2n2k

Ensemble structure of the closed state of Lys63-linked diubiquitin in the absence of a ligand

Method: SOLUTION NMR

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ubiquitin

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBC_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–76； UniProt 1–76 作者链 B； PDB构建体 1–71； UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2n2k
沉积日期 deposition_date	2015-05-10
结构标题 title	Ensemble structure of the closed state of Lys63-linked diubiquitin in the absence of a ligand
关键词 keywords	polyubiquitin, ensemble structure, protein dynamics, ubiquitin signaling, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	SOLUTION NMR

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2n2k__assembly_1__model_23

Assembly 1 · Model 23 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2n2k__assembly_1__model_23 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2n2k__assembly_1__model_23 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.29 Å
Rg（电子密度）	17.86 Å
总 Rg	18.44 Å
原子数	734
残基数	147
排除体积	8293 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2n2k__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	2	`2n2k__assembly_1__model_2`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	3	`2n2k__assembly_1__model_3`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	4	`2n2k__assembly_1__model_4`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	5	`2n2k__assembly_1__model_5`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	6	`2n2k__assembly_1__model_6`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	7	`2n2k__assembly_1__model_7`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	8	`2n2k__assembly_1__model_8`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	9	`2n2k__assembly_1__model_9`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	10	`2n2k__assembly_1__model_10`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	11	`2n2k__assembly_1__model_11`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	12	`2n2k__assembly_1__model_12`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	13	`2n2k__assembly_1__model_13`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	14	`2n2k__assembly_1__model_14`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	15	`2n2k__assembly_1__model_15`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	16	`2n2k__assembly_1__model_16`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	17	`2n2k__assembly_1__model_17`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	18	`2n2k__assembly_1__model_18`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	19	`2n2k__assembly_1__model_19`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	20	`2n2k__assembly_1__model_20`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	21	`2n2k__assembly_1__model_21`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	22	`2n2k__assembly_1__model_22`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	23	`2n2k__assembly_1__model_23`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	24	`2n2k__assembly_1__model_24`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	25	`2n2k__assembly_1__model_25`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	26	`2n2k__assembly_1__model_26`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	27	`2n2k__assembly_1__model_27`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	28	`2n2k__assembly_1__model_28`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	29	`2n2k__assembly_1__model_29`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	30	`2n2k__assembly_1__model_30`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	31	`2n2k__assembly_1__model_31`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	32	`2n2k__assembly_1__model_32`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	33	`2n2k__assembly_1__model_33`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	34	`2n2k__assembly_1__model_34`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	35	`2n2k__assembly_1__model_35`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	36	`2n2k__assembly_1__model_36`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	37	`2n2k__assembly_1__model_37`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	38	`2n2k__assembly_1__model_38`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	39	`2n2k__assembly_1__model_39`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	40	`2n2k__assembly_1__model_40`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	41	`2n2k__assembly_1__model_41`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	42	`2n2k__assembly_1__model_42`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	43	`2n2k__assembly_1__model_43`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	44	`2n2k__assembly_1__model_44`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	45	`2n2k__assembly_1__model_45`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	46	`2n2k__assembly_1__model_46`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	47	`2n2k__assembly_1__model_47`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	48	`2n2k__assembly_1__model_48`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	49	`2n2k__assembly_1__model_49`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	50	`2n2k__assembly_1__model_50`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	51	`2n2k__assembly_1__model_51`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	52	`2n2k__assembly_1__model_52`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	53	`2n2k__assembly_1__model_53`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	54	`2n2k__assembly_1__model_54`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	55	`2n2k__assembly_1__model_55`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	56	`2n2k__assembly_1__model_56`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	57	`2n2k__assembly_1__model_57`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	58	`2n2k__assembly_1__model_58`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	59	`2n2k__assembly_1__model_59`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	60	`2n2k__assembly_1__model_60`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	61	`2n2k__assembly_1__model_61`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	62	`2n2k__assembly_1__model_62`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	63	`2n2k__assembly_1__model_63`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	64	`2n2k__assembly_1__model_64`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	65	`2n2k__assembly_1__model_65`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	66	`2n2k__assembly_1__model_66`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	67	`2n2k__assembly_1__model_67`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	68	`2n2k__assembly_1__model_68`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	69	`2n2k__assembly_1__model_69`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
1	70	`2n2k__assembly_1__model_70`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ubiquitin
分子量 formula_weight	8539.8 kDa
突变 mutation	N25C, K48C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	143150

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIECVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGCQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVLRLRGG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ubiquitin
分子量 formula_weight	8035.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MQIFVKTLTGKTITLEVEPSDTIENVKAKIQDKEGIPPDQQRLIFAGKQLEDGRTLSDYNIQKESTLHLVL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	S-[(1-oxyl-2,2,5,5-tetramethyl-2,5-dihydro-1H-pyrrol-3-yl)methyl] methanesulfonothioate
分子量 formula_weight	264.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2n2ka_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

结构域编号 domain_id	d2n2kb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family family	d.15.1.1 — Ubiquitin-related

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

Ensemble structure of the closed state of Lys63-linked diubiquitin in the absence of a ligand

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2n2k__assembly_1__model_23

2n2k__assembly_1__model_23 | I(q)

2n2k__assembly_1__model_23 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Ensemble structure of the closed state of Lys63-linked diubiquitin in the absence of a ligand

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ubiquitin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2n2k__assembly_1__model_23

2n2k__assembly_1__model_23 | I(q)

2n2k__assembly_1__model_23 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)