SAXSdb — 2mum

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin modification-related protein YNG2

Saccharomyces cerevisiae S288c

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 222–271	片段：PHD-type domain residues 222-271	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 ambient NMR样品组成：0.5 mM [U-13C; U-15N] protein, 300 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 2 mM potassium phosphate, 10 mM sodium phosphate, 0.05 mM CHAPS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2MUM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5J9Q Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 H 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol	分辨率 3.25 Å R-free 0.273
5J9Q Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol	分辨率 3.25 Å R-free 0.273
5J9Q Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 K 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol	分辨率 3.25 Å R-free 0.273
5J9T Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM HEPES (pH 7.5), 6% 1,6-Hexanediol, 7% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 10mM DTT.	分辨率 2.70 Å R-free 0.219
5J9T Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM HEPES (pH 7.5), 6% 1,6-Hexanediol, 7% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 10mM DTT.	分辨率 2.70 Å R-free 0.219
5J9T Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100mM HEPES (pH 7.5), 6% 1,6-Hexanediol, 7% PEG 8000, 5% ethylene glycol, 10mM DTT.	分辨率 2.70 Å R-free 0.219
5J9U Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；298 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol	分辨率 2.95 Å R-free 0.246
5J9U Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；298 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol	分辨率 2.95 Å R-free 0.246
5J9U Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 K 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；298 K；100mM NaCitrate (pH 6.5), 1.79M ammonium sulfate, 5%(w/v) glycerol	分辨率 2.95 Å R-free 0.246
5J9W Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	ACO ACETYL COENZYME *A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 9% PEG 20000, 8% glycerol, 7% 2-Propanol, 10% 1,6-Hexanediol, 10 mM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
5J9W Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 9% PEG 20000, 8% glycerol, 7% 2-Propanol, 10% 1,6-Hexanediol, 10 mM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
5J9W Crystal structure of the NuA4 core complex 提交 2016-04-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 L 1–120（120 aa）片段：UNP residues 1-120	未记录	ACO ACETYL COENZYME *A × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；289 K；100 mM HEPES (pH 7.5), 9% PEG 20000, 8% glycerol, 7% 2-Propanol, 10% 1,6-Hexanediol, 10 mM DTT	分辨率 2.80 Å R-free 0.271
7VVU NuA4 HAT module bound to the nucleosome 提交 2021-11-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric	链 V 1–282（282 aa）	未记录	CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.40 Å
7VVZ NuA4 bound to the nucleosome 提交 2021-11-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：21-meric	链 V 1–282（282 aa）	未记录	CMC CARBOXYMETHYL COENZYME A × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP* ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 8.80 Å

共 6 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YNG2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–50； UniProt 222–271

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2mum
沉积日期 deposition_date	2014-09-12
结构标题 title	Solution structure of the PHD domain of Yeast YNG2
关键词 keywords	PHD finger, Transcription Regulator; Transcription Regulator
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	10.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	10.56 Å
零角强度 I(0) i0	226796000.00
分子量 molecular_weight	121230.0 kDa
排除体积 excluded_volume	148070 Å³
包络体积 envelope_volume	13640 Å³
水化壳体积 shell_volume	9671 Å³
包络直径 envelope_diameter	39.3 Å
壳层 Rg shell_rg	17.65 Å
包络 Rg envelope_rg	12.50 Å
形状 Rg shape_rg	10.59 Å
总 Rg total_rg	10.65 Å
总原子数 total_atoms	15760
残基数 n_residues	1000
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	34.0 Å
Rg (实空间) rg_real	10.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.38 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2680e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	10.10 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	226800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8899
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	12.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.071
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.523
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23060.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.874; Stabil: 0.994; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.983; Smooth: 0.975

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2muma_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.50 — FYVE/PHD zinc finger
超家族 Superfamily superfamily	g.50.1 — FYVE/PHD zinc finger
家族 Family family	g.50.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2mumA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

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8. 引用文献 (1)

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描述 description	Chromatin modification-related protein YNG2
分子量 formula_weight	5938.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	15760

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae S288c
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

fit	/app/data/saxs_computation/mu/2mum/2mum.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mu/2mum/2mum.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mu/2mum/2mum.dat

Solution structure of the PHD domain of Yeast YNG2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromatin modification-related protein YNG2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)