2nxx

Crystal Structure of the Ligand-Binding Domains of the T.castaneum (Coleoptera) Heterodimer EcrUSP Bound to Ponasterone A

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ultraspiracle (USP, NR2B4)

Tribolium castaneum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ecdysone Receptor (EcR, NRH1) × 1 （A1JUG3） 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ecdysone Receptor (EcR, NRH1) × 1 （A1JUG3） 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ecdysone Receptor (EcR, NRH1) × 1 （A1JUG3） 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ecdysone Receptor (EcR, NRH1) × 1 （A1JUG3） 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A1JUG2_TRICA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–235； UniProt 174–407 作者链 B； PDB构建体 2–235； UniProt 174–407 作者链 C； PDB构建体 2–235； UniProt 174–407 作者链 D； PDB构建体 2–235； UniProt 174–407

Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)

Tribolium castaneum

UniProt A1JUG3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ultraspiracle (USP, NR2B4) × 1 （A1JUG2） 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ultraspiracle (USP, NR2B4) × 1 （A1JUG2） 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ultraspiracle (USP, NR2B4) × 1 （A1JUG2） 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ultraspiracle (USP, NR2B4) × 1 （A1JUG2） 2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A1JUG3_TRICA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 5–248； UniProt 306–549 作者链 F； PDB构建体 5–248； UniProt 306–549 作者链 G； PDB构建体 5–248； UniProt 306–549 作者链 H； PDB构建体 5–248； UniProt 306–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2nxx
沉积日期 deposition_date	2006-11-20
结构标题 title	Crystal Structure of the Ligand-Binding Domains of the T.castaneum (Coleoptera) Heterodimer EcrUSP Bound to Ponasterone A
关键词 keywords	Hormone Receptor, apo and holo Ligand Binding Pocket, HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2nxx__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2nxx__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2nxx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.46 Å
Rg（电子密度）	23.20 Å
总 Rg	24.03 Å
原子数	3755
残基数	461
排除体积	67667 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2nxx__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2nxx__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2nxx__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2nxx__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ultraspiracle (USP, NR2B4)
分子量 formula_weight	26576.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	15241

MTSNLQADMPLERIIEAEKRVECNDPLVALVVNENNTTVNNICQATHKQLFQLVQWAKLVPHFTSLPLTDQVQLLRAGWNELLIAAFSHRSMQAQDAIVLATGLTVNKSTAHAVGVGNIYDRVLSELVNKMKEMKMDKTELGCLRAIILYNPDVRGIKSVQEVEMLREKIYGVLEEYTRTTHPNEPGRFAKLLLRLPALRSIGLKCLEHLFFFKLIGDVPIDTFLMEMLEGTTDS

来源 Source

来源生物 organism	Tribolium castaneum
通用名 common_name	red flour beetle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7070
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)
分子量 formula_weight	28879.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

GSHMNGSKGISPEQEELIHRLVYFQNEYEHPSEEDVKRIINQPMDGEDQCDVRFRHITEITILTVQLIVEFAKRLPGFDKLLREDQIALLKACSSEVMMFRMARRYDVQTDSILFVNNQPYSRDSYNLAGMGETIEDLLHFCRTMYSMRVDNAEYALLTAIVIFSERPALIEGWKVEKIQEIYLEALRAYVDNRRKPKPGTIFAKLLSVLTELRTLGNQNSEMCFSLKLKNKKLPPFLAEIWDVDLKT

来源 Source

来源生物 organism	Tribolium castaneum
通用名 common_name	red flour beetle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7070
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2,3,14,20,22-PENTAHYDROXYCHOLEST-7-EN-6-ONE
分子量 formula_weight	464.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	267

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d2nxxa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d2nxxb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d2nxxc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d2nxxd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d2nxxe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d2nxxf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d2nxxg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

结构域编号 domain_id	d2nxxh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	a.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family family	a.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	2nxxA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	2nxxB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	2nxxC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	2nxxD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	2nxxE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	2nxxF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	2nxxG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

结构域编号 domain_id	2nxxH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Retinoid X Receptor

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晶胞边长 a length_a	77.540 Å
晶胞边长 b length_b	89.628 Å
晶胞边长 c length_c	160.247 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.750 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2490
R_work r_work	0.2490
R_free r_free	0.2810

Crystal Structure of the Ligand-Binding Domains of the T.castaneum (Coleoptera) Heterodimer EcrUSP Bound to Ponasterone A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ultraspiracle (USP, NR2B4)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2nxx__assembly_4__model_1

2nxx__assembly_4__model_1 | I(q)

2nxx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of the Ligand-Binding Domains of the T.castaneum (Coleoptera) Heterodimer EcrUSP Bound to Ponasterone A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ultraspiracle (USP, NR2B4)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ecdysone Receptor (EcR, NRH1)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2nxx__assembly_4__model_1

2nxx__assembly_4__model_1 | I(q)

2nxx__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)