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2o4j

Crystal Structure of Rat Vitamin D Receptor Ligand Binding Domain Complexed with VitIII 17-20Z and the NR2 Box of DRIP 205

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Vitamin D3 receptor

Rattus norvegicus

UniProt P13053

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Peroxisome proliferator-activated receptor-binding protein × 1 （Q15648） (1R,3R,7E,17Z)-17-(5-hydroxy-1,5-dimethylhexylidene)-2-methylene-9,10-secoestra-5,7-diene-1,3-diol × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Peroxisome proliferator-activated receptor-binding protein × 2 （Q15648） (1R,3R,7E,17Z)-17-(5-hydroxy-1,5-dimethylhexylidene)-2-methylene-9,10-secoestra-5,7-diene-1,3-diol × 2 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
2zxm 2zxn 3a2h 3vt3 3vt4 3vt5 3vt6 3vt7 3vt8 3vt9

共 10 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1rjk 1rjk 1rk3 1rk3 1rkg 1rkg 1rkh 1rkh 2o4j 2o4j 2o4r 2o4r

共 100 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VDR_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–261； UniProt 116–423

Peroxisome proliferator-activated receptor-binding protein

物种未注明

UniProt Q15648

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Vitamin D3 receptor × 1 （P13053） (1R,3R,7E,17Z)-17-(5-hydroxy-1,5-dimethylhexylidene)-2-methylene-9,10-secoestra-5,7-diene-1,3-diol × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 4 Vitamin D3 receptor × 2 （P13053） (1R,3R,7E,17Z)-17-(5-hydroxy-1,5-dimethylhexylidene)-2-methylene-9,10-secoestra-5,7-diene-1,3-diol × 2 water × 4 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
3a2h

共 1 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1rjk 1rjk 1rk3 1rk3 1rkg 1rkg 1rkh 1rkh 2o4j 2o4j 2o4r 2o4r

共 83 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PPRB_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–13； UniProt 640–652

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2o4j
沉积日期 deposition_date2006-12-04
结构标题 titleCrystal Structure of Rat Vitamin D Receptor Ligand Binding Domain Complexed with VitIII 17-20Z and the NR2 Box of DRIP 205
关键词 keywordsNuclear receptor-ligand complex, HORMONE-GROWTH FACTOR RECEPTOR COMPLEX; HORMONE/GROWTH FACTOR RECEPTOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2o4j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2o4j__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2o4j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）19.17 Å
Rg（电子密度）17.87 Å
总 Rg18.86 Å
原子数2027
残基数252
排除体积36445 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2o4j__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 2o4j__assembly_2__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd2o4ja1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.123 — Nuclear receptor ligand-binding domain
超家族 Superfamily superfamilya.123.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain
家族 Family familya.123.1.1 — Nuclear receptor ligand-binding domain

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2o4jA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology565 — Retinoid X Receptor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Retinoid X Receptor
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7. 引用文献 (2)