	13374 Å³
包络直径 envelope_diameter	45.6 Å
壳层 Rg shell_rg	20.32 Å
包络 Rg envelope_rg	14.58 Å
形状 Rg shape_rg	12.50 Å
总 Rg total_rg	12.75 Å
总原子数 total_atoms	29360
残基数 n_residues	1940
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	40.4 Å
Rg (实空间) rg_real	12.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.8140e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.1680e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	12.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	681400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8047
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	17.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.019
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.342
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	188900.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.824; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2m10a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.36 — PDZ domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.36.1 — PDZ domain-like
家族 Family family	b.36.1.1 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	d2m10a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2m10A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13
分子量 formula_weight	10067.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
突变 mutation	S1381C, E1436C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	29360

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	;3,3'-(E)-diazene-1,2-diylbis{6-[(chloroacetyl)amino]benzenesulfonic acid} ;
分子量 formula_weight	525.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

fit	/app/data/saxs_computation/m1/2m10/2m10.fit
pddf	/app/data/pr_computation/m1/2m10/2m10.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/m1/2m10/2m10.dat

trans form of a photoswitchable PDZ domain crosslinked with an azobenzene derivative

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)