2noq

Structure of ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

40S ribosomal protein S5

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 5	CrPV IRES × 1 18S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 25S ribosomal RNA × 1 60S ribosomal protein L1 × 1 （P53030） 60S ribosomal protein L11-B × 1 （Q3E757）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–150； UniProt 75–224

60S ribosomal protein L1

物种未注明

UniProt P53030

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 5	CrPV IRES × 1 18S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 25S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S5 × 1 （P26783） 60S ribosomal protein L11-B × 1 （Q3E757）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–213； UniProt 4–216

60S ribosomal protein L11-B

物种未注明

UniProt Q3E757

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 3 RNA 5	CrPV IRES × 1 18S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 18S ribosomal RNA × 1 25S ribosomal RNA × 1 40S ribosomal protein S5 × 1 （P26783） 60S ribosomal protein L1 × 1 （P53030）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL11B_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–165； UniProt 6–170

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2noq
沉积日期 deposition_date	2006-10-26
结构标题 title	Structure of ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA
关键词 keywords	IRES RNA, Ribosome, Translation, Internal Initiation; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2noq__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2noq__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2noq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	57.51 Å
Rg（电子密度）	58.69 Å
总 Rg	58.46 Å
原子数	10909
残基数	845
排除体积	170210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2noq__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CrPV IRES
分子量 formula_weight	60828.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10909

AAAAAUGUGAUCUUGCUUGUAAAUACAAUUUUGAGAGGUUAAUAAAUUACAAGUAGUGCUAUUUUUGUAUUUAGGUUAGCUAUUUAGCUUUACGUUCCAGGAUGCCUAGUGGCAGCCCCACAAUAUCCAGGAAGCCCUCUCUGCGGUUUUUCAGAUUAGGUAGUCGAAAAACCUAAGAAAUUUACCUGCU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	18S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	14869.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	B

GCGCCGGCCAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGCGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	18S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	4149.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GCUGCAUGGCCGU

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	18S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	4784.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

UCUGGUCAGCAUGGC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	25S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	17186.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGGAUGCGUAGGAUAGGUGGGAGCGCAAGCGCCGGUGAAAUACCACCCUUCCC

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	40S ribosomal protein S5
分子量 formula_weight	16577.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

RYANKRFRKAQCPIIERLTNSLMMNGRNNGKKLKAVRIIKHTLDIINVLTDQNPIQVVVDAITNTGPREDTTRVGGGGAARRQAVDVSPLRRVNQAIALLTIGAREAAFRNIKTIAETLAEELINAAKGSSTSYAIKKKDELERVAKSNR

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L1
分子量 formula_weight	24014.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

ITSSQVREHVKELLKYSNETKKRNFLETVELQVGLKNYDPQRDKRFSGSLKLPNCPRPNMSICIFGDAFDVDRAKSCGVDAMSVDDLKKLNKNKKLIKKLSKKYNAFIASEVLIKQVPRLLGPQLSKAGKFPTPVSHNDDLYGKVTDVRSTIKFQLKKVLCLAVAVGNVEMEEDVLVNQILMSVNFFVSLLKKNWQNVGSLVVKSSMGPAFRL

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	60S ribosomal protein L11-B
分子量 formula_weight	18780.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

NPMRDLKIEKLVLNISVGESGDRLTRASKVLEQLSGQTPVQSKARYTVRTFGIRRNEKIAVHVTVRGPKAEEILERGLKVKEYQLRDRNFSATGNFGFGIDEHIDLGIKYDPSIGIFGMDFYVVMNRPGARVTRRKRCKGTVGNSHKTTKEDTVSWFKQKYDADV

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	7.30 Å
分辨率测定方法 resolution_method	Iterative 3D-Projection Matching
颗粒数 num_particles	73313

Structure of ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

40S ribosomal protein S5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

60S ribosomal protein L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

60S ribosomal protein L11-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2noq__assembly_1__model_1

2noq__assembly_1__model_1 | I(q)

2noq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of ribosome-bound cricket paralysis virus IRES RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

40S ribosomal protein S5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

60S ribosomal protein L11-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2noq__assembly_1__model_1

2noq__assembly_1__model_1 | I(q)

2noq__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)