SAXSdb — 2mev

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)

Mengo virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 240	PHOSPHATE ION × 60 water × 240	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	PHOSPHATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 20	PHOSPHATE ION × 5 water × 20	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 24	PHOSPHATE ION × 6 water × 24	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	PHOSPHATE ION × 1 water × 4	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 240	PHOSPHATE ION × 60 water × 240	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_ENMGO
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–277； UniProt 558–834 作者链 2； PDB构建体 1–256； UniProt 71–326 作者链 3； PDB构建体 1–231； UniProt 327–557 作者链 4； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2mev
沉积日期 deposition_date	1989-04-21
结构标题 title	STRUCTURAL REFINEMENT AND ANALYSIS OF MENGO VIRUS
关键词 keywords	CARDIO PICORNAVIRUS COAT PROTEIN, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2mev__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2mev__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2mev__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	133.80 Å
总 Rg	133.80 Å
原子数	376440
残基数	48360
排除体积	6681600 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2mev__assembly_1__model_1`	240-MERIC （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2mev__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`2mev__assembly_3__model_1`	eicosameric （20）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`2mev__assembly_4__model_1`	24-meric （24）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`2mev__assembly_5__model_1`	tetrameric （4）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`2mev__assembly_6__model_1`	240-meric （240）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)
分子量 formula_weight	30561.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	6507

GVENAEKGVTENTDATADFVAQPVYLPENQTKVAFFYDRSSPIGAFAVKSGSLESGFAPFSNKACPNSVILTPGPQFDPAYDQLRPQRLTEIWGNGNEETSEVFPLKTKQDYSFCLFSPFVYYKCDLEVTLSPHTSGAHGLLVRWCPTGTPTKPTTQVLHEVSSLSEGRTPQVYSAGPGTSNQISFVVPYNSPLSVLPAVWYNGHKRFDNTGDLGIAPNSDFGTLFFAGTKPDIKFTVYLRYKNMRVFCPRPTVFFPWPTSGDKIDMTPRAGVLMLE

来源 Source

来源生物 organism	Mengo virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12107

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP2)
分子量 formula_weight	28791.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

DQNTEEMENLSDRVSQDTAGNTVTNTQSTVGRLVGYGTVHDGEHPASCADTASEKILAVERYYTFKVNDWTSTQKPFEYIRIPLPHVLSGEDGGVFGATLRRHYLVKTGWRVQVQCNASQFHAGSLLVFMAPEYPTLDVFAMDNRWSKDNLPNGTRTQTNRKGPFAMDHQNFWQWTLYPHQFLNLRTNTTVDLEVPYVNIAPTSSWTQHASWTLVIAVVAPLTYSTGASTSLDITASIQPVRPVFNGLRHEVLSRQ

来源 Source

来源生物 organism	Mengo virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12107

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP3)
分子量 formula_weight	25154.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

SPIPVTIREHAGTWYSTLPDSTVPIYGKTPVAPANYMVGEYKDFLEIAQIPTFIGNKVPNAVPYIEASNTAVKTQPLAVYQVTLSCSCLANTFLAALSRNFAQYRGSLVYTFVFTGTAMMKGKFLIAYTPPGAGKPTSRDQAMQATYAIWDLGLNSSYSFTVPFISPTHFRMVGTDQANITNVDGWVTVWQLTPLTYPPGCPTSAKILTMVSAGKDFSLKMPISPAPWSPQ

来源 Source

来源生物 organism	Mengo virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12107

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP4)
分子量 formula_weight	7336.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GNSTSSDKNNSSSEGNEGVIINNFYSNQYQNSIDLSANATGSDPPKTYGQFSNLLSGAVNAFSNMLPLLA

来源 Source

来源生物 organism	Mengo virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	12107

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	233

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2mev.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d2mev1_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d2mev3_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2mev100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2mev200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2mev300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	2mev400
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	90 — Foot-And-Mouth Disease Virus, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus

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晶胞边长 a length_a	441.420 Å
晶胞边长 b length_b	427.310 Å
晶胞边长 c length_c	421.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	240

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	—
R_free r_free	—

STRUCTURAL REFINEMENT AND ANALYSIS OF MENGO VIRUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2mev__assembly_1__model_1

2mev__assembly_1__model_1 | I(q)

2mev__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (6)

STRUCTURAL REFINEMENT AND ANALYSIS OF MENGO VIRUS

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MENGO VIRUS COAT PROTEIN (SUBUNIT VP1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2mev__assembly_1__model_1

2mev__assembly_1__model_1 | I(q)

2mev__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (6)