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NADH BINDING SITE AND CATALYSIS OF NADH PEROXIDASE

Method: X-RAY DIFFRACTION

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADH PEROXIDASE

Enterococcus faecalis

UniProt P37062

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NAPE_ENTFA
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–447; UniProt 1–447

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2npx
沉积日期 deposition_date1992-05-29
结构标题 titleNADH BINDING SITE AND CATALYSIS OF NADH PEROXIDASE
关键词 keywordsOXIDOREDUCTASE(H2O2(A)); OXIDOREDUCTASE(H2O2(A))
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2npx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2npx__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2npx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)24.58 Å
Rg(电子密度)23.63 Å
总 Rg24.38 Å
原子数3590
残基数446
排除体积63941 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2npx__assembly_1__model_1 monomeric (1) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2npx__assembly_2__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2npxa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd2npxa2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.3 — FAD/NAD(P)-binding domain
超家族 Superfamily superfamilyc.3.1 — FAD/NAD(P)-binding domain
家族 Family familyc.3.1.5 — FAD/NAD-linked reductases, N-terminal and central domains
结构域编号 domain_idd2npxa3
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.87 — CO dehydrogenase flavoprotein C-domain-like
超家族 Superfamily superfamilyd.87.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain
家族 Family familyd.87.1.1 — FAD/NAD-linked reductases, dimerisation (C-terminal) domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id2npxA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id2npxA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture50 — 3-Layer(bba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — FAD/NAD(P)-binding domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — FAD/NAD(P)-binding domain
结构域编号 domain_id2npxA03
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology390 — Enolase-like; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — FAD/NAD-linked reductase, C-terminal dimerisation domain

7. 引用文献 (3)