SAXSdb — 2nps

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vesicle-associated membrane protein 4

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Syntaxin 13 × 1 （O70319） Vesicle transport through interaction with t-SNAREs homolog 1A × 1 （Q9JI51） Syntaxin-6 × 1 （O43752） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VAMP4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–74； UniProt 47–117

Syntaxin 13

Rattus norvegicus

UniProt O70319

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 4 × 1 （O70480） Vesicle transport through interaction with t-SNAREs homolog 1A × 1 （Q9JI51） Syntaxin-6 × 1 （O43752） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O70319_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–71； UniProt 177–244

Vesicle transport through interaction with t-SNAREs homolog 1A

Rattus norvegicus

UniProt Q9JI51

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 4 × 1 （O70480） Syntaxin 13 × 1 （O70319） Syntaxin-6 × 1 （O43752） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VTI1A_RAT
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–81； UniProt 122–199

Syntaxin-6

Homo sapiens

UniProt O43752

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Vesicle-associated membrane protein 4 × 1 （O70480） Syntaxin 13 × 1 （O70319） Vesicle transport through interaction with t-SNAREs homolog 1A × 1 （Q9JI51） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STX6_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 17–82； UniProt 169–234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2nps
沉积日期 deposition_date	2006-10-30
结构标题 title	Crystal Structure of the Early Endosomal SNARE Complex
关键词 keywords	Vesicle fusion, SNARE complex, early endosomal SNARE complex, syntaxin 6, syntaxin 13, Vti1a, VAMP4, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2nps__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2nps__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2nps__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.90 Å
Rg（电子密度）	30.88 Å
总 Rg	30.94 Å
原子数	2207
残基数	273
排除体积	38593 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2nps__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Vesicle-associated membrane protein 4
分子量 formula_weight	8687.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2328

GSMGPRNDKIKHVQNQVDEVIDVMQENITKVIERGERLDELQDKSESLSDNATAFSNRSKQLRRQMWWRGCKIK

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Syntaxin 13
分子量 formula_weight	8149.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GSMRETAIQQLEADILDVNQIFKDLAMMIHDQGDLIDSIEANVESSEVHVERASDQLQRAAYYQKKSRKKM

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Vesicle transport through interaction with t-SNAREs homolog 1A
分子量 formula_weight	9548.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

GSMRAHLLDNTERLERSSRRLEAGYQIAVETEQIGQEMLENLSHDRERIQRARERLRETDANLGKSSRILTGMLRRIIQNR

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Syntaxin-6
分子量 formula_weight	9121.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

GSHMASMTGGNNMGRMQDEQLELVSGSIGVLKNMSQRIGGELEEQAVMLEDFSHELESTQSRLDNVMKKLAKVSHMTSDRRQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	121

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d2npsa_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2npsb1
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.15 — SNARE fusion complex
家族 Family family	h.1.15.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2npsb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2npsA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2npsB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2npsC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2npsD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

▶

晶胞边长 a length_a	252.882 Å
晶胞边长 b length_b	28.657 Å
晶胞边长 c length_c	41.887 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	98.25 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2510
R_work r_work	0.2470
R_free r_free	0.2890

Crystal Structure of the Early Endosomal SNARE Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vesicle-associated membrane protein 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Syntaxin 13

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vesicle transport through interaction with t-SNAREs homolog 1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Syntaxin-6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2nps__assembly_1__model_1

2nps__assembly_1__model_1 | I(q)

2nps__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)