2nm3

Crystal structure of dihydroneopterin aldolase from S. aureus in complex with (1S,2S)-monapterin at 1.68 angstrom resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dihydroneopterin aldolase

Staphylococcus aureus

UniProt P56740

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 8 ACETATE ION × 8 D-MONAPTERIN × 8 water × 8 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FOLB_STAAU
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–121; UniProt 1–121

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2nm3
沉积日期 deposition_date2006-10-20
结构标题 titleCrystal structure of dihydroneopterin aldolase from S. aureus in complex with (1S,2S)-monapterin at 1.68 angstrom resolution
关键词 keywordsDihydroneopterin aldolase, dhna, substrate complex, monapterin, neopterin, 7, 8-dihydromonapterin, drug design, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2nm3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2nm3__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2nm3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)30.12 Å
Rg(电子密度)28.61 Å
总 Rg29.53 Å
原子数7912
残基数968
排除体积139980 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2nm3__assembly_1__model_1 octameric (8) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2nm3a_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.96 — T-fold
超家族 Superfamily superfamilyd.96.1 — Tetrahydrobiopterin biosynthesis enzymes-like
家族 Family familyd.96.1.3 — DHN aldolase/epimerase

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2nm3A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1130 — GTP Cyclohydrolase I, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — GTP cyclohydrolase I, C-terminal domain/NADPH-dependent 7-cyano-7-deazaguanine reductase, N-terminal domain

7. 引用文献 (1)