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2nyz

Viral Chemokine Binding Protein M3 From Murine Gammaherpesvirus68 In Complex With The C- Chemokine XCL1

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 110.9 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hypothetical protein GAMMAHV.M3

Murid herpesvirus 4

UniProt O41925

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 25–406 链 B； UniProt 25–406 未记录 Lymphotactin × 2 （P47992） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；10% PEG 8000, 100 mM TRIS, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2NYZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1MKF VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS 68 提交 2002-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 25–406（382 aa）
链 B 25–406（382 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；293 K；18% PEG4000, 100MM CACL2, 100MM IMIDAZOLE/MALIC ACID PH 5.1, pH 5.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.273
1MKF VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS 68 提交 2002-08-29 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–406（382 aa）
链 B 25–406（382 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.1；293 K；18% PEG4000, 100MM CACL2, 100MM IMIDAZOLE/MALIC ACID PH 5.1, pH 5.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.10 Å R-free 0.273
1ML0 VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS68 IN COMPLEX WITH THE P8A VARIANT OF CC-CHEMOKINE MCP-1 提交 2002-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–406（382 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；14% PEG4000 200MM, SODIUM ACETATE, 100MM MAGNESIUM CHLORIDE, pH 4.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.282
1ML0 VIRAL CHEMOKINE BINDING PROTEIN M3 FROM MURINE GAMMAHERPESVIRUS68 IN COMPLEX WITH THE P8A VARIANT OF CC-CHEMOKINE MCP-1 提交 2002-08-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 A 25–406（382 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；14% PEG4000 200MM, SODIUM ACETATE, 100MM MAGNESIUM CHLORIDE, pH 4.10, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.282
2NZ1 Viral Chemokine Binding Protein M3 From Murine Gammaherpesvirus68 In Complex With The CC-Chemokine CCL2/MCP-1 提交 2006-11-22 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 25–406（382 aa）
链 B 25–406（382 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；12% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, 200 mM magnesium chloride, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.300
2NZ1 Viral Chemokine Binding Protein M3 From Murine Gammaherpesvirus68 In Complex With The CC-Chemokine CCL2/MCP-1 提交 2006-11-22 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 X 25–406（382 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.1；293 K；12% PEG 4000, 100 mM sodium acetate, 200 mM magnesium chloride, pH 4.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.50 Å R-free 0.300

共 3 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 O41925_MHV68
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–382； UniProt 25–406 作者链 B； PDB构建体 1–382； UniProt 25–406

Lymphotactin

物种未注明

UniProt P47992

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 22–114 链 E； UniProt 22–114 未记录 Hypothetical protein GAMMAHV.M3 × 2 （O41925） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；293 K；10% PEG 8000, 100 mM TRIS, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2NYZ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1J8I Solution Structure of Human Lymphotactin 提交 2001-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–114（93 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；283 K；离子强度（mmCIF原始值）200 mM sodium chloride
NMR样品组成 1.3mM Human Lymphotactin, U-15N,13C; 20 mM phosphate buffer pH 6.0, 200 mM NaCl | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM Human Lymphotactin, U-15N; 20 mM phosphate buffer pH 6.0, 200 mM NaCl | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM Human Lymphotactin, 20 mM phosphate buffer pH 6.0, 200 mM NaCl | 100% D2O
分辨率未提供
1J9O SOLUTION STRUCTURE OF HUMAN LYMPHOTACTIN 提交 2001-05-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 22–114（93 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；283 K；离子强度（mmCIF原始值）200mM NaCl
NMR样品组成 1.3mM human lymphotactin U-15N-13C; 20 mM phosphate buffer, 200mM NaCl | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM human lymphotactin U-15N; 20 mM phosphate buffer, 200mM NaCl | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1mM human lymphotactin; 20 mM phosphate buffer, 200mM NaCl | 100% D2O
分辨率未提供
2HDM Solution structure of V21C/V59C Lymphotactin/XCL1 提交 2006-06-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 23–114（92 aa）
突变：V21C, V59C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1 mM CC3 hLtn, U-15N, 13C; 20 mM phospate buffer, 90% H2O, 10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2JP1 Solution structure of the alternative conformation of XCL1/Lymphotactin 提交 2007-04-17 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–114（93 aa）
链 B 22–114（93 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）22；压力 AMBIENT
NMR样品组成 1.0 mM XCL1 U-15N/13C, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.6 mM XCL1 U-15N/13C, 0.6 mM XCL1 unlabeled, 20 mM sodium phosphate, 95% H2O, 5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
2N54 Solution structure of a disulfide stabilized XCL1 dimer 提交 2015-07-07 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 22–114（93 aa）
链 B 22–114（93 aa）
突变：A57C, A70C 突变：A57C, A70C 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6；313 K；离子强度（mmCIF原始值）0.02；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] XCL1, 20 mM potassium phosphate, 0.02 % [U-100% 15N] sodium azide, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
9AST Cryo-EM structure of XCR1 signaling complex 提交 2024-02-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 L 22–114（93 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.07 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 XCL1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 1–93； UniProt 22–114 作者链 E； PDB构建体 1–93； UniProt 22–114

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2nyz

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2nyz
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2nyz
沉积日期 deposition_date2006-11-21
结构标题 titleViral Chemokine Binding Protein M3 From Murine Gammaherpesvirus68 In Complex With The C- Chemokine XCL1
关键词 keywordsViral Decoy Receptor, Chemokine, Protein-Protein Complex, VIRAL PROTEIN-CYTOKINE COMPLEX; VIRAL PROTEIN/CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.41 Å
零角强度 I(0) i0149777000.00
分子量 molecular_weight95961.0 kDa
排除体积 excluded_volume119570 ų
包络体积 envelope_volume151400 ų
水化壳体积 shell_volume40382 ų
包络直径 envelope_diameter118.1 Å
壳层 Rg shell_rg38.38 Å
包络 Rg envelope_rg30.60 Å
形状 Rg shape_rg30.41 Å
总 Rg total_rg31.10 Å
总原子数 total_atoms6718
残基数 n_residues869
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax110.9 Å
Rg (实空间) rg_real31.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4980e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4370e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.50 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal149800000.0000
解质量估计 total_estimate0.6566
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary37.7 Å
偏度 Skewness skewness0.231
峰度 Kurtosis kurtosis-0.435
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha39160000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.785; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.996
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2nyza1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.116 — Viral chemokine binding protein m3
超家族 Superfamily superfamilyb.116.1 — Viral chemokine binding protein m3
家族 Family familyb.116.1.1 — Viral chemokine binding protein m3
结构域编号 domain_idd2nyzb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.116 — Viral chemokine binding protein m3
超家族 Superfamily superfamilyb.116.1 — Viral chemokine binding protein m3
家族 Family familyb.116.1.1 — Viral chemokine binding protein m3

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id2nyzA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1330 —
结构域编号 domain_id2nyzA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1340 — Chemokine-binding protein M3-like
结构域编号 domain_id2nyzB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1330 —
结构域编号 domain_id2nyzB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1340 — Chemokine-binding protein M3-like
结构域编号 domain_id2nyzD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
结构域编号 domain_id2nyzE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)