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2mi5

Structure of insect-specific sodium channel toxin mu-Dc1a

Method: SOLUTION NMR Dmax: 41.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mu-diguetoxin-Dc1a

Diguetia canities

UniProt P49126

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 39–94 未记录 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient NMR样品组成：350 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] Dc1a-1, 20 mM sodium acetate-2, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2MI5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6A90 Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana and Dc1a 提交 2018-07-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 39–94（56 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.80 Å
6A91 Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana bound with saxitoxin and Dc1a 提交 2018-07-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 39–94（56 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 PC1 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 2 9SL [(3aS,4R,10aS)-2,6-diamino-10,10-dihydroxy-3a,4,9,10-tetrahydro-3H,8H-pyrrolo[1,2-c]purin-4-yl]methyl carbamate × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.20 Å
6A95 Complex of voltage-gated sodium channel NavPaS from American cockroach Periplaneta americana bound with tetrodotoxin and Dc1a 提交 2018-07-11 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 39–94（56 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 9SR (1R,5R,6R,7R,9S,11S,12S,13S,14S)-3-amino-14-(hydroxymethyl)-8,10-dioxa-2,4-diazatetracyclo[7.3.1.1~7,11~.0~1,6~]tetradec-3-ene-5,9,12,13,14-pentol (non-preferred name) × 1 NA SODIUM ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.60 Å
8F0S Structure of VSD4-NaV1.7-NaVPas channel chimera bound to the hybrid inhibitor GNE-9296 提交 2022-11-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 39–94（56 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 X80 5-chloro-4-(cyclopentylmethoxy)-N-(4-{[(1S,2S)-2-(dimethylamino)cyclohexyl]amino}-2-fluorobenzene-1-sulfonyl)-2-fluorobenzamide × 1 PEE 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine × 1 Y01 CHOLESTEROL HEMISUCCINATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.10 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TXI92_DIGCA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–57； UniProt 39–94

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2mi5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2mi5
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2mi5
沉积日期 deposition_date2013-12-08
结构标题 titleStructure of insect-specific sodium channel toxin mu-Dc1a
关键词 keywords;spider venom, insecticidal toxin, sodium channel, voltage-sensor, gating modifier, non-uniform sampling, DTX9.2, toxin, inhibitor cystine knot, knottin ;; TOXIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.58 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron12.16 Å
零角强度 I(0) i0268372000.00
分子量 molecular_weight129530.0 kDa
排除体积 excluded_volume158230 ų
包络体积 envelope_volume14260 ų
水化壳体积 shell_volume9506 ų
包络直径 envelope_diameter49.1 Å
壳层 Rg shell_rg18.53 Å
包络 Rg envelope_rg14.10 Å
形状 Rg shape_rg12.22 Å
总 Rg total_rg12.11 Å
总原子数 total_atoms17340
残基数 n_residues1140
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax41.1 Å
Rg (实空间) rg_real11.63 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.36 Å
I(0) (实空间) i0_real2.6840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.5910e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.63 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal268400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7674
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary12.5 Å
偏度 Skewness skewness0.423
峰度 Kurtosis kurtosis-0.299
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha78700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.727; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.794; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2mi5A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology130 — Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily120 —
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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)