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2mvw

Solution structure of the TRIM19 B-box1 (B1) of human promyelocytic leukemia (PML)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 57.6 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein PML

Homo sapiens

UniProt P29590

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 120–168 链 B； UniProt 120–168 片段：UNP residues 120-168 ZN ZINC ION × 4 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成：1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 100% D2O | 100% D2O NMR样品组成：0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 0.5 mM PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2MVW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BOR TRANSCRIPTION FACTOR PML, A PROTO-ONCOPROTEIN, NMR, 1 REPRESENTATIVE STRUCTURE AT PH 7.5, 30 C, IN THE PRESENCE OF ZINC 提交 1995-09-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 49–104（56 aa） 片段：RING FINGER DOMAIN, RESIDUES 49 - 104
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；303 K
分辨率未提供
2MWX The RING Domain of human Promyelocytic Leukemia Protein (PML) 提交 2014-12-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 49–104（56 aa） 片段：RING Domain, UNP residues 49-104
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1-1, 25 mM [U-98% 2H] TRIS-2, 100 mM sodium chloride-3, 0.2 mM TCEP-4, 1 mM zinc chloride-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] _protein1-6, 25 mM [U-98% 2H] TRIS-7, 100 mM sodium chloride-8, 0.2 mM TCEP-9, 1 mM zinc chloride-10, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
4WJN Crystal structure of SUMO1 in complex with phosphorylated PML 提交 2014-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–573（27 aa） 片段：PML, unp residues 547-573
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM sodium cacodylate, 16% PEG3350, 10mM calcium chloride
分辨率 1.50 Å R-free 0.192
4WJO Crystal Structure of SUMO1 in complex with PML 提交 2014-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–573（27 aa） 片段：PML, unp residues 547-573
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM sodium cacodylate pH6.5, 16% PEG3350, 10mM calcium chloride
分辨率 1.46 Å R-free 0.184
5YUF Crystal Structure of PML RING tetramer 提交 2017-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 49–99（51 aa）
链 B 49–99（51 aa）
链 C 49–99（51 aa）
链 D 49–99（51 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonium Sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.217
6IMQ Crystal structure of PML B1-box multimers 提交 2018-10-23 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 120–168（49 aa） 片段：UNP residues 12-=168
链 B 120–168（49 aa） 片段：UNP residues 12-=168
未记录 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG6K
分辨率 2.06 Å R-free 0.227
6IMQ Crystal structure of PML B1-box multimers 提交 2018-10-23 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 120–168（49 aa） 片段：UNP residues 12-=168
链 D 120–168（49 aa） 片段：UNP residues 12-=168
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG6K
分辨率 2.06 Å R-free 0.227
6UYO Crystal structure of K37-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.64 Å R-free 0.196
6UYO Crystal structure of K37-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 547–574（28 aa）
突变：E574Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.64 Å R-free 0.196
6UYP Crystal structure of K39-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.42 Å R-free 0.172
6UYQ Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.50 Å R-free 0.175
6UYR Crystal structure of K46-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.30 Å R-free 0.173
6UYT Crystal structure of K39-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.66 Å R-free 0.200
6UYU Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.66 Å R-free 0.186
6UYU Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 547–574（28 aa）
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.66 Å R-free 0.186
6UYV Crystal structure of K46-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.40 Å R-free 0.179
8DJI Ternary complex of SUMO1 with the SIM of PML and zinc 提交 2022-06-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa） 片段：SIM
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM HEPES pH 7.0, 19 to 31 % (w/v) PEG 3350, and 1-5 mM zinc chloride
分辨率 1.97 Å R-free 0.258
8J25 Crystal structure of PML B-box2 mutant 提交 2023-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 183–236（54 aa）
突变：C213A,A216V ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；22% PEG 3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.248
8J2P Crystal structure of PML B-box2 提交 2023-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 183–236（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 3350
分辨率 2.09 Å R-free 0.235
8J2P Crystal structure of PML B-box2 提交 2023-04-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 183–236（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 3350
分辨率 2.09 Å R-free 0.235
8YTC PML-RBCC dimer 提交 2024-03-25 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 46–256（211 aa）
链 B 46–256（211 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å

共 17 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PML_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–51； UniProt 120–168 作者链 B； PDB构建体 3–51； UniProt 120–168

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2mvw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2mvw
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2mvw
沉积日期 deposition_date2014-10-17
结构标题 titleSolution structure of the TRIM19 B-box1 (B1) of human promyelocytic leukemia (PML)
关键词 keywordsPML, B box, TRIM19, METAL BINDING PROTEIN, E3 ligase; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier15.26 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.27 Å
零角强度 I(0) i0964646000.00
分子量 molecular_weight242500.0 kDa
排除体积 excluded_volume293850 ų
包络体积 envelope_volume45651 ų
水化壳体积 shell_volume19242 ų
包络直径 envelope_diameter65.8 Å
壳层 Rg shell_rg26.69 Å
包络 Rg envelope_rg21.22 Å
形状 Rg shape_rg15.32 Å
总 Rg total_rg15.38 Å
总原子数 total_atoms32040
残基数 n_residues2040
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.6 Å
Rg (实空间) rg_real15.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real9.6460e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.2600e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal15.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal964600000.0000
解质量估计 total_estimate0.7218
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary16.8 Å
偏度 Skewness skewness0.590
峰度 Kurtosis kurtosis0.273
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha265200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.557; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.709; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)