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2mj2

Structure of the dimerization domain of the human polyoma, JC virus agnoprotein is an amphipathic alpha-helix.

Method: SOLUTION NMR Dmax: 40.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Agnoprotein

物种未注明

UniProt P03086

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 17–52 片段：UNP residues 17-52 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 3；293 K；离子强度（mmCIF原始值）no salts；压力 ambient NMR测量条件：pH 3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）no salts；压力 ambient NMR测量条件：pH 3；313 K；离子强度（mmCIF原始值）no salts；压力 ambient NMR样品组成：0.5 mM AGNO, 70 v/v H2O, 30 v/v [U-100% 2H] TFE, water with 30% (v/v) TFE (Trifluoroethanol, CF3CH2OH) | water with 30% (v/v) TFE (Trifluoroethanol, CF3CH2OH) 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2MJ2 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
5NHQ Nuclear Magnetic Resonance Structure of the Human Polyoma JC Virus Agnoprotein 提交 2017-03-22 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–71（71 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 3；313 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM NaCl；压力 pa
NMR样品组成 0.2 mM no labelling agnoprotein, trifluoroethanol/water | trifluoroethanol/water
分辨率未提供
9CMT The crystal structure of HP1alpha CSD-Agno complex 提交 2024-07-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 C 4–19（16 aa）
链 F 4–19（16 aa）
未记录 F6Z 3',6'-DIHYDROXY-3-OXO-3H-SPIRO[2-BENZOFURAN-1,9'-XANTHENE]-5-CARBOXYLIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1 uL protein solution (about 10 mg/ml) and 1 uL reservoir solution containing 0.01 M NiCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, and 20% PEG2000MME (v/v)
分辨率 3.17 Å R-free 0.286

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AGNO_POVJC
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–36； UniProt 17–52

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2mj2

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2mj2
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2mj2
沉积日期 deposition_date2013-12-23
结构标题 titleStructure of the dimerization domain of the human polyoma, JC virus agnoprotein is an amphipathic alpha-helix.
关键词 keywordsAgnoprotein, polyomavirus JCV, DNA replication, progressive multifocal leukoencephalopathy, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.02 Å
零角强度 I(0) i070969600.00
分子量 molecular_weight71449.0 kDa
排除体积 excluded_volume90568 ų
包络体积 envelope_volume30842 ų
水化壳体积 shell_volume14212 ų
包络直径 envelope_diameter66.9 Å
壳层 Rg shell_rg24.34 Å
包络 Rg envelope_rg19.50 Å
形状 Rg shape_rg15.00 Å
总 Rg total_rg15.66 Å
总原子数 total_atoms10234
残基数 n_residues612
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax40.6 Å
Rg (实空间) rg_real14.51 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.07 Å
I(0) (实空间) i0_real6.7310e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6530e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.87 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal70970000.0000
解质量估计 total_estimate0.6447
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary11.8 Å
偏度 Skewness skewness0.237
峰度 Kurtosis kurtosis-0.899
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha6.2330
最高正则化参数 α highest_alpha17500.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.006; Oscil: 0.988; Stabil: 0.971; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.504; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (3)

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9. 文件与曲线 (10)