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2mwx

The RING Domain of human Promyelocytic Leukemia Protein (PML)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 45.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein PML

Homo sapiens

UniProt P29590

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 49–104 片段：RING Domain, UNP residues 49-104 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；298 K；压力 ambient NMR样品组成：1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein_1-1, 25 mM [U-98% 2H] TRIS-2, 100 mM sodium chloride-3, 0.2 mM TCEP-4, 1 mM zinc chloride-5, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] _protein1-6, 25 mM [U-98% 2H] TRIS-7, 100 mM sodium chloride-8, 0.2 mM TCEP-9, 1 mM zinc chloride-10, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2MWX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BOR TRANSCRIPTION FACTOR PML, A PROTO-ONCOPROTEIN, NMR, 1 REPRESENTATIVE STRUCTURE AT PH 7.5, 30 C, IN THE PRESENCE OF ZINC 提交 1995-09-27 构建体不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 49–104（56 aa） 片段：RING FINGER DOMAIN, RESIDUES 49 - 104
未记录 ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；303 K
分辨率未提供
2MVW Solution structure of the TRIM19 B-box1 (B1) of human promyelocytic leukemia (PML) 提交 2014-10-17 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 120–168（49 aa） 片段：UNP residues 120-168
链 B 120–168（49 aa） 片段：UNP residues 120-168
未记录 ZN ZINC ION × 4 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PML B1 box, 0.5 mM PML B1 box, 25 mM [U-98% 2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 0.2 mM TCEP, 1 mM zinc chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4WJN Crystal structure of SUMO1 in complex with phosphorylated PML 提交 2014-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–573（27 aa） 片段：PML, unp residues 547-573
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM sodium cacodylate, 16% PEG3350, 10mM calcium chloride
分辨率 1.50 Å R-free 0.192
4WJO Crystal Structure of SUMO1 in complex with PML 提交 2014-10-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–573（27 aa） 片段：PML, unp residues 547-573
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；100mM sodium cacodylate pH6.5, 16% PEG3350, 10mM calcium chloride
分辨率 1.46 Å R-free 0.184
5YUF Crystal Structure of PML RING tetramer 提交 2017-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 49–99（51 aa）
链 B 49–99（51 aa）
链 C 49–99（51 aa）
链 D 49–99（51 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Ammonium Sulfate
分辨率 1.60 Å R-free 0.217
6IMQ Crystal structure of PML B1-box multimers 提交 2018-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 120–168（49 aa） 片段：UNP residues 12-=168
链 B 120–168（49 aa） 片段：UNP residues 12-=168
未记录 ZN ZINC ION × 4 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG6K
分辨率 2.06 Å R-free 0.227
6IMQ Crystal structure of PML B1-box multimers 提交 2018-10-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 120–168（49 aa） 片段：UNP residues 12-=168
链 D 120–168（49 aa） 片段：UNP residues 12-=168
未记录 ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG6K
分辨率 2.06 Å R-free 0.227
6UYO Crystal structure of K37-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.64 Å R-free 0.196
6UYO Crystal structure of K37-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 547–574（28 aa）
突变：E574Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.64 Å R-free 0.196
6UYP Crystal structure of K39-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.42 Å R-free 0.172
6UYQ Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.50 Å R-free 0.175
6UYR Crystal structure of K46-acetylated SUMO1 in complex with PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.30 Å R-free 0.173
6UYT Crystal structure of K39-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.66 Å R-free 0.200
6UYU Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.66 Å R-free 0.186
6UYU Crystal structure of K45-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 547–574（28 aa）
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.66 Å R-free 0.186
6UYV Crystal structure of K46-acetylated SUMO1 in complex with phosphorylated PML-SIM 提交 2019-11-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa）
突变：E574Y 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；100MM SODIUM CACODYLATE PH6.5, 16% PEG3350, 10MM CALCIUM CHLORIDE
分辨率 1.40 Å R-free 0.179
8DJI Ternary complex of SUMO1 with the SIM of PML and zinc 提交 2022-06-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 547–574（28 aa） 片段：SIM
未记录 ZN ZINC ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；100 mM HEPES pH 7.0, 19 to 31 % (w/v) PEG 3350, and 1-5 mM zinc chloride
分辨率 1.97 Å R-free 0.258
8J25 Crystal structure of PML B-box2 mutant 提交 2023-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 183–236（54 aa）
突变：C213A,A216V ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；22% PEG 3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.248
8J2P Crystal structure of PML B-box2 提交 2023-04-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 183–236（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 3350
分辨率 2.09 Å R-free 0.235
8J2P Crystal structure of PML B-box2 提交 2023-04-15 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 183–236（54 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；20% PEG 3350
分辨率 2.09 Å R-free 0.235
8YTC PML-RBCC dimer 提交 2024-03-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 46–256（211 aa）
链 B 46–256（211 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 5.30 Å

共 17 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PML_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–56； UniProt 49–104

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2mwx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2mwx
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2mwx
沉积日期 deposition_date2014-12-02
结构标题 titleThe RING Domain of human Promyelocytic Leukemia Protein (PML)
关键词 keywordsPML, RING finger, TRIM19, E3 ligase, LIGASE; LIGASE
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier11.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.46 Å
零角强度 I(0) i0250854000.00
分子量 molecular_weight124400.0 kDa
排除体积 excluded_volume151400 ų
包络体积 envelope_volume16140 ų
水化壳体积 shell_volume10215 ų
包络直径 envelope_diameter46.4 Å
壳层 Rg shell_rg19.34 Å
包络 Rg envelope_rg15.37 Å
形状 Rg shape_rg11.50 Å
总 Rg total_rg11.51 Å
总原子数 total_atoms16480
残基数 n_residues1120
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.2 Å
Rg (实空间) rg_real11.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.60 Å
I(0) (实空间) i0_real2.5090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8230e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal11.43 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal250900000.0000
解质量估计 total_estimate0.7431
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary13.2 Å
偏度 Skewness skewness0.675
峰度 Kurtosis kurtosis0.598
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha66910.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.343; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.639; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2mwxa_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.44 — RING/U-box
超家族 Superfamily superfamilyg.44.1 — RING/U-box
家族 Family familyg.44.1.1 — RING finger domain, C3HC4
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)