2o2l

Crystal structure of human heat-labile enterotoxin in complex with a blood group A antigen analog

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 124.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Heat-labile enterotoxin B chain

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	其他组合同源多聚体蛋白 × 5 其他聚合物 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 22–124 链 E； UniProt 22–124 链 F； UniProt 22–124 链 G； UniProt 22–124 链 H； UniProt 22–124	未记录	;alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]beta-D-glucopyranose ; × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.53 Å R-free 0.237
2	其他组合同源多聚体蛋白 × 5 其他聚合物 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 I； UniProt 22–124 链 J； UniProt 22–124 链 K； UniProt 22–124 链 L； UniProt 22–124 链 M； UniProt 22–124	未记录	;alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]beta-D-glucopyranose ; × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.53 Å R-free 0.237

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2O2L	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B44 CRYSTAL STRUCTURE OF THE B SUBUNIT OF HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FROM E. COLI CARRYING A PEPTIDE WITH ANTI-HSV ACTIVITY 提交 1999-01-04	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）片段：SUBUNIT B 链 E 22–124（103 aa）片段：SUBUNIT B 链 F 22–124（103 aa）片段：SUBUNIT B 链 G 22–124（103 aa）片段：SUBUNIT B 链 H 22–124（103 aa）片段：SUBUNIT B	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 3.30 Å R-free 0.255
1LTR CRYSTAL STRUCTURE OF THE B SUBUNIT OF HUMAN HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FROM E. COLI CARRYING A PEPTIDE WITH ANTI-HSV ACTIVITY 提交 1998-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–123（102 aa）片段：SUBUNIT B-R2 链 E 22–123（102 aa）片段：SUBUNIT B-R2 链 F 22–123（102 aa）片段：SUBUNIT B-R2 链 G 22–123（102 aa）片段：SUBUNIT B-R2 链 H 22–123（102 aa）片段：SUBUNIT B-R2	突变：N103K 突变：N103K 突变：N103K 突变：N103K 突变：N103K	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 3.04 Å R-free 0.217
1LTR CRYSTAL STRUCTURE OF THE B SUBUNIT OF HUMAN HEAT-LABILE ENTEROTOXIN FROM E. COLI CARRYING A PEPTIDE WITH ANTI-HSV ACTIVITY 提交 1998-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 22–123（102 aa）片段：SUBUNIT B-R2 链 E 22–123（102 aa）片段：SUBUNIT B-R2 链 F 22–123（102 aa）片段：SUBUNIT B-R2 链 G 22–123（102 aa）片段：SUBUNIT B-R2 链 H 22–123（102 aa）片段：SUBUNIT B-R2	突变：N103K 突变：N103K 突变：N103K 突变：N103K 突变：N103K	SO4 SULFATE ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6	分辨率 3.04 Å R-free 0.217

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELBH_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 E； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 G； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 H； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 I； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 J； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 K； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 L； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 M； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2o2l
沉积日期 deposition_date	2006-11-30
结构标题 title	Crystal structure of human heat-labile enterotoxin in complex with a blood group A antigen analog
关键词 keywords	Enterotoxigenic E. coli, heat-labile enterotoxin, blood group antigen, TOXIN; TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.24 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	36.69 Å
零角强度 I(0) i0	230794000.00
分子量 molecular_weight	123540.0 kDa
排除体积 excluded_volume	155030 Å³
包络体积 envelope_volume	192310 Å³
水化壳体积 shell_volume	44315 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.1 Å
壳层 Rg shell_rg	42.07 Å
包络 Rg envelope_rg	36.34 Å
形状 Rg shape_rg	36.70 Å
总 Rg total_rg	36.98 Å
总原子数 total_atoms	8615
残基数 n_residues	1012
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	124.8 Å
Rg (实空间) rg_real	37.42 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.17 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3080e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.8850e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	230800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8722
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	35.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.386
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.602
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.931; Smooth: 0.905

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heat-labile enterotoxin B chain
分子量 formula_weight	11731.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H,I,J,K,L,M
原子数 atom_count	8893

APQSITELCSEYHNTQIYTINDKILSYTESMAGKREMVIITFKSGATFQVEVPGSQHIDSQKKAIERMKDTLRITYLTETKIDKLCVWNNKTPNSIAAISMEK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Vibrio cholerae

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	;alpha-L-fucopyranose-(1-2)-[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-galactopyranose-(1-3)]beta-D-galactopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-3)]beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	837.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	278

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d2o2ld_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2o2le_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2o2lf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2o2lg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2o2lh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2o2li_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2o2lj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2o2lk_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2o2ll_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d2o2lm_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2o2lD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2o2lE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2o2lF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2o2lG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2o2lH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2o2lI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2o2lJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2o2lK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2o2lL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	2o2lM00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	117.799 Å
晶胞边长 b length_b	166.965 Å
晶胞边长 c length_c	57.478 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	40

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.530 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1835
R_work r_work	0.1807
R_free r_free	0.2370

fit	/app/data/saxs_computation/o2/2o2l/2o2l.fit
pddf	/app/data/pr_computation/o2/2o2l/2o2l.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/o2/2o2l/2o2l.dat