2nuu

Regulating the Escherichia coli ammonia channel: the crystal structure of the AmtB-GlnK complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ammonia channel

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Nitrogen regulatory protein P-II 2 × 3 （P0AC55） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Nitrogen regulatory protein P-II 2 × 3 （P0AC55） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Nitrogen regulatory protein P-II 2 × 6 （P0AC55） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 water × 12	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Nitrogen regulatory protein P-II 2 × 6 （P0AC55） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 water × 12	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Nitrogen regulatory protein P-II 2 × 6 （P0AC55） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AMTB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–415； UniProt 25–428 作者链 B； PDB构建体 12–415； UniProt 25–428 作者链 C； PDB构建体 12–415； UniProt 25–428 作者链 D； PDB构建体 12–415； UniProt 25–428 作者链 E； PDB构建体 12–415； UniProt 25–428 作者链 F； PDB构建体 12–415； UniProt 25–428

Nitrogen regulatory protein P-II 2

Escherichia coli

UniProt P0AC55

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ammonia channel × 3 （P69681） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 water × 6	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Ammonia channel × 3 （P69681） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 water × 6	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Ammonia channel × 6 （P69681） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 water × 12	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Ammonia channel × 6 （P69681） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 water × 12	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	Ammonia channel × 6 （P69681） ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLNK_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 H； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 I； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 J； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 K； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112 作者链 L； PDB构建体 1–112； UniProt 1–112

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2nuu
沉积日期 deposition_date	2006-11-09
结构标题 title	Regulating the Escherichia coli ammonia channel: the crystal structure of the AmtB-GlnK complex
关键词 keywords	Membrane protein complex, nitrogen regulation, ammonia transport, TRANSPORT PROTEIN-SIGNALING PROTEIN COMPLEX; TRANSPORT PROTEIN/SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2nuu__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2nuu__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2nuu__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.77 Å
Rg（电子密度）	50.76 Å
总 Rg	51.06 Å
原子数	23476
残基数	3127
排除体积	425010 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2nuu__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2nuu__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2nuu__assembly_3__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2nuu__assembly_4__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2nuu__assembly_5__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ammonia channel
分子量 formula_weight	43397.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F
原子数 atom_count	24026

APAVAHHHHHHAVADKADNAFMMICTALVLFMTIPGIALFYGGLIRGKNVLSMLTQVTVTFALVCILWVVYGYSLAFGEGNNFFGNINWLMLKNIELTAVMGSIYQYIHVAFQGSFACITVGLIVGALAERIRFSAVLIFVVVWLTLSYIPIAHMVWGGGLLASHGALDFAGGTVVHINAAIAGLVGAYLIGKRVGFGKEAFKPHNLPMVFTGTAILYIGWFGFNAGSAGTANEIAALAFVNTVVATAAAILGWIFGEWALRGKPSLLGACSGAIAGLVGVTPACGYIGVGGALIIGVVAGLAGLWGVTMLKRLLRVDDPCDVFGVHGVCGIVGCIMTGIFAASSLGGVGFAEGVTMGHQLLVQLESIAITIVWSGVVAFIGYKLADLTVGLRVPEEQEREGLDVNSHGENAYNA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nitrogen regulatory protein P-II 2
分子量 formula_weight	12276.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,H,I,J,K,L

MKLVTVIIKPFKLEDVREALSSIGIQGLTVTEVKGFGRQKGHAELYRGAEYSVNFLPKVKIDVAIADDQLDEVIDIVSKAAYTGKIGDGKIFVAELQRVIRIRTGEADEAAL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	550

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d2nuua2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.44 — Ammonium transporter
超家族 Superfamily superfamily	f.44.1 — Ammonium transporter
家族 Family family	f.44.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2nuua3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2nuub2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.44 — Ammonium transporter
超家族 Superfamily superfamily	f.44.1 — Ammonium transporter
家族 Family family	f.44.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2nuub3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2nuuc2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.44 — Ammonium transporter
超家族 Superfamily superfamily	f.44.1 — Ammonium transporter
家族 Family family	f.44.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2nuuc3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2nuud2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.44 — Ammonium transporter
超家族 Superfamily superfamily	f.44.1 — Ammonium transporter
家族 Family family	f.44.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2nuud3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2nuue2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.44 — Ammonium transporter
超家族 Superfamily superfamily	f.44.1 — Ammonium transporter
家族 Family family	f.44.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2nuue3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2nuuf2
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.44 — Ammonium transporter
超家族 Superfamily superfamily	f.44.1 — Ammonium transporter
家族 Family family	f.44.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d2nuuf3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d2nuug_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

结构域编号 domain_id	d2nuuh_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

结构域编号 domain_id	d2nuui_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

结构域编号 domain_id	d2nuuj_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

结构域编号 domain_id	d2nuuk_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

结构域编号 domain_id	d2nuul_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.58 — Ferredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.58.5 — GlnB-like
家族 Family family	d.58.5.1 — Prokaryotic signal transducing protein

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	2nuuA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3430 — Ammonium transporter fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonium transporter AmtB like domains

结构域编号 domain_id	2nuuB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3430 — Ammonium transporter fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonium transporter AmtB like domains

结构域编号 domain_id	2nuuC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3430 — Ammonium transporter fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonium transporter AmtB like domains

结构域编号 domain_id	2nuuD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3430 — Ammonium transporter fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonium transporter AmtB like domains

结构域编号 domain_id	2nuuE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3430 — Ammonium transporter fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonium transporter AmtB like domains

结构域编号 domain_id	2nuuF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3430 — Ammonium transporter fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ammonium transporter AmtB like domains

结构域编号 domain_id	2nuuG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2nuuH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2nuuI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2nuuJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2nuuK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	2nuuL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

▶

晶胞边长 a length_a	99.691 Å
晶胞边长 b length_b	107.865 Å
晶胞边长 c length_c	280.162 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.1751
R_work r_work	0.1712
R_free r_free	0.2494

Regulating the Escherichia coli ammonia channel: the crystal structure of the AmtB-GlnK complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ammonia channel

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nitrogen regulatory protein P-II 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2nuu__assembly_3__model_1

2nuu__assembly_3__model_1 | I(q)

2nuu__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Regulating the Escherichia coli ammonia channel: the crystal structure of the AmtB-GlnK complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ammonia channel

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nitrogen regulatory protein P-II 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2nuu__assembly_3__model_1

2nuu__assembly_3__model_1 | I(q)

2nuu__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)