← 返回搜索
2mjo

NMR structure of p75 transmembrane domain C257A mutant in DPC micelles

Method: SOLUTION NMR Dmax: 72.0 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 16

Rattus norvegicus

UniProt P07174

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 245–284 链 B； UniProt 245–284 片段：UNP residues 245-284 突变：C14A, C36S chain A, C114A, C136S chain B 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 5.9；318 K；压力 ambient NMR样品组成：1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p75-TM-C257A, 30 mM [U-98% 2H] DPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2MJO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1NGR DEATH DOMAIN OF P75 LOW AFFINITY NEUROTROPHIN RECEPTOR, RESIDUES 334-418, NMR, 20 STRUCTURES 提交 1997-01-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 334–418（85 aa） 片段：DEATH DOMAIN, RESIDUES 281 - 425
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；301 K
分辨率未提供
1SG1 Crystal Structure of the Receptor-Ligand Complex between Nerve Growth Factor and the Common Neurotrophin Receptor p75 提交 2004-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 X 30–190（161 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.3；295 K；PEG 1000, isoproponal, sodium chloride, citrate, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
分辨率 2.40 Å R-free 0.269
2MIC NMR structure of p75 transmembrane domain in DPC micelles 提交 2013-12-12 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 245–284（40 aa） 片段：UNP residues 245-284
链 B 245–284（40 aa） 片段：UNP residues 245-284
突变：C36S (chain A), C136S (chain B) 突变：C36S (chain A), C136S (chain B) 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.9；318 K；压力 ambient
NMR样品组成 1.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] p75-TM-wt, 95 mM [U-98% 2H] DPC, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
3BUK Crystal Structure of the Neurotrophin-3 and p75NTR Symmetrical Complex 提交 2008-01-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 29–189（161 aa） 片段：ectodomain
链 D 29–189（161 aa） 片段：ectodomain
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 5；290 K；0.9M Lithium Sulfate, 0.05M Na Citrate, 0.7M Ammonium Sulfate, pH 5.0, EVAPORATION, temperature 290K
分辨率 2.60 Å R-free 0.288
3IJ2 Ligand-receptor structure 提交 2009-08-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 33–193（161 aa） 片段：UNP RESIDUES 30-190
链 Y 33–193（161 aa） 片段：UNP RESIDUES 30-190
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 3.75 Å R-free 0.274
4F42 Neurotrophin p75NTR intracellular domain 提交 2012-05-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 334–418（85 aa） 片段：death domain, UNP RESIDUES 334-418
未记录 MNB 5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7.0, 1.2M sodium citrate tribasic dehydrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.38 Å R-free 0.260
4F44 Neurotrophin p75NTR intracellular domain 提交 2012-05-10 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 334–418（85 aa） 片段：death domain
链 B 334–418（85 aa） 片段：death domain
未记录 MNB 5-MERCAPTO-2-NITRO-BENZOIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane, 1.4M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.280

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TNR16_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–41； UniProt 245–284 作者链 B； PDB构建体 2–41； UniProt 245–284

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2mjo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2mjo
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2mjo
沉积日期 deposition_date2014-01-15
结构标题 titleNMR structure of p75 transmembrane domain C257A mutant in DPC micelles
关键词 keywordsp75, dimer, transmembrane, C257A mutation, membrane protein; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.72 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.62 Å
零角强度 I(0) i0105379000.00
分子量 molecular_weight90247.0 kDa
排除体积 excluded_volume115440 ų
包络体积 envelope_volume38269 ų
水化壳体积 shell_volume14896 ų
包络直径 envelope_diameter78.7 Å
壳层 Rg shell_rg28.08 Å
包络 Rg envelope_rg23.41 Å
形状 Rg shape_rg18.51 Å
总 Rg total_rg19.50 Å
总原子数 total_atoms13040
残基数 n_residues820
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax72.0 Å
Rg (实空间) rg_real19.98 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real1.0540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.6100e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.94 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal105400000.0000
解质量估计 total_estimate0.7655
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary20.3 Å
偏度 Skewness skewness0.420
峰度 Kurtosis kurtosis-0.521
角度范围 angular_range— – 0.4050 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha72570.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.511; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.451; Smooth: 0.962
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2mjoA00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1780 —
结构域编号 domain_id2mjoB00
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1780 —
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)