2o3o

Crystal Structure of the sensor histidine kinase regulator YycI from Bacillus subtitlis

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

YycI protein

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
5	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致
6	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	CHLORIDE ION × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q45612_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 B； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 C； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 D； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 E； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 F； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 G； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 H； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 I； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 J； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 K； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280 作者链 L； PDB构建体 5–254； UniProt 31–280

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2o3o
沉积日期 deposition_date	2006-12-01
结构标题 title	Crystal Structure of the sensor histidine kinase regulator YycI from Bacillus subtitlis
关键词 keywords	two-component system, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2o3o__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2o3o__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2o3o__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.67 Å
Rg（电子密度）	28.01 Å
总 Rg	28.88 Å
原子数	3913
残基数	468
排除体积	70109 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2o3o__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2o3o__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`2o3o__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`2o3o__assembly_4__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`2o3o__assembly_5__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`2o3o__assembly_6__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

结构域编号 domain_id	2o3oA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oG02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oH02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

结构域编号 domain_id	2o3oL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	128 — Lipocalin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 — YycH protein, domain 3-like

结构域编号 domain_id	2o3oL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	310 — TATA-Binding Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	160 — YycH protein, domain 2

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晶胞边长 a length_a	60.792 Å
晶胞边长 b length_b	161.922 Å
晶胞边长 c length_c	180.156 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.90 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.890 Å
最低分辨率 resolution_low	90.000 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2120
R_free r_free	0.2620

描述 description	YycI protein
分子量 formula_weight	29636.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	23401

Crystal Structure of the sensor histidine kinase regulator YycI from Bacillus subtitlis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

YycI protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2o3o__assembly_2__model_1

2o3o__assembly_2__model_1 | I(q)

2o3o__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

Crystal Structure of the sensor histidine kinase regulator YycI from Bacillus subtitlis

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

YycI protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2o3o__assembly_2__model_1

2o3o__assembly_2__model_1 | I(q)

2o3o__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

CATH v4.4 (24 domains)

7. 引用文献 (1)