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2mmt

Lasso peptide-based integrin inhibitor: Microcin J25 variant with RGDF substitution of Gly12-Ile13-Gly14-Thr15

Method: SOLUTION NMR Dmax: 32.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Microcin J25 RGDF mutant

物种未注明

UniProt Q9X2V7

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 38–58 片段：UNP residues 38-58 突变：G12R/I13G/G14D/T15F 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：298 K；压力 1.0 NMR样品组成：12.6 mM MCCJ25(RGDF), methanol | methanol 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2MMT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1PP5 Structure of Antibacterial Peptide Microcin J25: a 21-Residue Lariat Protoknot 提交 2003-06-16 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–58（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）NA；压力 ambient
NMR样品组成 2mM Microcin J25 U-13C,15N; 99.5% CD3OH, 0.5% H2O | 99.5% CD3OH, 0.5% H2O
分辨率未提供
1Q71 The structure of microcin J25 is a threaded sidechain-to-backbone ring structure and not a head-to-tail cyclized backbone 提交 2003-08-14 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–58（21 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 0.3 mg of microcin J25 | 100% CD3OH
分辨率未提供
1S7P Solution structure of thermolysin digested microcin J25 提交 2004-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 38–47（10 aa） 片段：Residues 38-47
链 B 48–58（11 aa） 片段：Residues 48-58
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 295 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 6mM t-MccJ25 | 100% CD3OH
分辨率未提供
2MMW LASSO PEPTIDE BASED INTEGRIN INHIBITOR: MICROCIN J25 VARIANT WITH RGD SUBSTITUTION of GLY12-ILE13-GLY14 提交 2014-03-20 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 38–58（21 aa）
突变：G12R, I13G, G14D 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 298 K；压力 ambient
NMR样品组成 11.6 mM MCCJ25(RGD), methanol | methanol
分辨率未提供
4CU4 FhuA from E. coli in complex with the lasso peptide microcin J25 (MccJ25) 提交 2014-03-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 38–58（21 aa）
未记录 FTT 3-HYDROXY-TETRADECANOIC ACID × 4 DAO LAURIC ACID × 1 MYR MYRISTIC ACID × 1 LDA LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE × 20 3PH 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE × 1 DPO DIPHOSPHATE × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；20 MM TRIS PH 7.5, 120 MM LITHIUM SULFATE, 100 MM SODIUM CITRATE PH 5, 20 % PEG300
分辨率 2.30 Å R-free 0.255
5T56 [3]catenane from MccJ25 G12R/I13C/G21C lasso peptide 提交 2016-08-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 38–48（11 aa）
链 B 51–57（7 aa）
链 C 38–48（11 aa）
链 D 51–57（7 aa）
突变：UNP residues 38-48 突变：UNP residues 51-57 突变：UNP residues 38-48 突变：UNP residues 51-57 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 295 K；压力 ambient
NMR样品组成 3.7 mg/mL [3]catenane from MccJ25 RCC lasso peptide, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
6N60 Escherichia coli RNA polymerase sigma70-holoenzyme bound to upstream fork promoter DNA and Microcin J25 (MccJ25) 提交 2018-11-23 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：nonameric
链 M 38–58（21 aa） 片段：UNP residues 38-58
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；295 K；0.1 M HEPES, pH 6.7, 0.2 M magnesium chloride, 7% w/v PEG3350, 4% v/v glycerol
分辨率 3.68 Å R-free 0.306

共 7 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MCJA_ECOLX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–21； UniProt 38–58

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2mmt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2mmt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2mmt
沉积日期 deposition_date2014-03-18
结构标题 titleLasso peptide-based integrin inhibitor: Microcin J25 variant with RGDF substitution of Gly12-Ile13-Gly14-Thr15
关键词 keywordslasso peptide, epitope grafting, integrin inhibitor, drug design, molecular scaffolds, molecular dynamics, ANTIBIOTIC; ANTIBIOTIC
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier8.43 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron8.42 Å
零角强度 I(0) i015023300.00
分子量 molecular_weight33833.0 kDa
排除体积 excluded_volume42683 ų
包络体积 envelope_volume3834 ų
水化壳体积 shell_volume4285 ų
包络直径 envelope_diameter33.0 Å
壳层 Rg shell_rg13.14 Å
包络 Rg envelope_rg9.69 Å
形状 Rg shape_rg8.37 Å
总 Rg total_rg8.83 Å
总原子数 total_atoms4575
残基数 n_residues315
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax32.6 Å
Rg (实空间) rg_real8.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5020e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5520e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal8.62 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal15020000.0000
解质量估计 total_estimate0.6921
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks4
主峰位置 r_peak_primary7.8 Å
偏度 Skewness skewness0.619
峰度 Kurtosis kurtosis-0.282
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1881.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.360; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.079; Smooth: 0.845
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)