SAXSdb — 2nq3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Itchy homolog E3 ubiquitin protein ligase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–155	片段：C2 Domain	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；The protein at 20 mg/ml was dissolved in 20 mM Tris-HCl, pH 8.0, 0.15 M NaCl, 5% glycerol, 2 mM DTT, and mixed 1:1 with well solution that was 20% PEG3350, 0.1 M bis-Tris, pH 6.0, 0.2 M NH4OAc, 1 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.80 Å R-free 0.195

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2NQ3	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DMV Solution structure of the second ww domain of Itchy homolog E3 ubiquitin protein ligase (Itch) 提交 2006-04-24	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 328–357（30 aa）片段：WW domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 1.4mM protein U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O, 90% H2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2KYK The sandwich region between two LMP2A PY motif regulates the interaction between AIP4WW2domain and PY motif 提交 2010-05-28	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 359–392（34 aa）片段：WW 2 domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；压力 ambient NMR样品组成 0.01% [U-95% 13C; U-95% 15N] sodium phosphate-1, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2P4R Structural basis for a novel interaction between AIP4 and beta-PIX 提交 2007-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 T 246–270（25 aa）片段：AIP4 (209-224)	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl, 0.2 M ammonium sulfate, 32-38% (w/v) PEG-MME 5000, pH 7.1-7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2P4R Structural basis for a novel interaction between AIP4 and beta-PIX 提交 2007-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 T 246–270（25 aa）片段：AIP4 (209-224)	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M TrisHCl, 0.2 M ammonium sulfate, 32-38% (w/v) PEG-MME 5000, pH 7.1-7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
2YSF Solution structure of the fourth WW domain from the human E3 ubiquitin-protein ligase Itchy homolog, ITCH 提交 2007-04-03	构建体不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 480–512（33 aa）片段：WW domain, UNP residues 480-512	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成 0.9mM sample U-15N,13C; 20mM d-Tris-HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3TUG Crystal structure of the HECT domain of ITCH E3 ubiquitin ligase 提交 2011-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 524–903（380 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；297 K；30% PEG1500, 0.2M NaCl 0.1M HEPES pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.27 Å R-free 0.256
4ROF Crystal Structure of WW3 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2014-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 436–474（39 aa）片段：UNP residues 436-474	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.03 Å R-free 0.297
4ROF Crystal Structure of WW3 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2014-10-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 436–474（39 aa）片段：UNP residues 436-474	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；1.8 M ammonium sulfate, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 5.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 293K	分辨率 2.03 Å R-free 0.297
5C7M CRYSTAL STRUCTURE OF E3 LIGASE ITCH WITH A UB VARIANT 提交 2015-06-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 524–899（376 aa）片段：HECT DOMAIN (UNP RESIDUES 524-899)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；The ITCH and ubiquitin variant ubv.it.02 were mixed at molarity ratio 1:2, and then concentrated to 17mg/ml. The protein sample was mixed with 1mg/mL chymotrypsin at a 1:1000 (W/W) chymotrypsin:protein ratio right before set up crystallization. Crystal was initially obtained from SGC-I screen condition A05. Crystal used for structure refinement was grown in 1.6M NH4SO4, 0.2M NaAc, 0.1M HEPES pH 7.5, 5% Ethylene Glycol in hanging drop setup, using 1.2uL protein, 1.2uL well solution over 0.5 mL reservoir buffer at 20 C. Crystals grow to mountable size for ~1 weeks. Harvested crystal was flash-frozen in liquid nitrogen. A well solution containing 20% glycerol was used as the cryo-protectant	分辨率 3.03 Å R-free 0.297
5CQ2 Crystal Structure of tandem WW domains of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2015-07-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 A 282–370（89 aa）片段：UNP residues 282-370	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 72	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；30% PEG4000, 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M TRIS	分辨率 1.40 Å R-free 0.184
5DWS Crystal Structure of ITCH WW3 domain in complex with TXNIP peptide 提交 2015-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 285–323（39 aa）片段：UNP residues 285-323 链 C 285–323（39 aa）片段：UNP residues 285-323 链 E 285–323（39 aa）片段：UNP residues 285-323 链 G 285–323（39 aa）片段：UNP residues 285-323	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 26	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；20% PEG-3350, 0.2 M sodium acetate	分辨率 1.65 Å R-free 0.257
5DZD Crystal Structure of WW4 domain of ITCH in complex with TXNIP peptide 提交 2015-09-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 324–363（40 aa）片段：UNP residues 324-363 链 B 324–363（40 aa）片段：UNP residues 324-363	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 17	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；2 M sodium formate, 0.1 M Tris, pH 8.5	分辨率 1.57 Å R-free 0.206
5SXP STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION BETWEEN ITCH PRR AND BETA-PIX 提交 2016-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 249–269（21 aa）片段：UNP residues 249-269	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MIB buffer pH 5.0 and 25% PEG1500	分辨率 1.65 Å R-free 0.161
5SXP STRUCTURAL BASIS FOR THE INTERACTION BETWEEN ITCH PRR AND BETA-PIX 提交 2016-08-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 249–269（21 aa）片段：UNP residues 249-269	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；100 mM MIB buffer pH 5.0 and 25% PEG1500	分辨率 1.65 Å R-free 0.161

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ITCH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–173； UniProt 1–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2nq3
沉积日期 deposition_date	2006-10-30
结构标题 title	Crystal structure of the C2 Domain of Human Itchy Homolog E3 Ubiquitin Protein Ligase
关键词 keywords	C2 DOMAIN, LIGASE, UBL CONJUGATION PATHWAY, STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM, SGC; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.53 Å
零角强度 I(0) i0	3936570.00
分子量 molecular_weight	14471.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18292 Å³
包络体积 envelope_volume	21378 Å³
水化壳体积 shell_volume	12167 Å³
包络直径 envelope_diameter	57.7 Å
壳层 Rg shell_rg	20.83 Å
包络 Rg envelope_rg	16.14 Å
形状 Rg shape_rg	15.52 Å
总 Rg total_rg	16.62 Å
总原子数 total_atoms	1015
残基数 n_residues	131
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.6 Å
Rg (实空间) rg_real	16.57 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9370e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.0400e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3937000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8247
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	59.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.400
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.147
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	830100.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.598; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.924; Smooth: 1.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Itchy homolog E3 ubiquitin protein ligase
分子量 formula_weight	19201.7 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1192

MHHHHHHSSGRENLYFQGMSDSGSQLGSMGSLTMKSQLQITVISAKLKENKKNWFGPSPYVEVTVDGQSKKTEKCNNTNSPKWKQPLTVIVTPVSKLHFRVWSHQTLKSDVLLGTAALDIYETLKSNNMKLEEVVVTLQLGGDKEPTETIGDLSICLDGLQLESEVVTNGETT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	128

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2nq3a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamily	b.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family family	b.7.1.1 — PLC-like (P variant)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2nq3A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — C2 domain

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8. 引用文献 (5)

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晶胞边长 a length_a	82.499 Å
晶胞边长 b length_b	82.499 Å
晶胞边长 c length_c	65.273 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	24.100 Å
R 因子 r_factor	0.1635
R_work r_work	0.1619
R_free r_free	0.1954

fit	/app/data/saxs_computation/nq/2nq3/2nq3.fit
pddf	/app/data/pr_computation/nq/2nq3/2nq3.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/nq/2nq3/2nq3.dat

Crystal structure of the C2 Domain of Human Itchy Homolog E3 Ubiquitin Protein Ligase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Itchy homolog E3 ubiquitin protein ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction